Le royaume du Kaabu

Au fil du temps, le Royaume de Kaabu gagne donc en autonomie et en pouvoir, tout en maintenant des liens culturels et politiques avec l'Empire du Mali. La désintégration progressive du Mali à partir du XV^e siècle permet au Kaabu de devenir une puissance indépendante. Le Kaabu devient un centre important de commerce, notamment d'esclaves, d'or, de sel et de noix de kola. Sa position stratégique entre le fleuve Gambie et l'océan Atlantique lui permet de contrôler les routes commerciales régionales. Le royaume est également caractérisé par son organisation militaire, dominée par une élite guerrière mandingue.

Le Kaabu est dirigé par un mansa, assisté par un conseil d'anciens et de chefs militaires. Le mansa du Kaabu a un pouvoir quasi absolu, mais il doit tenir compte des intérêts des élites locales, notamment des chefs de guerre (les nyancho) qui forment l'aristocratie. Socialement, le Kaabu est structuré autour d'une hiérarchie dans laquelle la classe dominante est composée des nyancho, descendants des premiers conquérants mandingues. La population locale comprend des agriculteurs, des artisans, des commerçants et des esclaves.

Le Kaabu étend son influence sur une grande partie de l'actuelle Guinée-Bissau, du sud du Sénégal et de la Gambie. Son influence culturelle se traduit par la diffusion des traditions mandingues, notamment la langue, les récits épiques et les structures sociales, dans toute la région. Le Kaabu joue également un rôle important dans la transmission de l'islam, bien que la majorité des populations locales continue à pratiquer des religions traditionnelles.

À partir du XVIII^e siècle, le Kaabu commence à décliner, affaibli par des conflits internes, des révoltes locales et l'émergence de nouvelles puissances dans la région. Les conflits dynastiques affaiblissent le royaume, tandis que les pressions extérieures augmentent, notamment avec l'arrivée des Européens qui cherchent à contrôler le commerce atlantique. Le coup fatal au royaume est porté au milieu du XIX^e siècle par l'expansion du mouvement islamique des Fula dirigé par Alfa Yaya et les marabouts de Fouta Djallon. En 1867, après une longue guerre, les forces musulmanes dirigées par le chef Almamy Samori Touré et les marabouts vainquent définitivement les armées du Kaabu lors de la bataille de Kansala, la capitale du royaume. Cette défaite marque la fin du Kaabu en tant qu'entité politique indépendante.

La colonisation portugaise

Ce n'est qu'à la fin du XIX^e siècle que le Portugal parvint à établir un contrôle effectif sur l'intérieur du pays après plusieurs guerres contre les royaumes locaux, dont le royaume du Kaabu. En 1915, le Portugal déclare la Guinée-Bissau comme une colonie officielle. Sous la domination portugaise, la Guinée-Bissau est administrée de manière répressive. L'économie coloniale était basée sur l'exploitation agricole (arachides, coton, etc.) et le travail forcé. Les indigènes sont soumis à des lois discriminatoires et à une exclusion systématique des processus politiques et économiques.

La résistance à la domination portugaise prend une forme organisée à partir des années 1950. En 1956, Amílcar Cabral, un ingénieur agronome fonde le Parti Africain pour l'Indépendance de la Guinée et du Cap-Vert (PAIGC). Ce mouvement devient le fer de lance de la lutte pour l'indépendance. Au départ pacifique, la lutte se transforme en une guerre de libération à partir de 1963. Le PAIGC lance  guérilla contre les forces coloniales portugaisesen utilisant des bases situées en Guinée (Guinée-Conakry) voisine et au Sénégal. Le PAIGC, sous la direction d'Amílcar Cabral, organise des territoires libérés où il établit des structures administratives, des écoles et des services de santé. La stratégie de Cabral consiste à mobiliser les populations locales tout en isolant militairement et politiquement les Portugais.

Le PAIGC réussit à contrôler une grande partie du territoire dès la fin des années 1960, malgré la répression violente des forces portugaises, qui utilisent des armes sophistiquées et des techniques de guerre modernes. Le 20 janvier 1973, Amílcar Cabral est assassiné à Conakry, vraisemblablement par des dissidents au sein du PAIGC avec l'appui des services secrets portugais. Malgré cette perte, la lutte se poursuit avec Arístides Pereira et Luís Cabral (le demi-frère d'Amílcar) qui prennent le leadership du mouvement.

Le 24 septembre 1973, le PAIGC déclare unilatéralement l'indépendance de la Guinée-Bissau dans les territoires sous son contrôle, une indépendance reconnue par plusieurs pays africains et le bloc soviétique. Cette déclaration se produit avant même la Révolution des Oeillets au Portugal en avril 1974, qui met fin à la dictature de Salazar et entraîna la chute de l'empire colonial portugais.

La Guinée-Bissau indépendante

Les premières années sont marquées par des tentatives d'unification politique avec le Cap-Vert, comme le prévoyait le projet initial du PAIGC. Cependant, des tensions internes apparaissent rapidement, notamment entre les élites d'origine capverdienne et les populations autochtones bissau-guinéennes. Luís Cabral est lui-même perçu comme représentant les intérêts capverdiens.

En novembre 1980, João Bernardo Vieira, surnommé "Nino", alors Premier ministre, renverse Luís Cabral lors d'un coup d'État militaire. Ce coup met fin au projet d'unification avec le Cap-Vert, et les relations entre les deux pays se détériorent. Vieira instaura un régime autoritaire sous le contrôle du PAIGC. Sous sa direction, le pays se tourne vers une économie plus libérale à partir des années 1980, abandonnant progressivement le modèle socialiste. Cependant, la Guinée-Bissau reste politiquement instable, marquée par des purges internes, une corruption endémique et une économie en difficulté.

Dans les années 1990, sous la pression internationale et interne, Vieira introduit un système multipartite. En 1994, il remporte les premières élections démocratiques, mais son régime demeure autoritaire et marqué par des tensions ethniques et politiques. L'opposition a été réduite au silence, les rivaux politiques éliminés.Plusieurs tentatives de coup dans les années 1980 et début des années 1990 ont échoué à le détrôner. En 1994, Vieira a été élu président lors des premières éléctions supposément libres du pays. 

En 1998, une mutinerie militaire dirigée par le général Ansumane Mané, un ancien allié de Vieira, dégénère en une guerre civile. Mané accuse Vieira de corruption et de mauvaise gestion, notamment en relation avec le trafic d'armes. Le conflit plonge le pays dans le chaos pendant plus d'un an, causant des milliers de morts et de déplacés. En mai 1999, les forces rebelles de Mané prennent le contrôle de la capitale Bissau et forcent Vieira à fuir le pays. Le conflit laisse une nation dévastée, politiquement fragmentée et économiquement ruinée.

En février 2000, un gouvernement de transition remis le pouvoir au chef de l'opposition Kumba Yala, élu président de façon transparente. En septembre 2003, après seulement trois années à la tête du pays, Yala a été renversé par les militaires lors d'une nouveau coup d'Etat sans effusion de sang : un homme d'affaires, Henrique Rosa, a été assermenté à titre de président par intérim. En 2005, l'ancien président Vieira revient au pouvoir après des élections présidentielles. Cependant, son retour est marqué par de fortes tensions avec l'armée, en particulier avec le chef d'état-major, le général Batista Tagme Na Waie. En mars 2009, Tagme Na Waie est assassiné,  ce qui déclencheune vague de violences. Quelques heures plus tard, Vieira lui-même est assassiné par des soldats. Malam Bacai Sanha est élu à la suite d'une élection précipitée, tenue en juin 2009, mais il meurt le 9 janvier 2012. En avril, un coup d'État militaire interrompt les élections présidentielles.

En 2014, Jose Mario Vaz a été élu président après une élection libre et équitable. En juin 2019, Vaz est devenu le premier président de l'histoire de la Guinée-Bissau à terminer un mandat présidentiel complet. Umaro Sissoco Embalo a été élu président en décembre 2019, mais il n'a pris ses fonctions qu'en février 2020 en raison d'une contestation prolongée des résultats des élections. 

Aujourd'hui, en plus des crises politiques, la Guinée-Bissau reste ouchée par des problèmes de gouvernance, une corruption généralisée et le trafic de drogue. Le pays est devenu un point de transit pour le trafic de cocaïne entre l'Amérique du Sud et l'Europe, renforçant l'instabilité et affaiblissant davantage les institutions de l'État.