C'est dans ce groupe que se trouvait l'île Guanahani, où Christophe Colomb aborda lors de son premier voyage et qu'il nomma San-Salvador. On a parfois identifié Guanahani avec l'île Cat, même avec Mariguana; il paraît plus probable, selon l'opinion de Peschel et de beaucoup d'auteurs, que l'honneur, d'avoir été, la première, découverte par le grand navigateur, revient à l'île Watling. 

Après l'arrivée des Espagnols, les Lucayens ont été rapidement réduits en esclavage et envoyés travailler dans les mines d'or et d'argent d'Hispaniola (actuelle République dominicaine et Haïti). En l'espace de 25 ans, la population lucayenne des Bahamas avait disparu, décimée par les maladies européennes et la déportation. Après le départ des Lucayens, les îles des Bahamas ont été largement désertées pendant pratiquement tout le XVI^e siècle. Les Espagnols n'y trouvant pas de richesses naturelles importantes, les Bahamas étaient ignorées en faveur des colonies plus riches en ressources dans les Amériques continentales et aux Antilles.

Les premiers colons européens à s'établir de manière permanente dans les Bahamas étaient des Anglais puritains des Bermudes, qui fondèrent en 1648 une colonie sur l'île d'Eleuthera. Ils étaient à la recherche de liberté religieuse et avaient l'espoir de fonder une société basée sur l'autonomie et les principes religieux. Cependant, ces colons ont eu du mal à survivre en raison de l'environnement difficile et du manque de ressources. Au cours de la fin du XVII^e siècle, les îles ont aussi attiré d'autres colons britanniques, notamment sur l'île de New Providence, où la capitale moderne, Nassau, a été fondée.

Les Bahamas sont devenues un centre de piraterie entre la fin du XVII^e siècle et le début du XVIII^e siècle, en raison de leur emplacement stratégique près des routes commerciales et de la faiblesse de l'autorité coloniale. Nassau est devenue une plaque tournante pour les pirates et corsaires, qui utilisaient les nombreuses criques et îles isolées de l'archipel pour cacher leurs butins et échapper aux autorités. Les pirates les plus célèbres de cette époque incluent des figures comme Barbe Noire (Edward Teach), Charles Vane, et Calico Jack. La colonie de Nassau devint une véritable république pirate, où ces hors-la-loi se gouvernaient pratiquement eux-mêmes. Cette situation inquiétait la Couronne britannique, qui souhaitait rétablir l'ordre dans cette région stratégique. En 1718, le Royaume-Uni décida de réprimer la piraterie dans les Bahamas. Le capitaine Woodes Rogers fut envoyé avec une flotte pour restaurer l'ordre et fut nommé gouverneur royal des Bahamas. Rogers offrit une amnistie à ceux qui abandonnaient la piraterie, et il fit exécuter ceux qui refusaient. Il réussit mettre fin à la piraterie et à ramener la colonie sous contrôle britannique. Les Bahamas sont officiellement devenues une colonie de la Couronne britannique, et Nassau fut développée en tant que centre administratif et port stratégique.

Comme dans de nombreuses colonies des Caraïbes, l'économie des Bahamas dépendait de l'esclavage et de l'agriculture de plantation. À la fin du XVIII^e siècle, les colons britanniques commencèrent à importer des Africains réduits en esclavage pour travailler dans les plantations de coton, bien que l'agriculture ne soit jamais aussi prospère qu'ailleurs dans les Caraïbes, en raison du sol peu fertile des Bahamas. Le sort des Bahamas changea après la Guerre d'Indépendance des Etats-Unis (1775-1783), lorsque de nombreux loyalistes américains, qui soutenaient la Couronne britannique, s'exilèrent vers les Bahamas avec leurs esclaves africains. Cela renforça l'économie esclavagiste de l'archipel pendant plusieurs décennies. En 1807, le Royaume-Uni abolit la traite négrière, bien que l'esclavage en lui-même ait persisté dans l'Empire britannique jusqu'en 1834, lorsqu'il fut aboli. 

Après l'abolition de l'esclavage,, de nombreux Africains affranchis s'installèrent dans les îles, et la population d'origine africaine augmenta. Les Bahamas ont aussi connu des difficultés économiques. Les plantations de coton se sont rapidement dégradées. Les Bahamas se tournèrent alors de plus en plus vers des activités commerciales telles que la pêche, la collecte d'éponges et le commerce avec les États-Unis et les Caraïbes. De plus, pendant la Guerre de Sécession (1861-1865), Nassau fut le rendez-vous de tous les navires intéressés dans les approvisionnements de la confédération du Sud soumise à un blocus. 

Dans les années 1920, pendant la période de la Prohibition aux États-Unis, les Bahamas devinrent une plaque tournante du commerce d'alcool de contrebande. Cette activité apporta une grande prospérité à l'archipel, notamment à Nassau, qui devint une plaque tournante pour l'exportation de rhum vers les États-Unis. Après la fin de la prohibition en 1933, l'économie des Bahamas ralentit à nouveau. Les Bahamas commencèrent cependant à se moderniser et à revendiquer une plus grande autonomie. L'archipel devint un lieu touristique prisé dans les années 1950 et 1960, et attira des visiteurs internationaux, notamment des Américains fortunés. Le mouvement vers l'indépendance s'accéléra dans les années 1950 et 1960, avec la montée en puissance du Parti libéral progressiste (PLP), dirigé par Lynden Pindling. Ce parti, soutenu principalement par la population noire majoritaire, lutta pour mettre fin à la domination politique et économique de l'élite blanche minoritaire. En 1967, Pindling devint le premier Premier ministre noir des Bahamas.

Après une période de transition politique, les Bahamas obtinrent leur indépendance du Royaume-Uni le 10 juillet 1973, devenant un membre du Commonwealth. Lynden Pindling devint le premier Premier ministre des Bahamas indépendantes. Depuis, les Bahamas se sont développées en tant que l'une des nations les plus prospères des Caraïbes, principalement grâce au tourisme et à l'industrie financière offshore. Les plages magnifiques, les eaux cristallines, et la proximité des États-Unis en ont fait une destination touristique prisée. Cependant, en raison de leur position géographique, les Bahamas restent un point important de transbordement pour les drogues illégales, en particulier vers les États-Unis; c'est aussi un point de passage pour les migrants illégaux cherchant à entrer aux États-Unis. Les Bahamas doivent également  faire face à des défis aux inégalités économiques et à l'impact des ouragans, qui causent régulièrement des dégâts importants.