Le choeur est aujourd'hui la partie de l'église occupée par le clergé, partie généralement placée à l'orient de l'édifice et séparée par une clôture de la nef et des bas côtés. Dans les premiers temps du christianisme, alors que les églises étaient d'anciennes basiliques consacrées au nouveau culte ou des édifices construits à l'imitation de ces basiliques, les chantres, les musiciens (le choeur en un mot), et toutes les personnes qui, sans avoir reçu les ordres majeurs, participaient aux cérémonies sacerdotales, se tenaient en avant des transepts, tandis que l'autel, alors unique, était placé à la croisée de ces transepts et que l'évêque et les prêtres avec les anciens, s'asseyaient au fond du sanctuaire, sur le banc circulaire (exèdre) servant autrefois de tribunal au préteur romain lorsqu'il rendait la justice. Cette disposition, dont on peut retrouver encore de nos jours de nombreux exemples, surtout dans les églises monastiques, s'est conservée intacte, depuis le IX^e siècle, dans la basilique de Saint-Clément à Rome, dont le choeur, délimité par une clôture basse, occupe la partie médiane des travées de la nef centrale les plus rapprochées de l'hémicycle ou abside, et a conservé, outre cette clôture, les deux ambons ou chaires pour la lecture de l'épître et de l'évangile, et à côté d'un de ces ambons, une colonne torse servant de support au cierge pascal.

Clôture sculptée du choeur de la cathédrale de Chartres.

Dans la suite, le plan des églises se modifiant et leurs différentes parties s'accentuant, le choeur se distingua des transepts et de la nef, l'autel se plaça presque au fond du sanctuaire, dans la partie circulaire de l'abside; les stalles du clergé et les ambons furent disposés le long de la clôture de ce sanctuaire, en avant de l'autel et parfois jusque dans la croisée des transepts alors séparée de la nef par l'arc triomphal qui indiquait nettement l'entrée du sanctuaire confondu avec le choeur. Mais lors du grand développement pris par les édifices religieux au Moyen âge, le choeur, par une disposition très fréquemment adoptée par la suite, se trouva occuper, toujours dans l'axe de la nef principale, mais de l'autre côté des transepts, un certain nombre de travées terminées par une abside, travées autour desquelles se prolongeaient les basses nefs sur lesquelles s'ouvrirent alors de nombreuses chapelles absidales. Le choeur ou sanctuaire acquit alors une très grande importance, dont, en France, les choeurs des cathédrales d'Amiens, de Beauvais et Notre-Dame de Paris et le choeur de l'église abbatiale de Saint-Denis, fournissent de beaux exemples.

Cette partie de l'église fut toujours, on le conçoit sans peine, de toutes la plus richement décorée, soit comme mobilier religieux, soit comme ornements réservés au culte, soit enfin comme oeuvres d'art; c'est ainsi que dans les pays du Midi, en Italie et surtout en Espagne et en France, à partir du XVII^e siècle, les choeurs de nombreuses églises reçurent des revêtements de marbre et des motifs décoratifs rehaussés de dorure qui témoignent souvent de plus de richesse que de bon goût. 

Les églises dépendant des couvents ou des séminaires et cependant accessibles au public ont conservé assez souvent sous le nom d'arrière-choeur, un second choeur situé derrière l'autel (lequel dans ce cas est double), et cet arrière-choeur est réservé aux religieux ou aux séminaristes, tandis que le clergé officie dans l'avant-choeur ou partie du choeur placée entre l'autel et les transepts. A Paris, l'ancienne église abbatiale de Saint-Germain-des-Prés et l'église Saint-Sulpice offrent cette disposition, encore assez fréquente, mais le plus souvent utilisée pour mettre les musiciens et les choeurs dans le cas d'un office en musique. 

Un fait resté inexpliqué d'une façon suffisante est une déviation d'axe assez sensible que l'on remarque dans un certain nombre d'églises du Moyen âge, au raccordement du choeur et des transepts, déviation qui ne peut, tant elle est parfois accentuée, être attribuée à un défaut de plantation et dans laquelle on a voulu voir une imitation de l'inclinaison de la tête du Christ sur le bras gauche de la croix. (Charles Lucas).