Préhistoire et époque précéramique.
Les premières traces d'occupation humaine dans la région zapotèque remontent à environ 8000 av. JC. Les premiers habitants de la région étaient des chasseurs-cueilleurs nomades. Avec le temps, ils ont commencé à pratiquer l'agriculture, cultivant le maïs, les haricots et les courges, ce qui a permis la formation de communautés sédentaires.

Époque préclassique.
La période préclassique (1500 av. JC à 200 ap. JC) marque le début de la civilisation zapotèque. Les premières villes commencent à émerger. San José Mogote est l'un des sites les plus anciens et importants. Les Zapotèques développent des techniques avancées d'irrigation et de construction, ainsi qu'un système d'écriture et de calendrier. La culture zapotèque commence à se distinguer par ses céramiques fines et ses sculptures de pierre.

Époque classique.
L'Époque classique  (200 à 900 ap. JC) est l'âge d'or de la civilisation zapotèque, marquée par le développement de la ville de Monte Albán, leur centre politique et religieux majeur. Monte Albán est construit sur une colline surplombant la vallée de Oaxaca et devient l'une des premières villes-États de Mésoamérique. Les Zapotèques développent un système d'écriture, l'un des plus anciens de Mésoamérique, et produisent des codex qui enregistrent des événements historiques et des rituels religieux.

• Le site archéologique de Monte Albán est situé dans la région d'Oaxaca, au sud du Mexique. Il est perché sur une colline artificiellement aplatie, offrant une vue panoramique sur la vallée environnante. Monte Albán fut la capitale des Zapotèques, entre environ 500 avant notre ère et jusqu'à environ 750 de notre ère. Monte Albán a ainsi servi de centre politique, économique et religieux pour les Zapotèques pendant plus de mille ans. Le site témoigne de l'ingéniosité et des capacités architecturales de cette civilisation. Les Zapotèques ont choisi cet emplacement pour sa position stratégique et défensive, dominant la vallée d'Oaxaca. Le site de Monte Albán comprend des pyramides, des places, des tombes, des stèles et des terrains de jeu de balle. Parmi les structures les plus remarquables, on trouve :

+ La Grand place. - Un vaste espace rectangulaire entouré de pyramides et de plateformes. C'est ici que se déroulaient les cérémonies et les rassemblements publics.

+ Le Jeu de balle. - Un terrain destiné au jeu de balle méso-américain, qui avait une signification religieuse et rituelle.

+ Les Danzantes. - Une série de bas-reliefs représentant des figures humaines dans des poses contorsionnées. Ces figures, appelées Danzantes ( = danseurs), sont en réalité des captifs ou des guerriers ennemis sacrifiés.

+ Les Tombes. - Monte Albán est également célèbre pour ses tombes richement décorées, contenant des fresques et des offrandes funéraires.

Les fouilles archéologiques ont révélé de nombreux artefacts, tels que des poteries, des bijoux, des armes et des outils.  Il a été inscrit au patrimoine mondial de l'Unesco en 1987 en reconnaissance de sa valeur universelle exceptionnelle. 

Conquête espagnole et période coloniale.
L'arrivée des Espagnols , à partir de 1521, bouleverse profondément la société zapotèque. Comme les Mixtèques, les Zapotèques résistent à la conquête mais finissent par être soumis. La colonisation entraîne la destruction de nombreux sites sacrés et la perte de nombreux codex. Cependant, les Zapotèques réussissent à conserver certains aspects de leur culture et de leur langue en s'adaptant aux nouvelles conditions imposées par les Espagnols.

Période moderne et contemporaine.
Après l'indépendance du Mexique en 1821, les Zapotèques continuent à lutter pour préserver leur culture et leurs terres. Aujourd'hui, ils constituent un groupe ethnique important dans l'État de Oaxaca, avec une population d'environ 800 000 personnes. Les Zapotèques modernes maintiennent de nombreuses traditions ancestrales, notamment dans l'artisanat, la musique, la danse et les cérémonies religieuses. Des efforts sont également déployés pour revitaliser et enseigner la langue zapotèque, qui existe sous plusieurs dialectes (Les langues oto-manguéennes).