Les navigateurs espagnols ont été les premiers Européens à repérer le nord des îles Cook. Álvaro de Mendaña, notamment, qui aperçut Pukapuka en 1595 n'y accosta pas. Les premiers débarquement remontent à 1606. Les îles Cook sont ensuite restées libres de tout contact européen jusqu'aux années 1760. En 1773, James Cook  a vu l'île de Manuae, dans le sud. Les îles ont été nommées d'après Cook dans les années 1820 par des cartographes russes. 

Au début du XIX^e siècle, les contacts avec les Européens augmentèrent considérablement, notamment avec l'arrivée de commerçants et de baleiniers, ainsi que des missionnaires chrétiens. Initiée par John Williams, de la London Missionary Society, l'activité missionnaire anglaise au cours des années 1820 et 1830 y a interdit le chant et la danse et a convertit la majeure partie de la population.

Craignant que la France n'occupe militairement les îles comme elle l'a fait à Tahiti, les Rarotongans ont demandé au Royaume-Uni le statut de protectorat dans les années 1840 et 1860, ce que le Royaume-Uni a ignoré. En 1888, la reine Makea Takau de Rarotonga réitéra cette demande, à laquelle accédé à contre-coeur le le Royaume-Uni. Le gouvernement britannique n'exerça pas un contrôle direct sur les affaires internes des îles. En 1901, la Nouvelle-Zélande, alors un dominion de l'Empire britannique, annexa les îles Cook et les administra en tant que territoire dépendant. Les habitants des îles Cook devinrent techniquement des sujets de l'Empire britannique, mais dans les faits, ils furent placés sous l'autorité de Wellington. En 1915, la loi sur les îles Cook a organisé les îles Cook en une seule entité politique. 

Les autorités néo-zélandaises imposèrent de nombreuses réformes, notamment dans les domaines de l'éducation et de la santé publique, et encouragèrent l'exportation de coprah (noix de coco) et d'autres produits agricoles. Cependant, la domination coloniale néo-zélandaise entraîna également des tensions. Les Cookiens n'étaient pas consultés dans les affaires gouvernementales et n'avaient que peu de contrôle sur leurs terres. Après la Seconde Guerre mondiale, les revendications pour plus de participation politique et d'autonomie augmentèrent dans tout le Pacifique, y compris aux îles Cook. En 1946, le droit de vote fut élargi pour inclure les Cookiens dans l'élection d'un conseil consultatif, bien que la Nouvelle-Zélande conservât encore un contrôle majeur sur les affaires internes. Dans les années 1950 et 1960, les mouvements d'autonomie se renforcèrent. Albert Henry, un chef local, joua un rôle majeur dans cette lutte pour l'indépendance. En 1962, l'Assemblée législative des îles Cook fut créée, et les Cookiens purent élire leurs représentants.

Le 4 août 1965, les îles Cook obtinrent enfin le statut d'autonomie interne en libre association avec la Nouvelle-Zélande. Ce statut signifiait que les îles Cook prenaient en charge la plupart des affaires internes, tandis que la Nouvelle-Zélande restait responsable de la défense et des relations étrangères. Les habitants des îles Cook conservaient la nationalité néo-zélandaise. Le premier Premier ministre des îles Cook fut Albert Henry, du Parti des îles Cook (Cook Islands Party, CIP). Sous sa direction, le gouvernement a mis en oeuvre des politiques visant à améliorer les infrastructures, notamment en construisant des routes, des écoles et des hôpitaux.

Albert Henry a été un leader politique charismatique qui a consolidé son pouvoir au cours de ses premières années au gouvernement. Il a favorisé les relations étroites avec la Nouvelle-Zélande, cherchant à maintenir des liens forts tout en promouvant le développement économique des îles. Cependant, son gouvernement a également été marqué par des accusations de favoritisme, de corruption et de clientélisme. En 1978, après avoir été réélu à plusieurs reprises, Henry a été accusé d'avoir fraudé les élections en important des électeurs cookiens résidant en Nouvelle-Zélande pour voter en sa faveur. Cela a conduit à une enquête, et Henry a été contraint de démissionner la même année. Il a également perdu son titre de chevalier qui lui avait été accordé par la reine Elizabeth II.

Après la chute d'Albert Henry, le Parti démocratique dirigé par Tom Davis a remporté les élections de 1978. Tom Davis, un ancien médecin et chercheur ayant travaillé pour la NASA, est devenu Premier ministre et a gouverné jusqu'en 1987. Pendant son mandat, Davis a mis en oeuvre des réformes économiques et a cherché à diversifier l'économie des îles Cook, qui dépendait principalement de l'agriculture et des transferts financiers en provenance de la Nouvelle-Zélande. 

Les îles Cook ont renforcé leur statut international, même si elles ne sont pas un État souverain à part entière. Elles ont signé plusieurs accords bilatéraux et multilatéraux, y compris des accords de coopération avec des pays comme l'Australie, la France et les États-Unis. En 1984, les îles Cook ont établi une représentation diplomatique à l'ONU, bien qu'elles ne soient pas membres à part entière. En 1992, elles ont rejoint l'Organisation mondiale du commerce (OMC). En 1985, les îles Cook ont signé le Traité de Rarotonga, établissant une zone exempte d'armes nucléaires dans le Pacifique Sud.

Dans les années 1990, les îles Cook ont été confrontées à une grave crise économique. L'économie du pays dépendait largement des subventions néo-zélandaises, des exportations agricoles (notamment le coprah et les agrumes) et du tourisme. Toutefois, des problèmes de mauvaise gestion financière et une dette croissante ont conduit à un quasi-effondrement de l'économie au milieu des années 1990. En réponse, le gouvernement a mis en oeuvre un programme de réformes drastiques soutenu par le Fonds monétaire international (FMI), qui comprenait des réductions massives des effectifs de la fonction publique, des privatisations et des mesures d'austérité. Ces réformes ont été difficiles, mais elles ont aidé les îles Cook à stabiliser leur économie.

À partir des années 2000, les îles Cook ont misé sur le tourisme comme moteur principal de l'économie. Le tourisme est devenu l'industrie dominante. Des infrastructures touristiques ont été développées, notamment des stations balnéaires et des services pour les touristes. Les îles Cook ont également cherché à diversifier leur économie en explorant des secteurs tels que la pêche, les services financiers offshore et la vente de timbres et de pièces de monnaie à collectionner. Le secteur offshore a suscité des critiques internationales en raison de préoccupations liées au blanchiment d'argent et à la transparence financière.

Aujourd'hui, l'un des principaux défis auxquels les îles Cook sont confrontées est le changement climatique. Comme de nombreuses autres îles du Pacifique, les îles Cook sont vulnérables à la montée du niveau de la mer, aux tempêtes tropicales et à d'autres phénomènes météorologiques extrêmes. Le gouvernement des îles Cook a pris des mesures pour renforcer la résilience aux catastrophes et pour protéger les écosystèmes marins et terrestres. Un autre défi majeur est la migration. En raison de leur statut en libre association avec la Nouvelle-Zélande, de nombreux Cookiens ont émigré vers la Nouvelle-Zélande et l'Australie à la recherche de meilleures opportunités économiques. Cette émigration a entraîné une diminution de la population résidente sur les îles, en particulier sur les îles plus petites et éloignées.

Lors d'un référendum en 1994, les électeurs ont choisi de conserver le nom des îles Cook (Kūki ‘Airani) plutôt que de changer pour un nom maori pour les îles. La question a été relancée en 2019, mais après avoir été mal accueillie par la diaspora en Nouvelle-Zélande, le gouvernement a décidé de conserver le nom des îles Cook mais de fournir un nom maori à côté. Le nom maori n'a pas encore été déterminé. 

En 2021, les îles Cook ont demandé à être reconnues comme pays en développement à revenu élevé par l'OCDE, ce qui reflète les progrès réalisés en matière de développement économique malgré les défis.