Les Nicaraos, un autre groupe important, occupaient la région autour du lac Nicaragua. Comme les Chorotegas, ils étaient originaires du Mexique.Leur société était organisée en chefferies avec une hiérarchie sociale distincte. Les Nicaraos avaient un panthéon de dieux et pratiquaient des sacrifices humains. Leur art comprenait des céramiques et des textiles finement tissés.

Christophe Colomb longea la côte des Mosquitos en 1502. Le premier Européen qui ait parcouru le Nicaragua fut Espinosa, envoyé en 1519 par Pedro Arias, gouverneur de Panama. En 1522, Gil Gonzalez de Avila y conduisit une expédition et fit, alliance avec le cacique Nicaragua, chef des Aztèques de l'isthme de Rivas, dont le nom est demeuré au pays; il fut ensuite repoussé par les Dirians. Ceux-ci furent défaits par Hernandez de Cordova, qui fonda sur leur territoire Granada, puis, sur celui des Nagrandans, Leon (1523), et découvrit le San Juan, exploré en 1539 par Calero et Machuca. Les Indiens furent pillés et égorgés, finalement asservis. Les livres indigènes furent systématiquement détruits par le clergé catholique. Les objets archéologiques retrouvés en grand nombre (poteries, statuettes de basalte, pierres de sacrifice, etc.), se rapprochent de ceux de la civilisation aztèque du Mexique.

Le Nicaragua fit partie de la capitainerie générale de Guatemala. En 1811, Leon s'insurgea contre les Espagnols, mais fut vaincu; l'affranchissement n'eut lieu qu'en 1821, et le Nicaragua forma en 1823 l'un des cinq Etats unis de l'Amérique centrale. Mais l'union se rompit en 1839 et n'a jamais pu être restaurée. D'incessantes guerres civiles aggravaient cet état de choses. Le Nicaragua fut en conflit permanent avec le Costa Rica pour s'assurer la possession du delta entier du San Juan et du débouché du canal que l'on envisageait alors de creuser : il s'efforçait aussi de reprendre le district de Guanacaste et de la presqu'île de Nicoya, abandonnés en 1825 au Costa Rica. Un gouvernement régulier et stable ne fut organisé au Nicaragua qu'à partir de 1848. Les présidents furent : Don Ramirez, puis Pineda (mars 1851), le général Don Fruto Chamorro (26 février 1853). Le territoire de la république fut envahi par les Anglais : profitant du litige entre le Nicaragua et le Costa Rica pour la possession de San Juan, ils s'emparèrent de la tête de ligne présumée du futur canal et la dénommèrent Greytown (1^er janvier 1848). Les Etats-Unis leur firent alors signer le traité dit de Clayton-Bulwer par lequel ils garantissaient la neutralité du canal projeté. 

En 1851, un congrès négocia l'union du Honduras, du Nicaragua et de Costa Rica sans la réaliser: le 7 mars 1854, fut signé un traité d'alliance avec le Guatemala. Mais le parti démocratique s'insurgea sous la direction de Francisco Castellon et Maximo Jerez; ils prirent Leon (mai 1854) et bloquèrent dans Managua le président Chamorro qui y mourut le 12 mars 1855, mais fut remplacé par Jose Maria Estrada. Castellon eut alors la malheureuse idée d'appeler à l'aide un redoutable flibustier nord-américain, le colonel William Walker. Celui-ci recruta une bande d'aventuriers américains et allemands, s'empara de Granada (14 octobre 1855) et se fit reconnaître comme président par l'envoyé des Etats-Unis. Il dévalisa le pays, incendiant et massacrant; en deux ans, il fit périr plus de 40 000 personnes. 

Devant le péril commun, le Salvador, le Honduras et le Costa Rica signèrent une alliance (décembre 1855), et le 9 mars 1856 le Costa Rica déclara la guerre au flibustier américain; le Guatemala, le Salvador, le Honduras et le président provisoire du Nicaragua, Patricio Rivas, choisi par Walker lui-même, s'y associèrent; Walker, qui s'était fait élire président définitif, ne put se maintenir, malgré sa cruauté, et le 1^er mai 1857 dut capituler à Rivas. Le général Martinez fut élu président. Walker fit de nouvelles tentatives, débarquant à San Juan en 1857, puis au Honduras trois ans après; mais là le général Alvarez, le fit prisonnier et il fut fusillé le 12 septembre 1860. 

La même année, l'Angleterre céda son protectorat de la côte des Mosquitos au Nicaragua moyennant une rente viagère de 5000 dollars au prétendu roi des Mosquitos. En dehors des tentatives pour reconstituer la fédération de l'Amérique centrale, le principal incident extérieur fut le conflit avec l'Allemagne dont le consul avait été insulté (1877). Une démonstration navale imposa les satisfactions réclamées par l'empire (31 mars 1878). 

La politique intérieure du Nicaragua est dominée à l'époque par l'antagonisme des progressistes ou libéraux, dont le centre est à Granada, et des conservateurs ou cléricaux, qui dominent à Leon et Managua. Le gouvernement a été généralement régulier, moins troublé par des révolutions que dans les républiques voisines, et la gestion financière plus régulière.

En 1862, la réélection illégale de Martinez à la présidence provoqua l'insurrection du général Jerez, appuyé par Barrios, président du Salvador; ils furent vaincus avec l'appui du Guatemala. En 1867; Martinez fit élire Fernando Guzman; il régla définitivement l'affaire de la Mosquitie avec l'Angleterre et conclut avec les Etats-Unis un traité leur concédant le droit de transit interocéanique, avec port franc à chaque extrémité, moyennant quoi les Etats-Unis garantirent la neutralité du passage. 

Les présidents suivants furent : P.-J. Chamarra (1875), J. Zanala (1877), le Dr A. Cardenas (1883), Carazo (1887); mais ce dernier étant mort en octobre 1888 fut remplacé par un clérical de Leon, Sacasa; les libéraux de Granada protestèrent; l'administration illégale et ruineuse de Sacasa amena sa chute en 1893. Il fut remplacé par le libéral Zelaya qui intervint au Honduras pour y porter à la présidence son ami Bonilla. En 1894, il fit voter une nouvelle constitution.

Le 27 avril 1895, le commodore anglais Stephenson débarqua des troupes à Cornito et prit possession de la ville, parce que le gouvernement de Nicaragua n'avait pas répondu à un ultimatum de son gouvernement relatif à des réclamations pécuniaires. Huit jours après, le Nicaragua s'engageait, par l'entremise des Etats-Unis, à payer dans la quinzaine l'indemnité réclamée.

Une révolution éclata en février 1896 dans la province du Nord-Ouest; le président Zelaya se proclama dictateur. Le mois suivant, il s'empara de la ville de Mora et de Metapa, la forteresse des rebelles. Le gouvernement de Honduras lui avait envoyé un renfort de 2000 hommes.

Une nouvelle révolution fut tentée en février 1899 par le général Pablo Reyes, ex-gouverneur de la côte orientale, révoqué par le président Zelaya. Reyes se rendit, le 15, aux capitaines de la canonnière américaine et du croiseur anglais mouillés à Bluefields, et le nouveau gouverneur, le général Torrès, restitua aux commerçants américains les droits de douane indûment perçus par son prédécesseur.

A l'image du Honduras, du Salvador, du Costa Rica ou du Guatemala, le Nicaragua est, au début du XX^e siècle un des terrains d'action de l'United Fruit Company occupé militairement par les États-Unis de 1912 à 1925, puis de 1926 à 1933. Après le départ des Américains, le pouvoir passe à Anastasio Somoza (1933-1956) qui installe une dictature mafieuse. Celui-ci sera assassiné en 1956; son fils lui succède en 1957 et, en 1963, le libéral René Schick, un affidé du clan Somoza, est élu président de la République. A sa mort, en 1966, malgré les efforts des démocrates-chrétiens et des conservateurs, c'est le fils aîné de Somoza, Anastasio (surnommé Tachito), qui est propulsé à la présidence du pays.

En 1971, un coup d'Etat militaire renverse le régime. Mais Anastasio Somoza est réélu en septembre 1974. A partir de 1978 se développe une guerrilla sandiniste (du nom de César Augusto Sandino, 1898-1934, héros de l'indépendance), dirigée par Daniel Ortega Saavedra. Somoza quitte le pouvoir en juillet 1979. Une junte de reconstruction nationale, prônant au début le pluralisme démocratique et le non alignement, est mise en place. Les sandinistes se sont attachés à mettre en oeuvre des réformes visant à redistribuer les terres, nationaliser les industries et améliorer les services sociaux comme l'éducation et la santé. Toutefois, les difficultés économiques, les contrecoups de la guerre salvadorienne et les menées somozistes (qui agissent à partir du Honduras), vont conduire les sandinistes à radicaliser leur politique et à s'appuyer sur l'URSS. En réponse, les États-Unis commencent à parrainer des contre-guérilleros (les Contras) pendant la majeure partie des années 1980.  Ce conflit a causé des dizaines de milliers de morts et a dévasté l'économie du pays.

Sous la pression internationale et les accords de paix, des élections libres ont été organisées en 1990. Violeta Chamorro, candidate de l'opposition et soutenue par une coalition anti-sandiniste, remportera la présidence, marquant la fin du gouvernement sandiniste. Chamorro a entrepris de rétablir la paix et de relancer l'économie, mais son mandat a été compliqué par des défis économiques persistants et des tensions sociales. Le gouvernement doit mettre en oeuvre des politiques d'ajustement structurel soutenues par le FMI et la Banque mondiale, visant à stabiliser l'économie, réduire l'inflation et attirer les investissements étrangers. De nombreuses entreprises d'État sont privatisées, et des réformes fiscales et de marché sont introduites pour libéraliser l'économie.

Après avoir perdu des élections libres et équitables en 1996 et 2001, l'ancien président sandiniste Daniel Ortega, promettant un mélange de politiques socialistes et pragmatiques, a été élu président en 2006, Son retour au pouvoir a marqué le début d'une nouvelle ère pour le Nicaragua, avec une attention particulière portée à la réduction de la pauvreté et à l'amélioration des services sociaux. Ortega a mis en oeuvre des programmes sociaux visant à améliorer les conditions de vie des plus pauvres. Mais, bien que l'économie ait connu une certaine croissance, grâce notamment à l'aide vénézuélienne et à l'augmentation des investissements étrangers, le pays est resté confronté à des problèmes de pauvreté, de chômage et de corruption. Le Nicaragua a bénéficié de l'aide économique de pays comme le Venezuela, ce qui a contribué à financer des programmes sociaux et des infrastructures. 

Ortega, qui a consolidé son pouvoir en modifiant la constitution, a été reconduit à la tête du pays en  2011, 2016 et plus récemment en 2021. Depuis 2008, les élections municipales, régionales et nationales sont cependant entachées d'irrégularités généralisées.  Les institutions démocratiques se sont affaiblies sous son administration, le président ayant pris le contrôle de toutes les branches du gouvernement, surtout après avoir réprimé un mouvement de protestation antigouvernemental à l'échelle nationale en 2018. Ce mouvement avait éclaté en réaction contre une réforme des retraites proposée par le gouvernement. Puis les manifestations avait rapidement évolué en un mouvement plus large contre la corruption et l'autoritarisme. La réponse répression violente des manifestants causera des centaines de morts et des milliers de blessés. La répression a attiré des critiques internationales et a isolé davantage le régime d'Ortega, tandis que le pays s'enfonçait dans la crise économique.

Avant l'élection présidentielle de 2021, la plupart des principaux candidats de l'opposition ont été arrêtés ou contraints à l'exil, laissant seulement cinq candidats moins connus de petits partis alliés aux sandinistes de Daniel Ortega pour se présenter contre lui. (A.-M. B. / NLI).