Le duc de Nevers ayant fait bâtir un hôtel sur une partie de l'emplacement celui de Nesle, la princesse Marie de Gonzague de Clèves, sa veuve, obtint, en 1641, des lettres-patentes portant permission de vendre le terrain et les matériaux de cet hôtel à l'effet d'y bâtir des maisons et d'y ouvrir des rues. Henri de Guénégaud, ministre et secrétaire d'état, fut un des acquéreurs et fit construire, sur la partie dont il était devenu propriétaire, l'hôtel qui porta son nom et qui le donna ensuite à la rue pratiquée le long de son jardin. L'emplacement de cette voie publique, vers la rue Mazarine, était traversé anciennement par le mur de l'enceinte de Philippe-Auguste.

Une décision ministérielle en date du 23 frimaire an IX, signée Chaptal, a fixé la largeur de la rue Guénégaud à 10 m.