Elle a été ainsi appelée en raison du four banal de l'abbaye Saint-Germain-des-Prés, construit au coin de l'ancienne rue Neuve-Guillemin (auj. tronçon de la rue Bonaparte entre la rue du Four et la rue du Vieux-Colombier).
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Du n°20 au n°26 de la rue du Four, par Jules Gaildrau (1893)).

En 1551, dit Sauval, cette rue n'était pas encore pavée, ainsi que plusieurs autres des environs. Les habitants s'en plaignirent souvent au prévôt de Paris, qui enfin condamna ces religieux à la faire paver à leurs frais. 

Une décision ministérielle du 13 fructidor an VIII, signée L. Bonaparte, fixa la moindre largeur de cette voie publique à 10 m. En vertu d'une ordonnance royale du 2 août 1843, cette moindre largeur est portée à 13 m.