Les langues Mixe-Zoque ont un inventaire consonantique relativement riche, avec des consonnes occlusives, fricatives, et nasales. Certaines langues montrent une variété de consonnes glottalisées et éjectives. Les voyelles sont généralement courtes et longues, avec des distinctions de qualité (comme les voyelles orales et nasales) et parfois de quantité. Ces langues sont souvent écrites avec des alphabets latins adaptés, bien que certaines aient des systèmes d'écriture spécifiques ou historiques.

Elles sont généralement analytiques, avec une forte utilisation de mots composés et de suffixes pour exprimer des notions grammaticales. Certaines langues montrent des traces de flexion, mais la plupart sont agglutinantes, ce qui signifie qu'elles attachent des affixes (préfixes, suffixes, infixes) aux racines pour exprimer des catégories grammaticales. Les noms peuvent avoir des suffixes pour indiquer le pluriel, le genre, et d'autres catégories grammaticales. Les verbes sont généralement complexes, avec des affixes pour exprimer le temps, le mode, le sujet, l'objet, et d'autres aspects grammaticaux. Certaines langues ont des systèmes de temps verbaux élaborés. L'ordre des mots est généralement SOV (Sujet-Objet-Verbe), mais il peut varier selon les contextes et les langues spécifiques. Les langues Mixe-Zoque utilisent des postpositions plutôt que des prépositions pour marquer les relations spatiales et autres. Les pronoms personnels sont utilisés pour souligner ou éviter la répétition, et ils peuvent varier en fonction du contexte syntaxique.

Le vocabulaire est principalement autochtone, avec des emprunts occasionnels aux langues mayas et aux langues européennes après la conquête espagnole. Les noms propres peuvent inclure des éléments indiquant le lieu de naissance, le clan, ou d'autres aspects culturels. Les différentes variétés de Mixe et de Zoque et peuvent se classer comme suit :
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