Les langues khoïsan du Sud sont parmi les plus menacées au monde. Beaucoup sont déjà éteintes ou ne comptent plus qu'un très petit nombre de locuteurs. Par exemple, le nǀu, autrefois parlé en Afrique du Sud, n'est plus utilisé que par quelques locuteurs âgés, rendant cette langue quasiment éteinte. Les causes principales de ce déclin sont la marginalisation historique des peuples San, la pression des langues dominantes comme l'afrikaans, le tswana et l'anglais, ainsi que les changements socio-économiques qui ont forcé de nombreuses communautés à abandonner leur mode de vie traditionnel.

Les clics.
Les langues khoïsan se signalent, on l'a dit, leur utilisation extensive de sons de clics, qui sont rares dans les autres langues du monde (il existe aussi des emprunts de clics dans des langues non khoïsanes, comme le xhosa et le zoulou). Ces clics sont utilisés pour marquer des consonnes et sont employés de manière très systématique, en les combinant avec d'autres consonnes et voyelles pour former des mots. Ces sons sont essentiels à la phonologie et aux distinctions lexicales de ces langues. Un mot peut avoir des significations totalement différentes selon le type de clic utilisé. Ce sont des sons produits en utilisant des mécanismes d'articulation uniques impliquant la langue et le palais. Ils sont très variés et se retrouvent dans de nombreux mots de ces langues. Les langues tuu et !Ui (groupe des langues khoïsan méridionales) contiennent certains des systèmes de clics les plus élaborés au monde, avec une multitude de variations. Par exemple, le ǃXóõ (ou taa) a environ 80 clics différents. La notation des clics dans les langues khoïsan utilise généralement des symboles spécifiques issus de l'alphabet phonétique international (API) ou des systèmes adaptés. Parmi les clics les plus courants, on mentionnera les suivants, accompagnés de leur notation API :

• Le clic dental est produit en collant la langue contre les dents de devant et en l'aspirant vers l'arrière. Ce son ressemble à celui qu'on fait pour exprimer la désapprobation (comme un "tsk tsk"). Notation API : ǀ (barre verticale).

• Le clic latéral est généré en plaçant la langue contre les molaires et en l'aspirant latéralement. Ce son est similaire à un bruit de claquement de langue. Notation API : ǁ.

• Le clic alvéolaire est produit en plaçant la langue contre le palais près des alvéoles (juste derrière les dents du haut) et en la retirant brusquement. Ce son est souvent perçu comme un "pop". Notation API : ǃ.

• Le clic postalvéolaire (ou palatal) est formé en plaçant la langue plus loin en arrière, près du palais, et en la tirant. Ce clic est plus complexe et dense en sonorité. Notation API : ǂ.

• Le clic bilabial est plus rare. Il est similaire au son d'un baiser. Notation API : ʘ.

Grammaire.
Les langues khoïsan suivent généralement l'ordre Sujet-Objet-Verbe (SOV), bien que certaines langues puissent aussi utiliser l'ordre SVO. Certaines distinguent plusieurs genres, incluant parfois non seulement les genres masculin et féminin, mais aussi des distinctions comme animé/inanimé. Le système de nombre est complexe. Il peut inclure des distinctions entre le singulier, le duel (deux éléments), et le pluriel. Par exemple, un mot peut avoir une forme pour "un", une autre pour "deux", et une autre pour "plus de deux".

Les langues khoïsan utilisent des systèmes de classes nominales, similaires à ceux trouvés dans les langues bantoues. Ces classes affectent non seulement les noms, mais aussi les pronoms, les adjectifs et parfois même les verbes. Les marqueurs de classe peuvent indiquer des informations comme le genre, le nombre et d'autres distinctions sémantiques. Le marquage des cas peut être présent pour indiquer les fonctions grammaticales comme le sujet, l'objet direct ou indirect. Cela se fait généralement par l'ajout de suffixes ou de préfixes.

Le système verbal peut être très riche, avec des distinctions précises pour le temps, l'aspect, le mode, et la voix. Certaines langues distinguent plusieurs aspects, comme l'accompli (action achevée), l'inaccompli (action en cours), ou encore l'habituel. Par ailleurs, les langues khoïsan possèdent ordinairement des systèmes pronominaux complexes avec des distinctions pour le genre, le nombre, et parfois la classe nominale. La possession est généralement marquée par des suffixes ou des particules spéciales qui varient selon le possesseur et l'objet possédé.

Les clics  font partie intégrante de la grammaire, car ils peuvent servir à différencier les racines lexicales. La combinaison des clics avec les voyelles et consonnes influence la morphologie des mots et joue un rôle important dans la syntaxe.

Les langues khoïsan sont généralement agglutinantes ou synthétiques, ce qui signifie qu'elles utilisent des préfixes, suffixes ou infixes pour ajouter des informations grammaticales (comme le nombre, le temps, etc.) aux mots racines. Certaines langues peuvent aussi présenter des structures où plusieurs morphèmes s'imbriquent pour former un seul mot complexe. Les particules grammaticales, habituellement non accentuées, jouent un rôle important pour marquer les relations entre les mots, comme les particules qui indiquent les interrogations ou les négations.

Certaines langues khoïsan, particulièrement celles en contact avec des langues bantoues comme le xhosa ou le zoulou, ont intégré des éléments de ces langues, influençant leur grammaire. Par exemple, on peut trouver des emprunts dans les systèmes de classes nominales ou dans la conjugaison.
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