L'histoire de cette rivière est profondément marquée par son rôle de voie de communication. En 1673, les explorateurs français Jacques Marquette et Louis Jolliet l'empruntèrent après une courte liaison terrestre (un portage) depuis la rivière Fox, ouvrant ainsi une route majeure entre les Grands Lacs et le Mississippi. Le nom même du Wisconsin provient de Meskousing, le terme rapporté par Marquette, qui évoluera plus tard en Ouisconsin avant d'être anglicisé en sa forme actuelle. Au XIX^e siècle, la rivière devint une artère essentielle pour l'industrie du bois, les troncs d'arbres étant flottés depuis les forêts du nord jusqu'aux scieries en aval, un commerce qui a laissé une empreinte durable sur les communautés riveraines.

Aujourd'hui, la rivière Wisconsin est un exemple frappant de cours d'eau à la fois exploité pour ses ressources et préservé pour sa beauté naturelle. Surnommée "la rivière la plus travailleuse d'Amérique", elle est jalonnée de 26 barrages qui produisent de l'énergie hydroélectrique et régulent son débit, une gestion coordonnée par la Wisconsin Valley Improvement Company depuis le début du XX^e siècle. À l'opposé, son tronçon inférieur, s'étendant sur 150 kilomètres de Prairie du Sac jusqu'à son embouchure, est un sanctuaire de nature sauvage. Ce segment, protégé en tant que Lower Wisconsin State Riverway, est totalement libre, sans aucun barrage, ce qui préserve ses hautes falaises de grès, ses forêts alluviales et ses bancs de sable.

Ces paysages préservés abritent une biodiversité remarquable. Les forêts inondables de la basse vallée, comme celle de Wauzeka Bottoms, sont dominées par l'érable argenté et le chêne des marais, créant un habitat essentiel pour une avifaune diversifiée incluant pics et hérons. Les eaux de la rivière, quant à elles, soutiennent des populations de poissons variées, du maskinongé et du doré au poisson-chat, en passant par des espèces de moules d'eau douce dont certaines sont menacées. Cette richesse naturelle offre un terrain de jeu privilégié pour les amateurs de plein air, qui viennent y pêcher, pagayer en canoë, ou camper sur les bancs de sable durant l'été, tandis que les aigles pêcheurs et les pygargues à tête blanche survolent le corridor fluvial, symboles du rétablissement de l'écosystème.