Il se retira en 1688 à Port-Royal-des-Champs, par motif de piété, revint ensuite à Paris, fut nommé docteur-régent de la Faculté et en devint doyen en 1712. Il voua les dix dernières années de sa vie aux pratiques d'une austère dévotion, dans le couvent des carmélites de la rue Saint-Jacques, à Paris, et mourut en 1737. Un Traité de la saignée est au nombre de ses ouvrages, et on croit que c'est à lui que Le Sage l'ait allusion dans le docteur Sangrado de son roman de Gil Blas. 

Dans la Médecine théologique, 2 vol. in-12, Hecquet s'efforce de montrer que la médecine doit affermir la religion chez les médecins en élevant leurs idées vers Dieu. La Médecine, la Chirurgie et la Pharmacie des pauvres, 3 vol. in-12, a en une grande vogue. Son livre intitulé le Naturalisme des convulsions dans les maladies a pour but de prouver qu'il n'y avait rien de surnaturel dans les convulsions des jansénistes au tombeau de Pâris.