Cyaxare II est une figure de l'histoire de l'Iran ancien, dont l'existence même fait débat parmi les historiens. Contrairement à Cyaxare I^er, bien attesté par plusieurs traditions, Cyaxare II n'apparaît que dans une source principale, la Cyropédie de Xénophon, œuvre à mi-chemin entre le traité philosophique et le récit historique, rédigée au IV^e siècle av. JC. Cette singularité documentaire explique les incertitudes qui entourent sa biographie. Dans la tradition xénophontique, il représente un modèle de roi légitime mais prudent, capable de reconnaître le mérite d'un subordonné exceptionnel et de lui céder progressivement le pouvoir. Dans la perspective historiographique moderne, il est plutôt perçu comme un personnage narratif servant à rendre la montée de Cyrus plus progressive et politiquement acceptable, en évitant l'image d'une usurpation violente du pouvoir mède.

Selon Xénophon, Cyaxare II serait le fils d'Astyage et donc le petit-fils de Cyaxare I^er. Il hériterait du trône des Mèdes à la mort de son père, à une époque où le royaume mède est encore une puissance majeure du Proche-Orient. Toutefois, dans ce récit, il est présenté comme un souverain moins énergique et moins compétent que son célèbre neveu, Cyrus II, fils de Cambyse I^er et de Mandane, elle-même fille d'Astyage.

Dans la Cyropédie, Cyaxare II règne formellement sur les Mèdes, mais il confie le commandement militaire à Cyrus, reconnaissant implicitement ses qualités stratégiques et son charisme. Cette relation entre les deux hommes est centrale : Cyaxare II apparaît comme un roi légitime mais effacé, tandis que Cyrus incarne l'énergie conquérante et la capacité d'unifier les peuples iraniens. Ensemble, ils mènent des campagnes contre les puissances voisines, notamment l'Empire néo-babylonien.

Xénophon décrit en détail la collaboration entre les Mèdes et les Perses dans la guerre contre Babylone. Cyrus agit en chef de guerre, tandis que Cyaxare II conserve la dignité royale. Après la prise de Babylone, événement majeur traditionnellement daté de 539 av. JC, Cyrus continue d'honorer son oncle, lui laissant le titre de roi des Mèdes. Pour renforcer leur alliance, Cyrus épouse la fille de Cyaxare II, dont le nom n'est pas toujours précisé dans les sources, consolidant ainsi l'union dynastique entre Mèdes et Perses.

Dans ce récit, Cyaxare II meurt sans héritier masculin, ce qui permet à Cyrus d'hériter pacifiquement de l'ensemble du royaume mède, unifiant ainsi les deux peuples sous une seule autorité et posant les bases de l'Empire achéménide. Cette transition apparaît comme harmonieuse et légitime, sans renversement brutal.

Cependant, cette version des faits entre en contradiction avec d'autres sources antiques, notamment celles d'Hérodote et les documents cunéiformes babyloniens, qui ne mentionnent pas l'existence de Cyaxare II. Dans ces traditions, Astyage est le dernier roi des Mèdes, directement renversé par Cyrus, sans intermédiaire. Cette divergence a conduit la majorité des historiens modernes à considérer Cyaxare II comme un personnage fictif ou une construction littéraire de Xénophon, destinée à illustrer des idées politiques sur la royauté idéale et la transmission du pouvoir.

Certains chercheurs ont néanmoins tenté d'identifier Cyaxare II à des figures historiques obscures ou à des souverains mentionnés sous d'autres noms dans des sources orientales, mais aucune identification n'a été unanimement acceptée. L'absence de preuves archéologiques ou épigraphiques solides renforce le scepticisme à son sujet.