Au début des années 1820, Moshoeshoe (aussi orthographié Moshesh) a réussi à unir les divers clans basotho et à établir une structure de gouvernance stable et  s'est fait roi (1822) sous le nom de Moshoeshoe I^er. Les Basotho occupaient jusqu'en 1835, époque où les Boers se sont emparés de leurs meilleurs pâturages, toute la région qui constitue aujourd'hui l'État d'Orange en Afrique du Sud. Préservés par l'intervention des Anglais contre de nouveaux envahissements de la part des Boers, ils se sont installés aux sources de l'Orange et du Caledon, sur le versant occidental des montagnes qui séparent le bassin d'Orange du territoire de Natal. Moshoeshoe I^er a signé plusieurs traités avec les Britanniques. Le traité de Thaba Bosiu de 1858 a marqué un accord de protection et de reconnaissance du royaume Basotho par les Britanniques.

En 1868, le royaume Basotho est devenu un protectorat britannique après la demande de Moshoeshoe I^er d'une protection contre les Boers et les guerres internes. Cette décision a marqué le début de l'influence coloniale britannique dans la région. Pendant la période coloniale, il y a eu des rébellions et des conflits internes en raison des politiques des Britanniques et des tensions entre les différents groupes au sein du royaume. Moshoeshoe I^er est mort en 1870. Son fils, Letsie I^er, lui a succédé et a poursuivi la politique de préservation et de résistance face aux influences extérieures.

Le Lesotho (alors appelé Basutoland) est resté sous administration britannique jusqu'à son indépendance en 1966. Pendant cette période, les structures politiques traditionnelles basotho ont été maintenues en partie, mais les autorités coloniales ont également imposé des changements administratifs et économiques. Dans les années 1950, les mouvements nationalistes et politiques du Basutoland se sont intensifiés, appelant à l'indépendance du protectorat britannique. Le Parti Basotho National (BNP), dirigé par Chief Leabua Jonathan, et le Parti démocratique du Lesotho (LDP), dirigé par le Dr. Ntsu Mokhehle, étaient à cette époque des acteurs politiques majeurs. En 1965, des élections ont été organisées, marquant un pas important vers l'indépendance. Le BNP, dirigé par Jonathan, a remporté les élections générales,  ce qui a consolidé son pouvoir.

Le Lesotho a obtenu son indépendance du Royaume-Uni le 4 octobre 1966, avec Leabua Jonathan comme premier Premier ministre. Le pays est devenu une monarchie constitutionnelle avec le roi Moshoeshoe II comme chef d'État. Les premières années après l'indépendance ont été marquées par des tensions politiques. Le BNP de Jonathan, a exercé un contrôle autoritaire, ce qui a conduit à des conflits avec l'opposition et des manifestations. En 1970, après des élections controversées, Jonathan a annulé les résultats et a suspendu la constitution. Au final, cela a abouti un coup d'État militaire en 1986. Le général Justin Lekhanya a pris le pouvoir. Le régime militaire a été remplacé par une monarchie constitutionnelle sous la direction Moshoeshoe II. Cependant, des tensions politiques ont continué, entraînant une instabilité persistante.

À la fin des années 1990 et au début des années 2000, des réformes politiques ont été mises en place pour stabiliser la situation. Le roi Moshoeshoe II a été exilé en 1990, mais est revenu au Lesotho en 1992 et rétabli en 1995. Son fils, le roi Letsie III, lui a succédé en 1996. En 1993, une nouvelle constitution a été adoptée et le Lesotho a restauré un système parlementaire multipartite. Depuis lors, le Lesotho a connu des alternances politiques régulières. Les élections générales ont eu lieu tous les cinq ans, avec divers partis politiques et coalitions prenant le pouvoir. Le Parti démocratique du Lesotho (LDP) a été un acteur clé, ainsi que le Parti du Congrès du Lesotho (LCD). 

En 1998, des protestations violentes et une rébellion militaire ont suivi une élection controversée et ont suscité une brève mais sanglante intervention des forces militaires d'Afrique du Sud et du Botswana, mandatées par la Communauté africaine méridionale de développement (Southern African Development Community). Les réformes constitutionnelles ont depuis permis un retour à la stabilité politique; des élections parlementaires paisibles ont ainsi pu avoir lieu en 2002, mais les élections à l'Assemblée nationale en 2007 ont été vivement disputées et les partis lésés ont contesté la manière dont la loi électorale était appliquée pour attribuer des sièges à la proportionnelle à l'Assemblée.

En 2012, à l'issue d'élections impliquant 18 partis, le premier ministre Motsoahae Thomas Thabane a formé un gouvernement de coalition (le premier dans l'histoire du pays) et a mis ainsi fin pacifiquement aux fonctions de Pakalitha Mosisili, en poste depuis 14 ans. Mosisili est revenu au pouvoir lors d'élections anticipées en février 2015 après l'effondrement du gouvernement de coalition de Thabane et une prétendue tentative de coup d'État militaire. En juin 2017, les élections générales ont entraîné la formation d'un gouvernement de coalition dirigé par le Premier ministre Thomas Thabane, qui a été remplacé par l'actuel Premier ministre Sam Matekane en 2022.

Aujourd'hui, le Lesotho a été confronté à la pauvreté, au chômage et à une dépendance économique vis-à-vis de l'Afrique du Sud. Le pays est également touché par des questions de santé publique, notamment le VIH/SIDA, qui a eu un impact significatif sur la population. Des progrès ont cependant été réalisés en matière d'éducation et d'infrastructures. Des projets de développement, comme la construction de barrages et d'infrastructures routières, ont été entrepris pour soutenir l'économie et améliorer les conditions de vie.