Au XIII^e siècle, l'empire mongol de Gengis Khan conquiert la région. Après la fragmentation de l'empire, les Kirghiz passent sous le contrôle de divers khanats mongols, puis de l'empire timouride. Du XV^e au XVIII^e siècle, le territoire kirghiz est contrôlé par plusieurs khanats, dont celui de Kokand. Les Kirghiz  ont souvent résisté à ces pouvoirs extérieurs, menant une vie semi-nomade et préservant leurs structures tribales.

Au XIX^e siècle, l'Empire russe commence son expansion en Asie centrale. En 1876, le Kirghizistan est annexé par la Russie après la chute du khanat de Kokand. Les politiques coloniales russes, notamment la conscription forcée pendant la Première Guerre mondiale, provoquent une révolte majeure en 1916. La répression est brutale, avec des milliers de Kirghiz tués ou déplacés.  Après la révolution de 1917 et la guerre civile russe, le Kirghizistan est intégré à la nouvelle Union soviétique. En 1924, la République autonome soviétique du Kirghizistan est créée, avant de devenir une république socialiste soviétique à part entière en 1936. Les années 1930 sont marquées par la collectivisation forcée et la répression stalinienne, qui perturbent profondément la société kirghize traditionnelle.

Pendant la Seconde Guerre mondiale, la région fournit des ressources à l'effort de guerre soviétique. L'après-guerre voit la poursuite de l'industrialisation et de la modernisation sous le régime soviétique. Les décennies suivantes sont caractérisées par des progrès dans l'éducation, la santé et les infrastructures. Toutefois, les traditions culturelles kirghiz sont souvent réprimées au profit de l'idéologie soviétique.  Dans les années 1980, les réformes de Mikhaïl Gorbatchev apportent un certain degré de libéralisation politique et économique. Les mouvements nationalistes et indépendantistes commencent à émerger. En 1990, Askar Akaïev, un scientifique respecté,  est élu président de la république soviétique du Kirghizistan. Le 31 août 1991, suite à la tentative de coup d'État contre Gorbatchev et à la désintégration de l'Union soviétique, le Kirghizistan déclare son indépendance de l'Union soviétique. La reconnaissance internationale suit la dissolution de l'URSS en décembre 1991.

Sous le leadership d'Askar Akaïev, le Kirghizistan adopte une constitution démocratique en 1993.  Akaïev lance des réformes économiques visant à libéraliser l'économie et attirer les investissements étrangers, mais les résultats sont mitigés, avec des difficultés économiques persistantes et une pauvreté croissante. À la fin des années 1990 et au début des années 2000, le régime d'Akaïev devient de plus en plus autoritaire, ce qui entraîne une opposition croissante et des accusations de corruption et de népotisme. En mars 2005, des manifestations massives éclatent contre le régime d'Akaïev, accusé de fraude électorale lors des élections parlementaires. Akaïev fuit le pays, et Kourmanbek Bakiev devient président par intérim avant de remporter les élections présidentielles en juillet 2005. Bakiev promet des réformes démocratiques et économiques, mais son régime est également marqué par des accusations de corruption et d'autoritarisme. Les tensions ethniques entre Kirghiz et Ouzbeks augmentent, notamment dans le sud du pays. En avril 2010, des manifestations éclatent contre Bakiev, accusé de corruption et de mauvaise gestion économique. La violence atteint son paroxysme avec des affrontements à Bichkek, la capitale. Bakiev est contraint de fuir le pays.

Après la fuite de Bakiev, un gouvernement intérimaire dirigé par Roza Otounbaïeva est mis en place. En juin 2010, une nouvelle constitution est adoptée, réduisant les pouvoirs présidentiels et instaurant un système parlementaire. Almazbek Atambaïev remporte les élections présidentielles en 2011, marquant une transition pacifique du pouvoir. Atambaïev se concentre sur la stabilisation économique, la lutte contre la corruption et le renforcement des institutions démocratiques, bien que les défis persistent. L'ancien Premier ministre et membre au pouvoir du Parti social-démocrate du Kirghizistan, Sooronbay Jeenbekov, remplace Atambaïev après avoir remporté l'élection présidentielle de 2017, la plus disputée de l'histoire du pays, bien que des observateurs électoraux internationaux et locaux aient relevé des cas d'achat de voix et d'abus des ressources publiques. Des tensions apparaissent rapidement entre Jeenbekov et Atambaïev, son ancien allié. En 2019, Atambaïev est arrêté et accusé de corruption, ce qui exacerbe les tensions politiques. Les élections parlementaires d'octobre 2020 déclenchent des manifestations de masse en raison des allégations de fraude électorale. Les manifestations mènent à la démission de Jeenbekov, marquant un autre changement de pouvoir.

Sadyr Japarov, un homme politique emprisonné pour des accusations liées à des enlèvements de fonctionnaires, est libéré par ses partisans pendant les manifestations de 2020. Il devient rapidement une figure clé et est élu président en janvier 2021. En avril 2021, un référendum approuve une nouvelle constitution renforçant les pouvoirs présidentiels, revenant à un système présidentiel. Japarov fait face à des défis économiques, notamment la lutte contre la corruption, l'amélioration des infrastructures, et la gestion des relations avec les puissances voisines comme la Russie et la Chine.