Lors de l'établissement des Trente tyrans, il fut banni et se retira à Thèbes (404); il y groupa les patriotes démocrates, s'empara du fort de Phylé, puis du Pirée, défit les aristocrates; ceux-ci firent appel à Sparte, et Lysandre vint bloquer le Pirée, mais le roi Pausanias s'entendit avec Thrasybule et obtint des Spartiates leur consentement au retour des exilés dans Athènes (automne 403); Thrasybule, vainqueur des aristocrates retirés à Eleusis, fit proclamer une amnistie. 

En 395, il fit conclure une alliance avec Thèbes contre Sparte. En 390, il fut envoyé avec une flotte de quarante navires au secours des démocrates de Rhodes, se rendit en Thrace où il obtint l'alliance des Odryses, restaura la démocratie à Byzance, s'empara de Méthymne (Lesbos); il reconstituait la confédération maritime athénienne, ne demandant aux cités alliées que le paiement d'un droit de 5% sur les importations et exportations. Arrivé à Aspendos en Pamphylie, il fut assassiné la nuit par les habitants qui refusaient ce tribut.