L'île de Futuna a été atteinte par des navigateurs néerlandais en 1616 et Wallis le fut par des Britanniques en 1767. Les missionnaires catholiques français ont été les premiers Européens à s'installer définitivement à Wallis et Futuna en 1837. Les missionnaires ont converti la majeure partie de la population de Wallis en 1842 et de Futuna en 1846.  Les missionnaires et le roi nouvellement converti Lavuela d'Uvea sur Wallis ont demandé à la France un protectorat en 1842 suite à une rébellion des habitants. La France accepta, bien que le statut de protectorat ne soit ratifié qu'en 1887. 

En 1888, le roi Musulamu d'Alo et le roi Tamole de Sigave, tous deux à Futuna, signèrent un traité établissant un protectorat français; le protectorat de Wallis et Futuna sera intégré au territoire de la Nouvelle-Calédonie la même année. La France a renégocié les termes du protectorat avec les trois rois du territoire en 1910, élargissant l'autorité française.

Wallis et Futuna a été la seule colonie française à se ranger du côté du régime de Vichy pendant la Seconde Guerre mondiale jusqu'à l'arrivée des troupes françaises libres et américaines en 1942.  En 1959, habitants des îles votèrent pour rester sous la tutelle de la France, mais dans le cadre d'un statut de Territoire d'Outre-mer, avec une administration distincte de celle de la Nouvelle-Calédonie. Statut acquis en 1961. Malgré la scission, une importante communauté wallisienne et futunienne vit toujours en Nouvelle-Calédonie. 

En 2003, Wallis et Futuna est devenue une collectivité d'outre-mer. Wallis et Futuna est devenu membre associé du Forum des îles du Pacifique en 2018, deux ans après que les autres territoires français du Pacifique soient devenus membres à part entière de l'organisation.