Au moment de l'arrivée des Européens, les Caribs avaient remplacé les Arawaks dans de nombreuses îles, bien qu'Anguilla ait été peu peuplée à cette époque. Le premier contact européen avec Anguilla date de 1493, lorsque Christophe Colomb aperçut l'île lors de son deuxième voyage. Cependant, Anguilla, relativement petite et peu fertile, n'attira pas immédiatement les colons européens. Ce n'est qu'en 1650 que des colons anglais, principalement venus de Saint-Christophe (Saint Kitts et Nevis), commencèrent à s'installer sur l'île. Ils y introduisirent des cultures comme le tabac, le coton et le maïs.

Anguilla, en raison de sa petite taille et de son manque de ressources naturelles, resta largement à l'écart des grands courants de la colonisation européenne. Cependant, les colons anglais furent rapidement confrontés à des tentatives de prise de contrôle par les Français. En 1666, les Français attaquèrent l'île et en prirent brièvement possession, mais les Anglais la récupérèrent peu après.

L'île, qui manque de sources d'eau douce et dont les sols sont relativement pauvres, n'était pas propice aux grandes plantations comme celles qui prospéraient dans d'autres îles des Caraïbes. Les colons vivaient principalement de l'agriculture de subsistance et de la pêche. À la fin du XVII^e siècle et au début du XVIII^e siècle, certains d'entre eux commencèrent à élever du bétail et à cultiver le coton pour l'exportation. L'esclavage fut introduit à Anguilla pour soutenir ces activités agricoles, mais à une échelle beaucoup plus réduite que dans les autres îles des Caraïbes, en raison des limites géographiques et économiques de l'île. Néanmoins, les Africains réduits en esclavage constituaient une part importante de la population.

Pendant la majeure partie de son histoire coloniale, Anguilla fut administrée avec d'autres territoires britanniques des Caraïbes. À partir de 1825, elle fut annexée à la colonie de Saint Kitts et Nevis, une décision qui mécontenta fortement les Anguillais, car ils se sentaient négligés par l'administration basée à Saint-Kitts. Les tensions atteignirent leur paroxysme au milieu du XX^e siècle, après que la Fédération des Indes occidentales (1958-1962) échoua à unifier les colonies britanniques des Caraïbes. En 1967, Anguilla fut incluse dans un nouveau statut de gouvernement associé avec Saint Kitts et Nevis, connu sous le nom de Saint Kitts et Nevis-Anguilla. Ce statut accordait une autonomie interne tout en maintenant les trois îles sous la souveraineté britannique. Cependant, les Anguillais, en particulier sous la direction de leaders comme Ronald Webster, refusèrent ce rattachement et proclamèrent leur volonté de se séparer de Saint-Kitts. 

En mai 1967, une révolte éclata à Anguilla, et l'île expulsa les autorités de Saint-Kitts. Les Anguillais demandèrent directement à la Grande-Bretagne de devenir une colonie séparée, mais les négociations furent longues et difficiles. En 1969, les troupes britanniques furent brièvement envoyées à Anguilla pour rétablir l'ordre, mais l'île continua de réclamer son autonomie. Finalement, après des négociations, Anguilla obtint le statut de territoire britannique à part entière en 1980, séparée de Saint Kitts et Nevis. Anguilla bénéficie d'un statut de dépendance de la Couronne depuis 1982; ; son gouverneur restant nommé par la reine et désormais le roi d'Angleterre.

Depuis cette séparation, Anguilla est un territoire britannique d'outre-mer, jouissant d'un haut degré d'autonomie tout en maintenant des liens avec le Royaume-Uni. L'île a développé une économie principalement fondée sur le tourisme, en raison de ses magnifiques plages et de son climat tropical, ainsi que sur des services financiers offshore.

Le passage de l'ouragan Irma, le 7 septembre 2017, a causé sur l'île des dommages considérables.