L'histoire des îles Eparses est intimement liée à la navigation européenne dans l'océan Indien à partir du XVI^e siècle. Souvent basses et dangereuses, elles ont été découvertes progressivement, et ont été généralement signalées sur des cartes par les navigateurs portugais, français ou anglais, parfois à la suite de naufrages. Les Îles Glorieuses ont été repérées en 1674 par l'explorateur Charles de Brosses, et les autres îles ont été découvertes au cours des siècles suivants. Juan de Nova doit son nom d'un navigateur portugais, Europa, qui pourrait dériver d'un navire britannique du même nom. Tromelin tire son nom du commandant français Tromelin qui secourut les survivants d'un naufrage célèbre.

Les îles restent relativement peu connues et peu explorées pendant très longtemps. Elles sont principalement des territoires non habités, utilisés sporadiquement pour des activités comme la pêche et l'exploitation de guano. Tout change avec l''intérêt croissant des puissances européennes pour les voies maritimes et les ressources à la fin du XIX^e siècle. L'ouverture du canal de Suez en 1869 accroit l'importance stratégique du Canal du Mozambique. C'est dans ce contexte que la France, qui cherche à sécuriser ses routes maritimes vers ses colonies et à exploiter des ressources potentielles, procède à l'annexion progressive de ces îles. Les îles Glorieuses sont ainsi annexées par la France en 1880. Bassas da India et Europa sont annexées en 1897. Juan de Nova est annexée en 1897 également. Tromelin, découverte par les Français au XVIII^e siècle (et théâtre du drame des esclaves oubliés après le naufrage de l'Utile en 1761), est officiellement annexée par la France en 1810 puis rattachée à La Réunion.

Après leur annexion, ces îles sont rattachées administrativement à la colonie française de Madagascar, à l'exception de Tromelin. La plupart son concédées à des entreprises privées ou des particuliers pour l'exploitation de leurs ressources. La principale ressource exploitée a été le guano, un engrais très recherché à l'époque, qui a été extrait sur Juan de Nova, Europa et les Glorieuses. D'autres tentatives d'exploitation ont eu lieu, comme la culture du sisal (une plante textile) sur Juan de Nova et Europa, ou la production de coprah (huile de coco) aux Glorieuses. Ces exploitations étaient difficiles, souvent temporaires, et impliquaient la présence de petits groupes de travailleurs sous des conditions précaires, qui ont dû affronter le manque d'eau douce, les cyclones et l'isolement. Seule une activité limitée et intermittente a persisté sur certaines îles jusqu'au milieu du XX^e siècle.

Le tournant majeur intervient avec l'indépendance de Madagascar en 1960. La France, par une loi du 1^er avril 1960, choisit de ne pas transférer la souveraineté de ces îles au nouvel État malgache, les considérant comme des territoires distincts, bien qu'ayant été administrés depuis Antananarivo pendant des décennies. Cette décision est à l'origine des revendications de souveraineté de Madagascar sur Europa, Juan de Nova, Bassas da India et les îles Glorieuses. L'île Tromelin fait quant à elle l'objet d'une revendication de la part de l'île Maurice, qui considère que Tromelin faisait partie de ses dépendances sous administration britannique, une revendication que la France ne reconnaît pas. Les Comores revendiquent également les îles Glorieuses en raison de leur proximité géographique et de liens historiques supposés. Ces différends de souveraineté restent non résolus à ce jour, bien qu'ils soient régulièrement évoqués dans les instances internationales et dans les relations bilatérales.

De 1960 à 2007, les ÃŽles Éparses, à l'exception de Tromelin (qui resta rattachée à La Réunion), sont administrées par le préfet de La Réunion. En 2007, une loi française les rattache formellement aux Terres Australes et Antarctiques Françaises (TAAF), ce qui leur confèreun statut administratif particulier et renforce l'affirmation de la souveraineté française. La France a réaffirmé en 2009 sa souveraineté sur les ÃŽles Éparses, malgré les revendications concurrentes. 

Aujourd'hui, les ÃŽles Éparses n'ont pas de population permanente civile significative. Elles abritent principalement de petites garnisons militaires (généralement des gendarmes ou des militaires des Forces armées de la Zone Sud de l'Océan Indien - FAZSOI) chargées de faire respecter la souveraineté française, ainsi que des personnels civils et scientifiques. Elles jouent un rôle essentiel en matière de météorologie, avec des stations nécessaires pour la prévision des cyclones dans la région. Elles servent également de bases pour la recherche scientifique, notamment en biologie marine, en ornithologie et en suivi climatique. 

Leur petite superficie terrestre contraste fortement avec l'immense zone économique exclusive (ZEE) de 2,8 millions de km² qu'elles génèrent pour la France dans l'océan Indien, une zone riche en biodiversité marine et potentiellement en ressources sous-marines. La préservation de ces écosystèmes fragiles est devenue une priorité, et la plupart des îles sont classées en réserve naturelle stricte. Malgré leur petite taille et leur éloignement, les Îles Éparses représentent ainsi des enjeux stratégiques, scientifiques, environnementaux et diplomatiques majeurs pour la France dans l'océan Indien.