Les explorations européennes se poursuivent, mais les îles restent relativement peu connues et peu explorées jusqu'à la fin du XIX^e siècle. Elles sont principalement des territoires non habités, utilisés sporadiquement pour des activités comme la pêche et l'exploitation de guano.

Conflits territoriaux et administration.

Les premières revendications territoriales par la France remontent à 1840. Les Îles Glorieuses sont annexées par la France, suivies par les autres îles dans les décennies suivantes.

Dans les années 1950, l'administration des îles commence progressivement à être formalisée dans le cadre des Terres australes et antarctiques françaises (TAAF), un territoire d'outre-mer français qui inclut également des régions en Antarctique. 
Le 1^er janvier 1960, elles ont été placées sous l'autorité directe du Ministère de l'Outre-mer. Le 19 septembre 1960 un décret a transféré cette charge au préfet de la Réunion, qui l'a conservée jusqu'au 3 janvier  2005, date à laquelle un autre décret a confié l'administration de ces îles au haut commissariat chargé des TAAF (Terres Australes et Antarctiques Françaises). Depuis février 2007, les îles Eparses font partie intégrante des TAAF.

Les Îles Éparses deviennent à partir des années 1970 un point de discorde entre plusieurs pays en raison de leurs ressources maritimes et de leur emplacement stratégique. Des revendications concurrentes apparaissent, notamment de la part de Madagascar, des Comores, et d'autres pays voisins.

Écologie et conservation.
La France commence à mettre en place dans les années 1980 des mesures de protection pour ces îles en raison de leur richesse écologique. Les Îles Éparses deviennent des zones de conservation pour protéger la biodiversité unique des récifs coralliens, des oiseaux marins et des écosystèmes insulaires.

Dans les années 2000, des efforts accrus sont faits pour préserver et étudier la biodiversité des îles. La France renforce les régulations environnementales et met en place des projets de recherche scientifique pour surveiller les écosystèmes marins et terrestres.

Développements récents.

La France a réaffirmé en 2009 sa souveraineté sur les Îles Éparses, malgré les revendications concurrentes. Les îles sont officiellement reconnues comme faisant partie des TAAF, et des initiatives de conservation et de gestion environnementale sont mises en œuvre.

Aujourd'hui, les Îles Éparses continuent d'être un point focal pour les efforts de conservation marine. Elles sont également sujettes à des discussions internationales concernant la gestion des ressources maritimes et les droits de souveraineté dans l'océan Indien.