En 1857-58 il revint en Égypte, puis fit un voyage en Perse à titre officiel. De 1864 à 1868 il fut consul au Caire; de 1868 à 1870 professeur à Göttingen, en 1870 appelé à diriger l'école d'égyptologie créée par le vice-roi au Caire, en 1873 et 1876 commissaire général du gouvernement égyptien aux Expositions de Vienne et de Philadelphie; en 1881 il reçut le titre de pacha.  Il a fondé en 1863 Zeitschrift für aegyptische Sprache und Altertumskunde. 

Si Heinrich Brugsh ne s'est signalé par aucune de ces découvertes qui classent au premier rang, il n'en a pas moins rendu par ses publications, spécialement dans l'ordre lexicographique, les plus grands services à ceux qui s'occupent de l'Égypte ancienne. (A19).

En bibliothèque - Ses principaux ouvrages sont : Grammaire démotique (Berlin, 1855); Recherches sur la division de l'année chez les anciens Égyptiens (Berlin, 1856); Monuments de l'Égypte (Berlin, 1857); Geographische lnschriften altoegyptischer Denkmäler (Leipzig, 1857-1860,3 vol.); Histoire de l'Égypte (Leipzig, 1859, t. I); Recueil de monuments égyptiens (avec Dümichen; Leipzig, 18621866, 4 fasc.); Reise der königlich preussischen Gesandtschaft nach Persien (Leipzig, 1862-1863, 3 vol.) ; Hieroglyphisch-demotisches Wörterbuch (Leipzig, 18671882, 7 vol.); Ueber Bildung und Éntwickelung der Schrift (Berlin, 1868); Die oegyptische Gräberwelt (Leipzig, 1868); Grammaire hiéroglyphiqueà l'usage des étudiants (Leipzig, 1872); Dictionnaire géographique de l'ancienne Égypte (Leipzig, 1877-1880); Reise nach der grossen Oasis Et Chargeh (Leipzig, 1878, av. 27 planches); Thesaurus Aegyptiacarum inscriptionum (parution à partir de 1882); Religion und Mythologie der alten AÉgypter (Leipzig, 1884).