Issu d'une famille de l'intelligentsia polonaise, le jeune BronisÅ‚aw grandit dans un milieu intellectuel où les langues, les livres et les discussions savantes occupent une place centrale. Son père, Lucjan Malinowski, est un linguiste et folkloriste reconnu, professeur à l'Université Jagellonne, et sa mère, Józefa, issue d'une famille de propriétaires terriens, est une femme cultivée qui veille à son éducation après la mort prématurée du père en 1898. 

Il entreprend des études de philosophie, de mathématiques et de physique à l'Université Jagellonne de Cracovie. C'est là qu'il obtient en 1908 un doctorat en philosophie avec une thèse portant sur l'économie de la pensée, sous la direction de philosophes influencés par le positivisme et l'empirisme. Pendant ses études, une grave maladie le contraint à l'immobilité, et c'est durant sa convalescence qu'il lit pour la première fois l'ouvrage de James George Frazer, Le Rameau d'or. Cette lecture agit sur lui comme une révélation et l'oriente définitivement vers l'anthropologie, discipline alors en pleine institutionnalisation en Grande-Bretagne.

Il quitte la Pologne en 1910 pour poursuivre sa formation à l'université de Leipzig, où il suit les enseignements du psychologue Wilhelm Wundt et de l'économiste Karl Bücher. Il s'intéresse à la psychologie des peuples, à l'origine des institutions économiques et à la méthode comparative. La même année, il s'installe à Londres et s'inscrit à la London School of Economics, où il devient l'élève de Charles Gabriel Seligman et d'Edward Westermarck, deux figures majeures de l'anthropologie britannique. Il adopte rapidement la langue anglaise comme langue de travail et publie en 1913 un premier ouvrage important, La Famille chez les indigènes australiens, fondé sur des matériaux de seconde main, dans lequel il critique les théories évolutionnistes simplistes sur la promiscuité primitive.

Sa première expérience de terrain a lieu de septembre 1914 à mars 1915 chez les Mailu de l'île de Toulon, au large de la Nouvelle-Guinée, sous la direction de Seligman. Ce premier séjour lui permet de tester ses méthodes d'observation, mais il le juge lui-même insuffisant car il n'a pas encore une maîtrise complète de la langue locale ni une immersion prolongée dans la vie quotidienne des habitants.

C'est lors de sa deuxième expédition, de juin 1915 à octobre 1918, qu'il met en oeuvre ce qui deviendra la méthode de l'observation participante. Il s'installe d'abord chez les habitants des îles Trobriand, en Mélanésie, où il plante sa tente au milieu du village d'Omarakana, refusant de s'isoler dans les missions ou les postes coloniaux. Il apprend la langue kiriwinienne, tient un journal intime, multiplie les entretiens, observe les échanges, les rituels, la navigation, les jardins, les querelles, les jeux et les pratiques magiques. La Première Guerre mondiale le surprend alors qu'il est sous juridiction australienne, et bien qu'il soit citoyen austro-hongrois, donc ressortissant d'une puissance ennemie, il obtient l'autorisation de poursuivre ses recherches sur le terrain, grâce à l'appui de ses collègues britanniques et australiens.

De cette immersion exceptionnelle naissent les oeuvres majeures qui bouleversent l'anthropologie. En 1922 paraît Les Argonautes du Pacifique occidental (Argonauts of the Western Pacific), ouvrage fondateur dans lequel il décrit le système de la kula, ce vaste réseau d'échanges cérémoniels de colliers et de bracelets en coquillages qui relient des îles éloignées. Il y montre que les Trobriandais ne sont pas des êtres mus par la simple survie, mais qu'ils élaborent des institutions complexes, fondées sur l'honneur, le prestige, la réciprocité et des règles juridiques précises.  Malinowski y expose pour la première fois de façon systématique sa méthode ethnographique, fondée sur un séjour prolongé sur le terrain, l'apprentissage de la langue locale et l'observation directe de la vie quotidienne des populations étudiées. La publication de ce livre le rend célèbre dans le monde anglophone et établit sa réputation de chef de file de l'anthropologie sociale. L'introduction théorique de l'ouvrage est d'ailleurs devenue un texte de référence sur les principes méthodologiques de l'ethnographie moderne. 

Il développe ensuite une Å“uvre théorique abondante. Dans Crime et coutume dans la société sauvage  (Crime and Custom in Savage Society), publié en 1926,  il s'oppose aux conceptions évolutionnistes qui présentaient les sociétés dites primitives comme dépourvues de véritable ordre juridique. Il y montre au contraire que le droit trobriandais repose sur des mécanismes de réciprocité et d'obligations mutuelles qui assurent la cohésion sociale sans nécessiter d'institutions coercitives centralisées.

La même année sort Mythe, magie et religion ainsi que des réflexions rassemblées plus tard sous le titre La sexualité et sa répression dans les sociétés primitives (Sex and Repression in Savage Society, 1927), où il engage un dialogue critique avec la psychanalyse freudienne, notamment sur la question du complexe d'Oedipe, qu'il juge non universel et dépendant de la structure familiale propre à chaque société. Il y compare la famille trobriandaise, de type matrilinéaire, avec la famille occidentale patriarcale.

En 1929 paraît La vie sexuelle des sauvages du nord-ouest de la Mélanésie (The Sexual Life of Savages in North-Western Melanesia), étude approfondie des moeurs, du mariage, de la parenté et des pratiques sexuelles chez les Trobriandais, avec une précision ethnographique inédite, refusant le moralisme victorien comme les généralisations psychanalytiques alors en vogue. L'ouvrage est un important jalon de l'anthropologie de la sexualité et de la parenté.

Les jardins de corail et leur magie (Coral Gardens and Their Magic), publié en 1935, porte sur l'agriculture trobriandaise et sur les pratiques magiques qui l'accompagnent. Cet ouvrage en deux volumes propose une analyse les liens entre savoir technique, croyances magiques et organisation sociale, etcontient également une réflexion linguistique importante sur la théorie du contexte de situation, développée avec le linguiste J.R. Firth, qui a influencé la linguistique fonctionnelle britannique.

Sa théorie fonctionnaliste s'élabore progressivement. Selon lui, chaque institution existe parce qu'elle remplit une fonction dans la satisfaction des besoins humains, qu'ils soient biologiques, psychologiques ou sociaux. Il s'oppose aux reconstitutions historiques conjecturales des évolutionnistes et des diffusionnistes, et affirme que l'anthropologue doit étudier d'abord la manière dont une culture fonctionne dans le présent, avant de spéculer sur ses origines. Il insiste sur la nécessité de saisir le point de vue de l'indigène, sa vision du monde, ses motifs et ses émotions, une posture qui annonce ce que l'on appellera plus tard l'émique.

En 1927, il est nommé à la première chaire d'anthropologie sociale de la London School of Economics, où il exerce une influence considérable sur toute une génération d'étudiants venus du monde entier, parmi lesquels figurent Edward Evan Evans-Pritchard, Meyer Fortes, Raymond Firth, Audrey Richards, Isaac Schapera et bien d'autres. Ses séminaires deviennent le centre d'une véritable école, où l'on discute avec passion de terrain intensif, de parenté, d'économie primitive, de religion et de changement social. Il voyage, donne des conférences aux États-Unis, en Afrique du Sud et en Europe, et participe activement aux débats sur le colonialisme et le développement, plaidant pour une anthropologie appliquée utile aux administrateurs coloniaux tout en critiquant les effets destructeurs de la colonisation sur les sociétés indigènes.

Pendant les années trente, il effectue plusieurs voyages de recherche en Afrique orientale et australe, chez les Bemba, les Swazi et d'autres peuples, afin d'étudier les transformations économiques et culturelles liées au contact colonial et à la modernisation. Il y observe les marchés, les migrations de travail, les mines et les réserves, et en tire des analyses sur le changement social qu'il rassemble dans des ouvrages comme Les Dynamiques du changement culturel, publié après sa mort.

Lorsque la Seconde Guerre mondiale éclate, il se trouve aux États-Unis, où il enseigne comme professeur invité à l'université Yale à partir de 1939. Il y poursuit ses recherches, publie une introduction théorique à l'anthropologie, Une théorie scientifique de la culture, et s'engage dans les débats sur la reconstruction du monde d'après-guerre. Il prépare un grand ouvrage sur les transformations culturelles en Afrique et travaille sur les questions de planification sociale. Sa santé se dégrade cependant rapidement. Il meurt d'une crise cardiaque en 1942 à New Haven à l'âge de cinquante-huit ans. 

Une théorie scientifique de la culture (A Scientific Theory of Culture, publié à titre posthume en 1944) expose de façon synthétique sa théorie fonctionnaliste de la culture. Selon Malinowski, chaque institution sociale, chaque croyance ou pratique culturelle répond à des besoins fondamentaux, qu'ils soient biologiques, psychologiques ou sociaux; la culture forme ainsi un tout intégré dont les éléments doivent être compris par leur fonction plutôt que par leur origine historique.

Il faut également mentionner son Journal d'ethnographe (A Diary in the Strict Sense of the Term), publié en 1967, et tenu en polonais pendant ses séjours de terrain en Nouvelle-Guinée, provoque une vive controverse. Certains lecteurs y découvrent avec étonnement ou indignation des expressions de colère, d'ennui, de désir ou de mépris à l'égard des indigènes, qui semblent contredire l'image du chercheur empathique qu'il avait lui-même promue. D'autres y voient au contraire un document d'une honnêteté radicale, témoignant des difficultés réelles de l'enquête de terrain, et une source précieuse pour comprendre comment la science se construit dans la tension entre engagement personnel et exigence méthodologique.