La tradition veut que Saint Marc, s'enfuyant devant un terrible ouragan, abordât en ces lieux et y fut accueilli par un ange qui l'aurait salué avec les mots : « Pax Tibi, Marce, Evangelista Meus » mot qui, par la suite, fut adopté comme devise de la République.

Au lieu de la chapelle construite sur place, fut élevée en 1534, sur les plans du Sansovino en partie modifiée par le moine Zorzi, l'église actuelle, dont la façade fut édifiée, entre 1568 et 1572, sur dessin de Palladio au frais du patriarche d'Aquileia. Les deux grandes des statues en bronze de Moïse et de Saint Paul, placées dans les niches latéralement à la porte, sont des oeuvres médiocres de Tiziano Aspetti, fin du XVI^e siècle.

L'intérieur en forme de croix latine a une seule nef avec cinq chapelles assez profondes de chaque côté, et des chapelles dans le bras de la croix.

Au-dessus des bénitiers statues en bronze de Saint François et de Saint Jean Baptiste par A. Vittoria.

Sur l'autel de la première chapelle, à droite, les Saints Jean Baptiste, Jacques, Jérôme et Catherine par Salviati; aux parois la Cène par Francesco Rizzo da Santa Croce et la Résurrection, tableau de l'école vénitienne du XVI^e siècle, jadis attribué au Giorgione, considéré à présent comme l'oeuvre de Pietro della Vecchia.

Dans la deuxième chapelle la Nunziata par Pier Maria Pennacchi; sur l'autel de la troisème, la Vierge dans une gloire et les Saints Jean l'Évangéliste, François d'Assise, Nicolas et Ludovic, par Palma Giovine; aux parois les tombeaux des doges Francesco et Alvise Contarini, XVIII^e siècle.

À l'autel de la quatrième chapelle une Résurrection attribuée à Paolo Véronèse, dans la cinquième - Barbaro - le Baptême du Christ de Battista Franco surnommé le Semolei.

Le Saint Marc écrivant, placé au-dessous de la chaire, est une oeuvre de Francesco Montemezzano, auquel on peut attribuer aussi l'Assomption qui est au-dessus de la même chaire.

Dans le bras droit de la croix à droite près de la porte, chapelle Morosini. Sur l'autel le tableau plein de charme de Fra Antonio da Negroponte; la Vierge est assise sur un trône adorant l'enfant Jésus couché nu sur ses genoux; à droite un ange soulevant un pan du riche manteau de brocart d'or à ramages dont la Vierge est couverte, à ses côtés encore un ange en prière; à gauche deux anges en adoration droits sur le bras du trône qui, riche en motifs architectoniques et décoratifs, se dresse devant un massif de roses épanouies.

Le Père éternel et le Saint Esprit en forme de colombe peints dans le centre furent ajoutés au XVII^e siècle. La porte qui s'ouvre dans ce bras de la croix fut construite par Sansovino.

La chapelle du choeur est l'oeuvre de Longhena; à extérieur, adossés aux pilastres, les monuments à Andrea Gritti et à l'avocat Triadano, XVI^e siècle.

La chapelle à gauche du choeur - Giustiniani - est décorée de sculptures lombardes du XVI^e siècle.
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Sculptures de la chapelle Giustiniani, dans  l'église San Francesco della Vigna.

L'autel a sur le devant le Jugement dernier; au-dessus de la table deux colonnes soutiennent un entablement surmonté par un frontispice; dans la frise sont représentés le Crucifiement et la Déposition le la Croix. Entre les deux colonnes, un retable, divisé par des pilastres et des corniches en trois ordres

et neuf compartiments; supérieurement la Vierge et l'enfant Jésus entre deux anges qui agitent des encensoirs; au milieu Saint Jérôme entre des saints et dans la prédelle, trois histoires de la vie de Saint Jérôme. Les pilastres, décorés de sculptures ornementales, portent dans, leur soubassement des anges musiciens. Les sculptures, des parois représentent des bustes de prophètes et d'évangélistes; ces derniers, pleins de force et de caractère, peuvent être attribués à Tullio Lombardo; dans la frise seize histoires de la vie de Jésus.

Sur l'autel de la Sainte chapelle se conserve un tableau de Giovanni Bellini (1507) représentant la Vierge et l'enfant entre les Saints Jean Baptiste, François, Sébastien, Saint Jérôme et le donateur en costume de pèlerin. Dans la sacristie (autel, à gauche) tableau attribué à Jacobello del Fiore, peut-être, d'un des Vivarini, représentant Saint Bernardino de Sienne entre les Saints Jérôme et Louis.

Le cloître du XV^e siècle, n'offre qu'un médiocre intérêt; la grotte qu'on y a construite au milieu avec la statue en plâtre de Saint François est d'un goût discutable.

En rentrant dans l'église on voit au-dessus de la chaire un Christ en gloire, oeuvre de Girolamo Rizzo da Santa Croce, qui a peint aussi le Martyre de Saint Laurent, placé sur l'autel au-dessus de la même chaire.

Dans le tableau d'autel de la première chapelle tout auprès de la chaire, Paolo Véronèse représenta, au-dessus d'un socle, la Vierge avec l'enfant et aux côtés Saint Joseph, le petit Saint Jean embrassant un agneau, Saint Antoine et Sainte Catherine. Ce tableau avait été alloué à Véronèse en 1562 par Antonio Giustiniani.

Le tableau d'autel de la chapelle suivant fut peint par Guseppe Salviati. Il y représenta la Vierge entre les saints Antoine et Bernard. Dans les pendentifs de la même chapelle, qui contient les tombeaux du patriarche Alvise et de Nicolo Sagredo, oeuvres d'Antonio Gai 1743, J. B. Tiepolo représenta les quatre évangélistes; sur la paroi de l'autel l'évêque Saint Antonin, la Vierge, enfant et les deux anges sont d'assez bonnes peintures du XVII^e siècle.

L'autel de l'avant dernière chapelle est construit en pierre; les statues en marbre dans les niches (Saint Anoine entre les Saints Roch et Sébastien) sont l'oeuvre de A. Vittoria.

Les peintures de la dernière chapelle, allouées par le patriarche Grimani à G. B. Franco, furent achevées par Federigo Zuccheri et sont aujourd'hui presque effacées.

Sur l'autel l'Adoration des Mages, copie de Gregoleti au-dessus la Résurrection de Lazare que, peut-être, Zuccheri ne fit que peindre sur le dessin de Franco. Sur la paroi de droite la Prédication du Christ, au plafond ne restent plus que des traces de fresques.

Le cloître est intéressant, à cause des nombreuses pierres tombales qu'il contient et le clocher aussi n'est pas sans prix; il fut construit par Bernardin Ongarino en 1581.(V. Alinari).