Certaines espèces ne possèdent souvent que de 1 à 6 de ces prolongements qui, dans ce cas, sont relativement longs et forts, et que l'on appelle alors des flagelles ou des flagellums parce qu'ils ressemblent à des sortes de petits fouets. Les Infusoires qui en sont munis forment la classe des Flagellés. Les autres espèces possèdent des cils vibratiles courts, généralement très nombreux et constituant souvent un revêtement complet sur toute la surface du corps; elles forment la classe des Ciliés.

Ils se multiplient tous par scissiparité, et les divisions successives s'effectuent si rapidement chez certaines espèces qu'un seul individu peut en donner plusieurs centaines d'autres dans vingt-quatre heures.

Leur cytoplasme renferme généralement une ou plusieurs de ces petites vésicules brillantes qui ont la propriété de se contracter fréquemment, souvent toutes les cinq secondes, et que l'on appelle pour cela les vésicules contractiles; les différents produits de désassimilation, ainsi que l'acide carbonique, se condensent dans ces vésicules à mesure qu'ils prennent naissance et sont ensuite expulsés au dehors par leurs contractions : ce sont des sortes d'organes excréteurs.

Certaines espèces ont leur membrane complètement close et ne peuvent se nourrir que de substances dissoutes dans l'eau; d'autres possèdent un orifice servant de bouche (cytostome) et certains enfin ont même un anus (cytoprocte)

Les Ciliés

Le caractère fondamental des espèces de ce groupe est la présence de cils vibratiles couvrant totalement ou partiellement la surface du corps; ce sont les Infusoires les plus élevés en organisation. Ces formes sont communes dans toutes les mares et les cours riches en matières organiques, où abondent les bactéries dont elles font leur nourriture habituelle; elles pullulent dans les infusions d'herbes et dans l'eau contenant des matières végétales en décomposition; il y en a toujours en abondance dans la panse des Ruminants, le rectum et la vessie des Batraciens, le tube digestif de certains Vers. etc.

Enfin plusieurs espèces ont été trouvées dans le tube digestif de l'humain  où l'une d'elles, le Paramoecium coli ou Balantidium coli, produit une dysenterie particulière appelée la dysenterie balantidienne, par oppositiion à la dysenterie amibienne. Elle vit normalement dans le caecum et le côlon du porc et arrive accidentellement chez l'humain par l'eau ou par l'ingestion de viande de porc contaminée et insuffisamment cuite.

Les formes d'Infusoires ciliés. 
Parmi les innombrables espèces d'Infusoires ciliés (Tableau à la fin de l'article) nous citerons :

1° Les Paramécies. 
Les paramécies sont très communes dans les eaux douces renfermant des végétaux. Nous prendrons comme exemple celle qui cause la dysenterie balantidienne (fig. ci-dessous). Le corps est une cellule ovoïde de 100 à 200 µ de longueur entièrement recouverte de cils vibratiles locomoteurs se faisant jour à travers une couche cuticulaire mince et transparente; cette cuticule porte des stries longitudinales et équidistantes le long desquelles sont placés les cils vibratiles. Tous les cils étant sensiblement de même longueur on qualifie les Paramécies d'Holotriches (trichos = poil).

Le noyau ou macronucléus, ovoïde ou en haltère, présente la particularité d'avoir toujours à son voisinage immédiat un petit corpuscule chromatique entouré d'une zone claire et appelé le micronucléus; c'est lui qui est impliqué dans les mécanismes de la reproduction.

L'un des pôles présente une dépression en entonnoir ou péristome (1) au fond de laquelle se trouve un petit orifice ou cytostome mettant le contenu cellulaire à nu et qui est une véritable bouche; c'est par là que pénètrent les bactéries constituant la nourriture habituelle des Infusoires et où elles sont entraînées par les mouvements des cils du péristome, beaucoup plus robustes que ceux de la surface du corps; elles y pénètrent renfermées dans une goutte d'eau qui s'enfonce dans la cellule qui en opère la digestion; à ces gouttes d'eau on donne le nom de vacuoles digestives.

Les résidus sont rejetés au dehors par un orifice spécial l'anus ou cytoprocte (2) qui s'ouvre à leur passage et se referme aussitôt.

2° Les Colpodes.
Les Colpodes (Colpoda) forment  un genre de Protozoaires établi par O. Fr. Müller. Les Colpodes ont le corps ovoïde avec une sorte d'échancrure latérale, au fond de laquelle se trouve la bouche, pourvue d'une lèvre transverse saillante; la surface est réticulée ou marquée de stries noduleuses obliques. Ce sont des Infusoires extrêmement commurs, que l'on peut se procurer avec la plus grande facilité, en laissant macérer, dans un demi-litre d'eau, une poignée de foin de l'année, jusqu'à ce que le liquide devienne trouble. Chaque goutte de cette eau renferme des Colpodes souvent par légions. La raison de ce fait, en apparence étrange, est facile à donner :  les Colpodes sont fort communs dans toutes les eaux douces et lorsque, par suite du dessèchement des mares ou des terrains inondés, il arrive que ces animaux sont à sec, ils sécrètent aussitôt autour de leur corps une enveloppe mince et résistante, sous laquelle ils s'enkystent. En cet état, le vent peut les emporter partout comme des poussières quelconques, et de fait on les rencontre partout : Stein a même trouvé de ces kystes sur des feuilles de bouleau à 600 m d'altitude, dans une localité sans eau, où le vent seul avait pu les apporter. En conséquence donc, on a toute chance qu'il s'en trouve dans une poignée de foin quelconque et ces êtres ont vite fait de pulluler dans la macération, où ils trouvent réalisées les meilleures conditions de développement. Le type de ce genre est le C. cucullus Ehr.

3° Les Stentors.
Les Stentors (fig. ci-dessous), en forme de corne d'abondance, et qui atteignent 4 mm, sont les géants du groupe; ils sont souvent fixés par leur extrémité inférieure au fond d'une coque gélatineuse h qu'ils se sécrètent; le noyau n a une forme très allongée, ainsi que la vésicule contractile c.

4° Les Vorticelles.
Les Vorticelles (fig. ci-dessous) ont la forme d'urne coupe pleine fixée sur les feuilles immergées à l'aide d'un long pédoncule contractile (p) ayant la propriété de se ramasser en tire-bouchon et de se détendre brusquement à la façon d'un ressort.

Leur corps est nu et les cils n'existent que sur le pourtour du péristome (a) qui est en forme de disque circulaire, d'où le qualificatif d'Infusoires discotriches ou péritriches donné aux espèces de ce groupe. Mais, par contre, leur intérieur présente plusieurs couches de fibrilles contractiles longitudinales, ce qui en fait les espèces les plus différenciées parmi les Infusoires.

Enkystement et conservation des Infusoires ciliés.
Beaucoup d'espèces d'Infusoires possèdent la curieuse propriété de se conserver pendant plusieurs années à l'état de vie ralentie, enfermées dans une membrane résistante. Pendant la mauvaise saison ou quand les conditions de nutrition deviennent défavorables, les cils disparaissent, la bouche s'oblitère et le corps s'entoure d'une membrane protectrice rappelant la chitine des Insectes. Ainsi enkysté, l'Infusoire peut rester à l'état de vie ralentir pendant plusieurs années à la double condition d'être au sec et d'être humecté de temps en temps. Si le vent l'entraîne quelque jour dans une eau lui offrant des conditions favorable, il se gonfle, fait éclater son kyste et reprend sa vie normale.

Reproduction.
La reproduction des Infusoires ciliés se fait par division; elle a lieu dans le sens longitudinal chez les espèces fixées et dans le sens transversal chez les formes libres. Le noyau principal (macronucléus) n'est pas seul à se diviser; le petit amas de chromatine appelé micronucléus ou paranucléus qui l'accompagne toujours, se divise également en 2n chromosomes, dont la moitié suit le noyau de chacune des deux cellules nouvelles. La multiplication des Paramécies, qui a pu être observée pendant de longues périodes dans des liquides nutritifs, se fait avec une grande rapidité, à raison de deux à cinq divisions toutes les vingt-quatre heures. 

Les Flagellés

Les Flagellés ou Zooflagellés sont des formes caractérisées par la présence d'un ou de plusieurs flagelles ou fouets et l'absence de cils vibratiles. Certaines espèces de Flagellés vivent en parasites chez l'humain, où ils sont la cause déterminante de certaines affections et particulièrement de la maladie du sommeil. Ce sont ceux que nous étudierons en premier lieu.

Les Trypanosomes.
Les Trypanosomes vivent pour la plupart dans le sang d'un très grand nombre de Vertébrés et dans le tube digestif de certains Invertébrés. En Asie, en Afrique et en Amérique ils provoquent de graves épizooties chez les animaux domestiques, boeuf, cheval, âne, mouton, etc.

Deux espèces du genre Trypanosoma, le Trypanosoma gambiense et le T. rhodesiense, vivent dans le sang et le liquide céphalo-rachidien de l'humain et produisent la maladie du sommeil.

Le mode de reproduction des Trypanosomes.
La reproduction se fait par scissiparité et s'opère de la façon suivante : la cellule grossit, le noyau et le blépharoplaste se rapprochent, puis se divisent chacun en deux ainsi que le flagellum, qui commence sa scission par sa base (phases 2, 3 et 4 de la figure ci-dessous).

Celui-ci continue de découper successivement sur ses flancs, et par le même procédé, une série d'autres trypanosomes-filles qui restent tous accolés, laissant leurs flagellums sont libres, et l'ensemble prend ainsi la forme d'une rosace (7). Enfin la masse cellulaire finit par s'étrangler en autant de tronçons qu'il y a de noyaux (8), chaque tronçon constituant un nouveau trypanosome indépendant (9).

Le cycle évolutif des Trypanosomes.
L'évolution des Trypanosomes comprend deux phases :

1° La première se passe dans le tube digestif et les glandes salivaires de deux espèces de Glossines (Glossina palpalis et G. morsitans), qui sont des mouches sensiblement de la taille des mouches domestiques, mais s'en distinguent par le croisement de leurs ailes au repos. Chez ces hôtes, les Trypanosomes prennent une forme un peu différente.

2° La seconde phase se passe chez l'humain à la suite de piqûres faites par des Glossines qui y déposent les Trypanosomes de leur salive. Les parasites se développent d'abord aux points piqués, où il se produit une sorte de furoncle; ils atteignent ensuite le sang par la voie lymphatique et déterminent une dyspnée intense (jusqu'à 140 mouvements respiratoires à la minute); enfin, dans les cas les plus avancés, ils envahissent le système nerveux central en passant dans le liquide céphalo-rachidien où ils occasionnent alors des troubles nerveux profonds, qui sont caractéristiques de la maladie du sommeil ou Trypanomiase : fièvres irrégulières, somnolence de plus en plus accentuée, maux de tête (céphalalgie), tremblements des membres, puis coma et mort au bout de quatre à huit mois. 

Koch pensait que les Glossines, bien que vivant sur les buissons, se nourrisaient surtout de sang de crocodiles qu'elles vont piquer entre les plaques, et pour lui il y avait une relation constante entre la présence de ces reptiles et l'extension de la maladie du sommeil; mais il a été reconnu par la suite  que les Glossines se nourrissent également du sang d'une foule d'autres animaux. Toutefois elles ne deviennent infectieuses que dix-huit jours après avoir absorbé du sang d'un animal parasité, temps nécessaire à l'évolution du parasite dans leur tube digestif, et elles sont ensuite capables de transmettre indéfiniment la maladie.

Autres Trypanosomes.
Un Trypanosome du genre Leishmania, est également la cause d'une maladie chez les humains, la leishmaniose cutanée ou kala-azar. Elle est transmise aux humains par l'intermédiaire de la morsure des Phlébotomes; il en résulte des lésions de la peau qui peuvent devenir chroniques. La leishmaniose cutanée est endémique dans 88 pays; 90% de cas se produisent en Iran, en Afghanistan, en Syrie, en Arabie Saoudite, au Brésil et au Pérou; les animaux sauvages et domestiqués aussi bien que des humains peuvent agir en tant que réservoirs de l'infection.

La présence de Trypanosomes pathogènes dans le sang n'est pas spéciale à l'humain. D'autres espèces proches, comme les singes, sont susceptibles d'êtres touchés par les espèces du genre Trypanosoma, et d'autres genres peuvent être les agents de la maladie chez de nombreux Vertébrés à la suite de piqûres faites par toutes sortes d'insectes. Les deux principales trypanosomiases atteignant le bétail sont : 

1° la nagana, transmise par une espèce de Glossine appelée la mouche tsé-tsé (Glossina morsitans), et se montrant chez le boeuf, le cheval et l'âne dans les régions de l'Afrique centrale;

 2° la surra des Indes qui est transmise aux Équidés par les piqûres des taons.

Les Choanoflagellés.
Le caractère des Choanoflagellés est d'avoir une de leurs extrémités fixée au bout d'un long pédoncule et l'autre coiffée d'une collerette (choanos = collerette) formant une sorte de calice dans lequel est placé l'unique flagellum.

On peut citer comme exemple le Conocladium (fig. ci-dessous) dont les cellules vivent groupées en petits bouquets. Le calice, dont les parois ne sont qu'un simple prolongement de l'ectoplasme, reçoit les proies et les chasse par ses contractions. La structure des Choanoflagellés rappelle tout à fait celle des cellules à collerette des Éponges.

C'est la reproduction par division qui est la plus générale; il se fait une simple scissiparité dans le sens longitudinal (fig. ci-dessous); si l'espèce est pourvue d'une bouche et d'un flagellum, elle prend une seconde bouche et un second flagellum avant de se diviser.

La conjugaison entre deux individus semblables a été observée quelquefois.

Ces trois modes de reproduction, division, sporulation et conjugaison, existent chez les Noctiluques. Les deux derniers modes sont toujours associés : deux individus commencent par se fusionner complètement et en donnent un autre par conjugaison. Puis ce nouvel individu segmente son noyau et forme plusieurs centaines de petites spores qui se massent à sa surface, prennent chacune un flagellum et un cil, puis se détachent sous la forme de nouvelles Noctiluques. (A. Pizon /  Dr L. Hn. / R. Bl. / R. Moniez).

Une classification des Infusoires

Hyménostomes
Peniculinés : Frontonia, Lembadion, Paramécies (Paramecium urelia, P. bursaria, P. caudatum).

Familles : Acinetidés, Dendrosomatidés, Ephelotidés, Podophryidés, Urnulidés.

Autres familles : Opercularridés, Vaginicolidés (Vaginicola , Cyclodonta, etc.), Lagenophryidés, etc.

Genres : Opalina (Opalina ranarum, parasite dans le rectum des Batraciens), Protoopalina, Cepedea, Zelleriella.