La Dzoungarie des Dzoungars.
Les Dzoungars se sont installés dans la région à la fin du XVI^e siècle, et y ont établi un khanat sous la direction de leur chef, Kuchum Khan. Leur empire est consolidé au début du XVII^e siècle. Sous le règne de Galdan Boshugtu Khan (1671-1697), le khanat Dzoungar s'étend et devient un puissant État nomade, rival des Qing (Dynastie Ch'ing) en Chine et des Russes en Asie centrale. Les Dzoungars sont en conflit constant avec la dynastie Qing, qui cherche à étendre son contrôle sur l'Asie centrale. Les Dzoungars entrent également en conflit avec l'Empire russe, qui est en expansion dans la région.

Le khanat Dzoungar est affaibli par des conflits internes et des luttes de pouvoir. Les rivalités entre les clans et les dirigeants affaiblissent la cohésion de l'État. La dynastie Qing intensifie ses campagnes militaires contre les Dzoungars. Entre 1755 et 1757, les Qing lancent des offensives majeures. Sous l'empereur Qianlong, ils mènent une campagne de dévastation contre les Dzoungars, aboutissant à leur presque extermination. La population Dzoungar survivante est en grande partie déportée ou assimilée.

La Dzoungarie sous administration chinoise.
Après la chute du khanat Dzoungar, la région est intégrée dans l'empire Qing et devient une partie des provinces du Xinjiang. Les peuples locaux subissent des changements importants en termes de culture et de démographie. Bien que le khanat Dzoungar soit détruit, son influence persiste dans l'histoire et la culture des peuples mongols et des régions avoisinantes.

Sous la domination Qing, la région de Xinjiang est administrée de manière centralisée, et la présence mongole est progressivement réduite au profit des Han chinois et d'autres groupes ethniques.

Avec la fondation de la République populaire de Chine en 1949, la région du Xinjiang devient une région autonome au sein de la République populaire de Chine. Le Xinjiang est maintenant une région multiculturelle avec une population diverse comprenant des Han, des Ouïghours, et d'autres groupes ethniques. La région continue de connaître des tensions ethniques et politiques, en partie dues à des politiques de peuplement et de développement, ainsi qu'à des revendications culturelles et religieuses des groupes ethniques locaux.