La botanique ne fut pas cultivée avec moins de zèle dans le cours du XVII^e siècle qu'elle ne l'avait été à la Renaissance (La botanique à la Renaissance). Le début du siècle reste encore marqué par l'influence des travaux des frères Bauhin, et des autres naturalistes de la fin du XVI^e siècle. Mais peu à peu, on voit éclore, à côté d'avancées en anatomie et en physiologie végétale, avec les contributions d'Aromatari, Boyle, Hooke, Spiegel, plusieurs systèmes de classification comme ceux de Parkinson, (1640), Jung et d'autres, mais dont les plus remarquables sont ceux de John Ray (1680), de Rivin (1690), et de Pitton de Tournefort (1694). 

Quoique Rivin soit le premier qui ait rejeté la division des végétaux en arbres et herbes, que Ray et Tournefort eurent le tort de conserver, son système est bien inférieur à ceux de ces derniers, car il est uniquement fondé sur la considération de la corolle. Ray, au contraire, envisage les divers organes du végétal, et sait en tirer des groupes ou des classes considérées comme parfaitement naturelles. C'est ainsi, par exemple, que la seule considération du mode de nervation des feuilles lui fait établir la distinction des Monocotylédones et des Dicotylédones : néanmoins, en fondant cette grande division, il néglige l'étude de l'embryon. Il partage ensuite les Dicotylédones en Monoclines et Diclines, en se fondant sur la contiguïté fruit avec la fleur ou sur leur séparation.

Malgré son mérite, la classification de Ray fut complètement éclipsée par celle de Tournefort. La première distinction établie par ce dernier entre les végétaux repose sur la grandeur et la consistance de la tige; il sépare ainsi les herbes et les sous-arbrisseaux d'avec les arbres. Les plantes herbacées fournissent les 17 premières classes et les plantes ligneusesles 5 dernières. Il fonde, comme Rivin, ses classes sur la considération des enveloppes florales. Le succès de Tournefort tient surtout à ce qu'il sut le premier distinguer avec précision les genres, les espèces et les variétés qui s'y peuvent rapporter, et débrouiller ainsi le chaos créé par ses prédécesseurs. Le botaniste termina ainsi dignement le XVII^e siècle en préparant l'oeuvre de Linné, au siècle suivant.

Mais déjà à la même époque, la botanique avait pris une face nouvelle en progressant sur d'autres fronts, grâce à la découverte du microscope, qui ouvrit à l'observation un champ immense de recherches et de découvertes. Les travaux de  Grew (1682)  et ceux de Malpighi (1676)  jetèrent ainsi les bases de l'organographie végétale. Néhémiah Grew  fut le premier à étudier, à l'aide du microscope, la structure des plantes. Ses ouvrages présentent un ensemble de recherches remarquables sur les organes végétaux, notamment l'ovule et la graine. Marcello Malpighi  fit, de l'étude anatomique des organes végétaux et animaux, l'objet de toutes ses recherches. Il décrivit l'évolution de la feuille et de l'ovule naissant, la structure des tissus végétaux composés d'utricules, les fibres et les trachées. Après eux  les découvertes ne furent pas aussi rapides qu'on le pourrait supposer. Méritent cependant une mention spéciale les travaux de R.-J. Camerarius sur le sexe des plantes, de Leeuwenhoek sur le tissu cellulaire, de Claude Perrault sur la circulation de la sève, de Dodart sur la physiologie de la tige, de Mariotte sur l'ascension de la sève.

Le système de G. Bauhin, publié en 1594, eut un immense succès dans les années qui suivirent; il ne satisfit cependant pas tous les botanistes, tellement était grande la nécessité d'avoir une méthode se rapprochant le plus près possible de ce qu'on appelait l'ordre naturel, c'est-à-dire reflétant des rapports entre les plantes conformes à la réalité. C'est à la découverte de cette classification, aussi débarrassée que possible de l'arbitraire des classificateurs, que les plus grands botanistes du XVII^e siècle, appliquèrent leurs efforts, négligeant pour la plupart ce qui devait assurer cette découverte, l'étude approfondie des organes végétaux. 

En Angleterre.
En Angleterre, la culture de la botanique longtemps négligée, prit tout à coup au XVIII^e siècle, un essor rapide sous la direction de Parkinson, de Morison et de Ray. Dans le même temps, d'autres botanistes anglais, William How (1619-1656), Les Tradescant, Leonard Plukenet (1642-1710), James Petiver (mort en 1718) ont eu le mérite de réunir d'importantes collections botaniques et de publier des descriptions de plantes nouvelles.

Parkinson.
John Parkinson (1567-1645) publie d'abord un ouvrage d'horticulture (Paradisi un sole [...], or a choice garden of all sorts of rarest flowers, Londre 1629), plein d'intérêt car il permet d'apprecier l'état de l'horticulture d'alors, en montrant qu'on cultivait plus de 120 variétés de tulipes, 60 d'anémones, 50 de jacinthes, plus de 90 de narcisses, 70 d'oeillets, etc. Mais Parkinson est surtout connu pour son Theatrum botanicum (Londres, 1640, in-fol.) contenant une classification en 17 tribus fondées sur les vertus des plantes. Plus complet que l'herbier publié précédemment par Sherard, l'ouvrage fonde sa classification sur  les vertus connues ou présumées des plantes (palntes odorantes, cathartiques, purgatives, vénéneuses, vulnéraires, etc.).

Morison.
Robert Morison (1620-1683), chargé d'un cours de botanique à Oxford et garde du jardin botanique, et à qui Gaston d'Orléans confiera la direction de ses jardins de Blois (1658), publia un ouvrage intitulé Plantarum Historia universalis Oxoniensis (1680), qui sera continué par Dodart (1699) et accompagné de 184 planches et environ 1200 figures, dont la plupart originales. La méthode de classification suivie par l'auteur est celle de Césalpin : elle est fondée plutôt sur l'organisation de la fleur et du fruit que sur les propriétés des plantes. On doit encore à Morison la première monographie consacrée aux Ombellifères (Plantarum ombelliferarum distributio nova, Oxford, 1672), et une édition du Jardin royal de Blois, ouvrage d'Abel Brunyer (Hortus regius Blesiensis, cum notulis, etc., Londres 1669). Morison y a joint, entre autres, un tableau des erreurs de Bauhin, que Haller, dans sa Bibliotheca Botanica, qualifie d'invidiosum opus...

Ray.
John Ray, en latin Raius (1628-1704), après plusieurs voyages dans toute la Grande-Bretagne et l'Europe centrale, publia deux ouvrages d'une grande valeur, le Methodus plantarum (Londres, 1682) et l'Historia plantarum generalis, species hactenus editas alias que insuper multas noviter inventas et descriptas complectens, etc. (Londres, 1686-1688, 2 vol. in-fol.). Dans le premier, il expose une classification, dont les deux principales divisions, pour la première fois fondées sur le nombre des cotylédons de  la graine, n'ont cessé d'être admises depuis : les Monocotylédones et les Dicotylédones. Pour les subdivisions, il sut habilement tirer parti de la présence des pétales ou de leur absence (apétalie), de leur union (monopétalie) ou de leur liberté (polypétalie), des caractères des feuilles, du fruit, etc. 

En Allemagne.
L'Allemagne prit une part presque aussi active que l'Angleterre au mouvement de la botanique descriptive et classificatoire. Les acteurs principaux en furent Jung, Rivin et Knauth, auxquels il convient d'ajouter encore les noms de Louis Jungermann (1573-1653), de Paul Ammann (1634-1791) et de Paul Hermann (1646-1695), qui contribuèrent aux progrès de leur discipline, tant par leurs ouvrages que par l'organisation de jardins botaniques.

Jung.
Joachim Jung, dit Jungius (1587-1657) brilla au premier rang des botanistes par la précision qu'il s'efforça d'introduire dans les caractères et l'application qu'il en fit à ce qu'il appelle la doxoscopie  ou phytoscopie, c.-à-d. à la classification en genres et en espèces

Il insista plus particulièrement sur la nécessité de distinguer les caractères constants des caractères variables. C'est ce qu'il a très bien exposé dans son Isagoge phytoscopia. L'auteur y divise chaque plante en deux parties essentielles : l'une inférieure, comprenant la racine (axe descendant), l'autre supérieure (axe ascendant), comprenant la tige avec ses branches et ses organes appendiculaires (feuille, fleur, fruit). Le plan de séparation, limes communis, de ces deux parties fondamentales, douées de mouvements contraires, se nomme le fond; c'est ce qu'on nommera plus tard le noeud vital. Les feuilles, où l'auteur, a soin de distinguer la surface supérieure de la surface inférieure, se trouvent pour la première fois divisées en simples et en composées.

"Il ne faut pas, dit Jungius, comme le font les ignorants ou les observateurs inattentifs, confondre la feuille composées avec un ramuscule ou scion : car elle a, comme la feuille simple, une face supérieure et une face inférieure, et elle tombe de même en automne".

Jung paraît avoir le premier employé le mot pétiole ou pédicule pour désigner 

" la partie étendue en longueur qui maintient la feuille et la fixe à la tige."

Il fut aussi le premier à diviser les feuilles composées en digitées et en pennées, indiquant par ce nom que les folioles sont disposées sur deux points opposés du pétiole ou nervure principale, comme les barbes d'une plume (penna). On lui doit également le premier emploi des termes d'opposées, d'alternes ou de conjuguées pour qualifier les feuilles. Pour ce qui concerne la structure de la fleur, nous voyons le mot périanthe, perianthium, (qui signifie littéralement ce qui est autour de la fleur) également employé pour la première fois par Jung. Mais il ne l'applique qu'au calice, et il ne donne le nom de fleur (flos) qu'à la corolle, ce qui explique le choix du mot perianthium :

"Le perianthium, dit-il, est ce qui enveloppe cette partie délicate, colorée, qu'on nomme la fleur."

Jung distingua également la fleur simple de la fleur composée, qui forme le caractère de toute une famille, les composées. Il emploie le mot de capitule (capitulum)  pour désigner la sommité fleurie de la tige, et le mot fleurons (flosculi) pour désigner les parties de la fleur composée. Il se sert également des mots de stamina et de stylus, pour désigner les étamines et le style couronné de stigmates; mais il ignorait le rôle que ces organes jouent dans la fécondation. Le sexe féminin était selon lui représenté par l'individu (tige) qui donne les grains, et le sexe masculin par la tige qui ne produit que des fleurs stériles. C'est assez dire qu'il n'admettait pas l'existence de fleurs réunissant les deux sexes (fleurs hermaphrodites). Jung distingua aussi le fruit de la graine, et dans celle-ci il signala l'existence de l'embryon, qu'il nomme le coeur de la semence (cor seminis). Enfin, il fut le premier à fixer l'attention sur la situation variable de l'embryon; c'est ainsi qu'il nomme l'embryon infère ou supère, suivant que cet important organe occupe la base ou le sommet de la graine.

Rivin.
Auguste Rivin ou Rivinus (1652-1723) fut un des rares botanistes de ce siècle, qui rejetèrent la division en arbres et herbes et il peut être considéré comme un précurseur immédiat de Tournefort et de Linné par sa classification fondée sur la forme de la corolle (Introductio generalis in rem herbariam, Leipzig, 1690, in-fol.), et par l'emploi qu'il fit, pour désigner une plante, de deux noms, l'un générique, l'autre spécifique. 

Knauth.
Christian Knauth (1654-1716) modifia le système de Rivin dans un Methodus plantarum genuina (Halle, 1705, in-4) qui est un système intéressant par le profit qu'il sut tirer de la corolle.

En Hollande.
Les Pays-Bas, enrichis par leur commerce et leur industrie, que les guerres d'indépendance semblaient avoir développé plutôt qu'affaiblis, avaient vers cette époque les plus beaux jardins du monde. La culture des tulipes y avait été poussée, entre autres, à un degré extraordinaire; les oignons de variétés rares se vendaient à des prix fabuleux et étaient cotés à la bourse d'Amsterdam. Le jardin de l'université de Leyde eut successivement pour directeurs Charles de l'Écluse, Bontius, Vorstius, Schuyl, P. Hermann, Hotton et Boerhaave. Ces noms à eux seuls montrent combien l'horticulture était alors en honneur.

Les Commelin.
Jan Commelin et son neveu Caspar Commelin, qui ont contribué au développement des jardins botaniques des Pays-Bas, ont également laissé des descriptions de plantes des Indes orientales et occidentales.

Le jardin botanique d'Amsterdam, où van der Steel avait introduit des plantes du Cap de Bonne Espérance dont il était gouverneur, fut confié à Frédéric Ruysch pour la démonstration des plantes indigènes, et à Jan Commelin (1629-1692) pour la culture des plantes exotiques. C'est ce dernier qui nous a fait connaître dans Horti medici Amsterdamensis plantae, etc (1697), les plantes des Indes orientales et occidentales cultivées dans le jardin médicinal d'Amsterdam. Ce beau volume contient 112 grandes planches sur cuivre très bien exécutées. Les descriptions sont en hollandais et en latin, avec des notes de Fredérik Ruysch et Fredérik Kiggelar. Caspar Commelin  (1667-1731) publia en 1706 une suite à ce volume, et on lui doit aussi en partie la publication de l'Hortus Malabaricus, une flore de Malabar.

En Italie.
L'Italie compta en tête de ses botanistes Fabio Colonna (Fabius Columna), Paul Boccone, Tobia Aldini, Giambatista Ferrari, etc.

Colonna.
Fabio Colonna (1567-1650) a écrit d'importants commentaires de Théophraste, Dioscoride, Pline, et a ajouté un certain nombre de descriptions à l'abrégé de l'Histoire naturelle de Hernandez (médecin Philippe II d'Espagne). Il donne également dans les Annotations de cet ouvrage de nombreux détails morphologiques curieux. Colonna y propose en outre, pour la première fois d'appeler pétales les folioles de la corolle pour les distinguer des feuilles proprement dites. 

En France.
C'est surtout en France que la botanique acquit, au XVII^e siècle, une importance considérable, tant par le nombre des botanistes que par leurs travaux remarquables. 

Le Specimen Historiae plantarum (1611) de Paul Reneaulme (1560-1624) renferme une bonne notion du genre ainsi qu'un essai de nomenclature binaire. Philippe Cornut (1606-1651), dans son ouvrage intitulé Canadensium plantarum aliarumque nondum editarum Historia (Paris, 1635, in-4), donne la description d'un certain nombre de plantes du Canada cultivées dans le jardin de Jean Robin et Vespasien Robin. C'est en effet à la création du jardin du Louvre, sous la direction des Robin, puis à l'installation à Blois, par Gaston d'Orléans, de jardins célèbres et d'importantes collections d'histoire naturelle, qu'est due l'impulsion donnée en France au développement de la botanique. 

Les jardins de Blois, qui occupèrent les botanistes Morison, A. Brunyer, Laugier, Marchand, et dont un certain nombre de plantes peintes sur vélin par Nicolas Robert, formèrent une inestimable iconographie aujourd'hui au Muséum, furent, à la mort de Gaston d'Orléans, réunis au Jardin du Roi, l'ancien jardin des Robin, à Paris. Mais déjà le Jardin des Plantes de Montpellier était célèbre par l'enseignement qu'y donnaient Rondelet, Richier de Belleval et Pierre Magnol. 

Magnol.
Pierre Magnol (1638-1715), dans son Prodromus historiae generalis plantarum, in qua familiae per tabulas disponuntur (Montpellier, 1689, in-8), montre un sentiment vrai des associations naturelles et introduit en botanique l'expression de familles. Dans un ouvrage posthume, Novus character plantarum, P. Magnol s'est livré à une minutieuse critique de la méthode de Tournefort et a proposé une classification fondée sur les caractères du calice et de la corolle, rejetant l'ancienne division en arbres, arbustes et herbes. S'il se fût conformé aux principes et aux idées qu'il expose dans la préface du Prodromus, Magnol eût devancé Adanson et Jussieu dans l'invention des familles naturelles et Tournefort n'aurait eu aucun mérite.

Barrelier.
Jacques Barrelier (1606-1673), de l'ordre de Saint-Dominique, avait exploré une partie de l'Italie et la France méridionale, et avait amassé de nombreux documents et matériaux en vue d'un grand ouvrage sur les plantes de l'Europe méridionale. B. de Jussieu a recueilli et publié en 1714 les planches de ce livre.

Le système de Tournefort

Joseph Pitton de Tournefort (1656-1708), entraîné par son goût pour les herborisations, visita successivement les Alpes du Dauphiné, les Pyrénées, l'Espagne et le Portugal, puis sur la proposition du comte de Pontchartrain, fut envoyé en Orient par Louis XIV et fit d'importantes collections d'histoire naturelle dans les îles de lla Mer Egée, l'Arménie, la Géorgie, la Palestine. Élève de Magnol, à Montpellier, en 1679, il fut, grâce à la protection de Fagon, nommé démonstrateur au Jardin du Roi en 1683; enfin à son retour d'Orient, en 1707, il devint professeur au Collège de France. C'est en 1694 qu'il publia ses Éléments de botanique ou Méthode pour connaître les Plantes (Paris, 3 vol. in-8), dont il donna en 1700 une seconde édition en latin, avec le titre : Institutions roi Herbariae (Paris, 5 vol. in-4). Dans cet ouvrage, qui renferme la description de 10 146 espèces rapportées à 698 genres, se trouve le système de classification suivant, qui eut un si grand retentissement et qui, jusqu'à Linné, fut employé par presque tous les botanistes.
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Cette classification, toute pratique et simple qu'elle soit, fut, du vivant même de l'auteur, violemment attaquée par divers botanistes, notamment par J. Ray et Magnol. Les reproches justifiés qu'on lui adressait étaient de suivre encore, la division irrationnelle des plantes en Arbres et en Herbes et d'accorder, comme Rivin, une valeur taxinomique exagérée à la corolle. Mais ce qui assure à nos yeux le mérite de Tournefort, c'est l'établissement des genres sous leur forme actuelle. 

Botanistes anatomistes et physiologistes

L'invention du microscope poussa, au XVII^e siècle, les esprits vers l'étude des organes et des mouvements de la vie, tant animale que végétale, pendant que la fondation de nombreuses sociétés savantes (Académies), faisait de plus en plus généraliser la méthode expérimentale. Mais déjà avant l'entrée en scène du microscope, on rencontre les indices d'une importante éclosion d'idées et de faits nouveaux, aussi bien chez les naturalistes de la fin du XVI^e siècle que chez ceux du début du XVII^e. Césalpin, Jung, J. Ray, Morison, etc., ont, les premiers, montré un intérêt pour la structure de la fleur, du fruit et de la graine. Quant aux idées émises par Valerius Cordus, et bientôt par P. Reneaulme, Digby, Mayor, R. Boyle, Ch. Merret, Nath. Henshaw, Adriaan Spiegel sur les fonctions des feuilles, leurs mouvements, la respiration et la nutrition des plantes, si, de fait, elles constituaient une bien faible somme de notions sur la physiologie végétale, elles ont préparé le terrain à Grew et à Malpighi.

Les défricheurs.

En Italie
Un médecin de Venise, Giuseppe Aromatari (1586 - 1660?), dans une lettre De generatione plantarum de seminibus (publiée pour la première fois à Venise en 1625), signala l'embryon de la graine comme le végétal en miniature, et regarda la matière (amidon, huile, etc.) qui entoure l'embryon comme l'analogue de l'albumine de l'oeuf. Les principes établis dans cette lettre, qui annonce en même temps un ouvrage resté inachevé, sur la génération, furent adoptés par Harvey, qui les développa.

En Angleterre.
Thomas Browne, dans ses Enquiries into the vulgar errors (Londres, 1650), fit le premier ressortir la fréquence du nombre cinq dans les graines et les divisions des enveloppes florales. 

Digby, Mayor et Robert Boyle signalèrent l'intervention de 'l'air nitro-aérien oxygène"  dans les phénomènes de la germination, de la végétation et de la respiration des plantes. 

Christopher Merret publia dans le premier volume des Mémoires de la Royal Society, dont il fut l'un des premiers membres, diverses expériences sur l'absorption de l'humidité de l'air par les végétaux.

A l'aide du microscope, Nathaniel Henshaw découvrit les vaisseaux respiratoires (trachées) dans le noyer.

Robert Hooke examina la couche subéreuse de l'écorce, les sporules des mousses, et les vaisseaux laticifères qu'il croyait faussement, comme les veines des animaux, garnis de valvules à l'intérieur. 

Le roi Charles II ayant chargé la Royal Society de Londres de lui expliquer les mouvements de la sensitive, l'opinion fut partagée : les uns en trouvaient  la cause dans un effluve subtil, les autres, et de ce nombre étaient Hooke et Verdue, dans la structure fibrillaire de la plante.

Spiegel.
Adriaan van der Spiegel (1578 - 1625) traita dans son ouvrage Isagoges in reum herbariam libri II (Padoue 1606, Leyde 1633), des différentes parties des plantes, sans entrer dans l'examen de leur structure intime. Cet aperçu organographique est suivi de la description d'un certain nombre d'espèces végétales à la distribution desquelles n'a présidé aucun principe général. Ainsi l'auteur commence par l'orchis, de là passe au trèfle, genre dans lequel il range le citise, et beaucoup d'autres plantes dont les feuilles se composent de trois folioles; il réunit dans un même groupe la chicorée, la laitue, l'épervière, etc; il place les choux à côté des joncs, etc.

Dans ce même livre, qui au demeurant est une véritable introduction à la botanique, Spiegel a donné, l'un des premiers, des indications pratiques à l'usage des herborisants. Pour faciliter la connaissance des plantes, il insiste avec raison sur la nécessité de choisir dans chaque genre une espèce type. Il fournit aussi des préceptes utiles sur la manière de dessécher les plantes et de préparer les herbiers. Il décrit aussi un procédé astucieux pour les personnes qui ne savent pas dessiner, qui est une sorte d'imprimerie d'après nature (on enduit la plante d'encre et on l'applique contre une feuille de papier...). Spiegel recommande aussi de faire des expériences répétées sur l'action des végétaux, employés, soit comme aliments, soit comme médicaments.  Une intoxication est vite arrivée! L'ouvrage se termine par un catalogue des plantes (environ 1100) qui étaient cultivées en 1633 dans le jardin académique de Leyde. On y trouve notamment diverses espèces d'Amérique (Pérou, Virginie, Mexique), récemment introduites en Europe.

Grew et Malpighi.
Grew et Malpighi ont été les véritables fondateurs de l'anatomie et de la physiologie des plantes. Quelques mots sur les contributions de ces deux grands observateurs :

Grew.
Nehemiah Grew (1641 - 1712) a publié dès 1673son premier essai sur l'anatomie des plantes. Intitulé Idea on philosophical history of plants (déjà donné à la Royal Society trois ans plus tôt). D'autres essais, publiés ensuite, furent réunis en 1682 dans un seul volume, illustré de 83 planches, pour former le célèbre The Anatomy of plants. Suivant l'ordre de développement d'un végétal, Grew commence par l'étude de l'embryon et finit par celle du fruit. Pour ne pas se perdre dans les généralisations abstraites, il prend l'exemple d'une graine à la portée de tous, la grosse fève des marais. dans la pellicule extérieure, facile à séparer quand la fève n'est pas desséchée, il signale d'abord une ouverture située à l'une des extrémités de la graine et correspondant à ce que Grew appelle la radicule de l'embryon : c'est l'indice de la base de la graine. Cette ouverture (appelée micropyle par Turpin) varie beaucoup de grandeur.

"Il y a des graines où, fait observer Grew, elle est si petite, qu'il est très facile de l'apercevoir sans l'aide du microscope, et dans quelques-unes il faut, pour la découvrir, couper une partie de la graine même, qui autrement en empêcherait la vue".

Le choix que l'auteur avait fait de la fève des marais était très judicieux. Non seulement toutes les parties intérieures qu'il voulait étudier, s'y trouvent grossies, mais il lui était facile de montrer que la peau ou pellicule (appelée plus tard épisperme) qui recouvre la graine se compose manifestement de deux membranes : l'une extérieure, dure, qui recevra de Gaertner le nom de testa; l'autre intérieure, plus mince, qu'on appelle aujourd'hui tegmen ou endoplèvre.

Grew ne donna pas de nom particulier à ce qu'on appelle le hile ou ombilic. Mais il eut soin de faire remarquer que l'ouverture signalée, le micropyle, peut se trouver dans des points différents, plus ou moins éloignés du hile, mais toujours correspondant à la radicule. Il distingua nettement l'embryon proprement dit du corps de la graine, corps amylacé, huileux, qu'on a depuis convenu d'appeler l'amande. Il indiqua, outre la radicule, ce qu'il nomme la pluma (plumule), partie qui fait suite à la radicule et forme par son développement la tige de la plante.

"Elle se divise, dit-il, au sommet en plusieurs branches, de sorte qu'elle ressemble à un petit bouquet de plumes, et c'est pour cela que je lui donne le nom de plume".

On voit que Grew réunissait sous un même nom la tigelle et la gemmule, parties qui furent distinguées par la suite.

Nehemiah Grew a fait aussi, le premier, connaître la véritable nature des fleurs composées, dont les centres jaunes ou coeurs-fleuris, comme on les appelait alors, étaient pris pour des étamines :

"Les coeurs-fleuris, comme ceux des soucis, des fleurs de tanaisie, sont ordinairement, dit-il, appelés étamines, parce qu'on les voit composés de filets simples, quasi stamina; mais les observations que j'ai faites m'ont persuadé qu'ils ne sont pas bien nommés, car quelque différentes que soient les véritables étamines de diverses fleurs, les prétendues étamines des coeurs-fleuris (capitules) qui ne paraissent être que de simples filets, sont chacune composées de deux ou de plusieurs parties différentes et qui ont toutes des figures de petites fleurs : c'est pour cela que je les appelle fleurons".

Marcello Malpighi (1628 - 1694) avait pris l'anatomie microscopique pour l'objet de presque tous ses travaux de biologie.  En 1675, il dédia à la Royal society de Londres un travail important sur l'anatomie microscopique des plantes : Anatome plantarum, ouvrage contenant 54 planches sur cuivre, et suivi en guise d'appendice (plutôt inattendu), de l'anatomie du poussin (De ovo incubato). L'auteur commence son exposition par le tissu cellulaire qui entre dans la constitution de tous les végétaux, et en forme quelque fois des parties entières. En l'examinant au microscope, il montre ce tissu composé de vésicules de forme variable, auxquels il donna le premier le nom d'utricules (utriculi). C'est pourquoi on appelle aussi le tissu cellulaire tissu utriculaire. Il donne pour commencer l'exemple de l'épiderme de maïs.

Malpighi examine ensuite le même tissu sur l'épiderme du poirier, de la chicorée, du chanvre, du saule, etc. et fait voir que les utricules que le tissu présente sont soudées entre elles par une substance intercellulaire, qui par la suite recevra le nom de cystoblastème.  L'auteur est aussi le premier à signaler l'analogie de structure et de fonction de certains vaisseaux de plantes avec les vésicules pulmonaires des insectes, et il leur donna le nom de trachées; mais il les représenta assez mal.

Le naturaliste admettait l'élasticité des lames spirales qui composent les trachées, et même la possibilité de se dilater et de se contracter alternativement pendant la respiration. Il en montra la présence dans l'écorce aussi bien que dans les fleurs. Quant aux différentes espèces de vaisseaux que le microscope a fait découvrir dans les plantes, il règne encore beaucoup d'obscurité dans les descriptions et les dessins de notre auteur.

Les recherches de Malpighi sur la germination sont classiques. Les termes qu'il emploie, presque tous adoptés depuis, montrent l'analogie qui existe entre l'embryon qui se développe dans la graine, et l'embryon qui se développe dans la matrice. Les mots d'ombilic, de cordon ombilical, de secondine, de péricarpe, etc. sont de sa création. La fleur, par laquelle il entendait le calice et la corolle, ne fait que protéger, suivant lui, l'embryon naissant. L'étamine, qu'il représente comme étant composée du filet (petiolus) terminé par l'anthère, sorte de capsule (capsula), ne devait servir qu'à l'élaboration et à la dépuration des humeurs du végétal. Les dessins qu'il donne des grains de pollen contenus dans les loges (loculi) de l'anthère, ne sont pas d'une parfaite exactitude microscopique. Le style, à sommet plus ou moins élargi, n'était également pour lui qu'un organe accessoire de l'ovaire.

Le sexe des plantes et autres menus détails.
Bien que personne n'ait poussé aussi loin que Grew et Malpighi l'anatomie et la physiologie végétale, ils n'avaient pas encore d'idées bien nettes sur le sexe des plantes. Cependant, on ne manquait pas d'indices sur l'existence de ces organes. Ainsi, Adam Zaluzansky (1558 - 1613) avait déjà traité du sexe des plantes dans sa Methodus Herbaria (1604). Il affirmait que la plupart des plantes sont hermaphrodites ou androgynes, les deux sexes réunis dans une même fleur, et que quelques-unes seulement ont des sexes séparés.

Jacob Bobart (1598  - 1680), directeur du jardin d'Oxford, d'accord avec Grew, avait fait diverses expériences sur une plante à sexes séparés, la Lychnis dioica, qui montraient que les ovules des fleurs de la tige fructifère avortent ou demeurent stériles, s'ils ne se trouvent pas en contact avec les anthères ou sachets polliniques des fleurs de la tige staminifère. Sherard, Blair, Ray eurent connaissance de ce fait important; et dès 1686, on voit Ray s'étendre sur la fonction fécondante des anthères.

Rodolphe-Jacques Camerarius (1665-1721), de la même famille que Joachim Camerarius ((La botanique à la Renaissance), alla plus loin dans cette voie. Dans une lettre adressée en 1694 à Valentin, il fit voir que les graines sont impropres à la reproduction lorsqu'elles viennent de fleurs qui ont été dépouillées de leurs étamines. Il avait fait des expériences sur le chanvre, dont les graines ne germaient pas quand il n'y avait pas de tiges staminifères.

Après Grew et Malpighi, Leeuwenhoek (1632 - 1723) examina soigneusement au microscope le tissu cellulaire et les différentes transformations de ce tissu. Il nia  les différences sexuelles des plantes, aperçut les conduits intercellulaires, trouva des tracées dans le tronc même des arbres et signala le premier les vaisseaux ponctués, rayés, etc., que les phytotomistes (= anatomistes des plantes) du XIX^e siècle feront particulièrement connaître. 

La physiologie végétale.
La physiologie végétale eut pour principaux promoteurs Claude Perrault, Dodart, Mariotte, etc.

Perrault.
Claude Perrault (1613 - 1688), aussi bon anatomiste qu'architecte, comprit l'un des premiers, la nécessité d'admettre une circulation de la sève dans les plantes. La racine remplissait, suivant lui, les fonctions du coeur, aspirant les sucs de la terre (sève ascendante) pour les faire en partie évaporer par les feuilles qu'il supposait aider à la maturation des fruits. Mais la plus grande partie des sucs absorbés par les racines devait redescendre (sève descendante) en passant entre l'écorce et le bois. Pour le démontrer, il fit - expérience souvent répétée depuis - une forte ligature autour d'un arbre, et constata, au bout de quelque temps, une intumescence marquée de l'écorce au dessus de l'étranglement artificiel (Essais de physique, 1680).

Dodart.
Denis Dodart (1634 - 1707), auteur d'un grand nombre de notices scientifiques, notamment de la Préface des mémoires pour servir à l'histoire des plantes (1660), essaya de résoudre plusieurs questions d'un vif intérêt. Pourquoi la tige, demandait-il par exemple, tend-elle toujours à s'élever? Pour répondre à cette question, il fit intervenir l'action des rayons solaires, agissant sur les fibres et les sucs de la tige autrement que sur ceux de la racine. Le premier il considéra le végétal comme un être collectif, composé d'une multitude de germes ou de bourgeons, dont chacun est capable de produire un individu. Il calcula ainsi qu'un ormeau de taille moyenne peut produire au moins des millions de germes au cours de son existence.

Mariotte.
Edme Mariotte (mort en 1684) publia en 1679, sous la forme d'une lettre adressée à un conseiller au Parlement de Bourgogne, un Essay de la végétation des plantes. Il y traite particulièrement de la composition des plantes d'après les idées chimiques d'alors. Mais on y rencontre aussi quelques considérations de physiologie végétale fort intéressantes. Ainsi, par exemple, il explique l'ascension de la sève par la loi de la capillarité,

"car partout, dit-il, où il y a des tuyaux très étroits qui touchent l'eau, celle-ci y entre et même elle y monte contre sa pente naturelle".

Mariotte observa aussi le premier que le suc coloré des plantes coule dans des vaisseaux différents de ceux qui contiennent de la sève ou suc incolore. Les poils dont certaines plantes sont couvertes, il les considérait comme destinés à sucer la rosée et la pluie, parce que les herbes aquatiques en sont dépourvues. Pour savoir comment se fait la maturation des fruits et des graines, Mariotte n'hésite pas à reconnaître

"qu'il faut remarquer et considérer beaucoup de choses".