Le Limpopo a ses premières sources, simples ruisseaux, sur le plateau de Pretoria. Il commence par couler dans la direction du Nord-Ouest, atteint au confluent du Marico, par 24° 15' latitude Sud, et 815 m d'altitude, la frontière occidentale du Transvaal; il change là brusquement de direction, en tournant vers la Nord, puis vers le Nord-Est, l'Est et le Sud-Sud-Est, achevant sa grande courbure; après avoir atteint au Nord-Est le confluent du Nyl, il descend, en allant à l'Est, la haute terrasse sud-africaine, dont il s'échappe par de profonds défilés, franchit par le plus remarquable de ses nombreux rapides, savoir la cascade de Tolo Azimé, les Zoutpans berge, descend de cluse en cluse, et s'échappe une dernière fois des montagnes pour entrer dans la plaine et dans le Mozambique, qu'il parcourt en allant au Sud-Sud-Est, jusqu'à ce que, après s'être unit à son principal affluent, l'Olifant, il débouche par 25° 11' 6" de latitude sud dans l'océan Indien. 

Ses affluents de droite sont : le Moritele, le Matlabas, la Pongola, la Palala, le Nylstroom, la Sand, le Sterk, le Limvubu ou Parouri, qui ont leurs sources dans le Transvaal au Nord et l'Olifant ou Lipaloulé, qui a ses sources dans sa portion méridionale, se dirige au Nord-Est, franchit les monts Lebombo, à la frontière, reçoit à gauche la Lé loba, et tourne brusquement au Sud-Est pour s'unir au fleuve principal par 24°10' de latitude Sud. Les affluents de gauche, sont : l'Elands, le Marico, Ouest du Transvaal; la Notuane, le Sirorume, le Mahalapye, la Sétouane ou Lotrani, le Sérulué et la Macloutsi; enfin, la Schascha, le Makhac, la Bubye et la Nuanetsi, qui descendent du versant méridional des monts Malopo, ligne de partage des eaux entre le bassin du Limpopo et celui du Zambèze, et sillonnent la partie méridionale du Matélélé; les affluents de ces deux fleuves entremêlent leurs sources, à l'intérieur de la contrée. 

Le Limpopo n'est un des grands fleuves de l'Afrique que par son étendue, non par la masse de ses eaux, qui se perdent en partie dans les marécages en son cours, inférieur; son embouchure est étroite, de 300 m de large obstruée par des bancs de sable; son accès est d'ailleurs assez facile. 

La plaine du Limpopo est humide. La vallée du Limpopo inférieur et moyen jusqu'au Nord-Ouest de Prétoria, à une distance variable de 10 à 130 kilomètres au Sud du fleuve, forme à peu près la limite du fléau de la mouche tsé-tsé. (C. Delavaud).