Elle naît à 330 km au Nord-Est d'Irkoutsk et seulement à 30 km au Nord-Ouest du lac Baïkal, tandis que son grand affluent le Vitim (qui est la vraie origine du fleuve et est plus long de 750 km au confluent) naît à l'Est de ce lac, sous la même latitude. 

La Lena sort du glacier de Beresovija-Gori, dans les monts du Baïkal ou Verkholensk, se dirige d'abord vers le Sud-Ouest, puis vers le Nord, arrosant Verkholensk, Oust-Oulginsk, Oust-Koutsk, où elle devient navigable, s'infléchit vers le Nord-Nord-Est par Kirensk, Vitimsk au confluent du Vitim, puis vers le Nord-Est par Olekminsk, Sinskoié jusqu'à Yakoutsk; à partir de là et au confluent de l'Aldan, elle décrit une courbe vers le Nord-Ouest et (après Schigansk) le Nord pour finir par un vaste delta et se jeter par 19 embouchures dans l'océan Glacial Arctique (mer de Nordenskjöld).
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Le delta de la Lena vu depuis l'espace. D'une superficide de 30 000 km², c'est la plus
grande réserve naturelle de Russie. De nombreux oiseaux viennent y nicher. Source : USGS.

Son lit, encombré d'une multitude d'îles, est extrêmement large, surtout entre Yakoutsk et Schigansk, où il a de 7 à 15 km avec une profondeur de 16 à 22 m; à Bouloun, avant le delta, elle ne mesure que 2500 m de large sur 10 à 16 m de fond et s'élargit ensuite à 10 km avec 5 à 8 m de fond. 

Le cours supérieur de la Lena est très rapide entre des régions de montagnes et collines très pittoresques; le fleuve gèle en octobre. 

En aval du confluent de l'Aldan, les rives sont absolument plates et la Lena gèle du 15 septembre à la mi-avril; vers Schigansk commence la toundra, toujours gelée; les bras du delta ne dégèlent qu'en juin, parfois qu'au milieu de juillet ou même pas du tout. 

Les principaux affluents de la Lena (dont on a énuméré 325) sont Ia Kirenga (dr., 500 km), le Vitim (dr., 2150 km), l'Olekma (dr., 1120 km), l'Aldan (dr., 1860 km) et le Viljui (g., 2140 m). L'ensemble forme un réseau navigable de plus de 10,000 km, longtemps principal moyen de communication de la Sibérie orientale. (A.-M. B.).