Ce récif corallien émerge à peine au-dessus du niveau de la mer. La hauteur maximale de l'île est le rocher Clipperton, une falaise escarpée de 29 mètres située à l'ouest de l'île. Ce rocher volcanique est l'une des rares structures naturelles qui s'élèvent au-dessus de l'atoll. L'essentiel étant formé d'une plaine sablonneuse et rocheuse, recouverte de débris coralliens. 

Au centre de l'île se trouve un lagon d'eau saumâtre, peu profonde, plutôt inhospitalier à la vie marine en raison de sa forte concentration de sulfure d'hydrogène. Bien que 115 espèces des poissons aient été identifiées dans les eaux territoriales de l'île  Clipperton, la seule activité économique dans ces eaux est la pêche au thon. 

La flore  est extrêmement pauvre en raison de l'aridité des sols et de l'isolement. Elle est composée principalement de quelques palmiers et de plantes adaptées aux conditions sèches. L'île abrite en revanche d'importantes colonies d'oiseaux marins, comme des fous bruns et des frégates. 

Clipperton possède un climat tropical avec des températures élevées et une humidité importante. Les précipitations sont fréquentes, surtout pendant la saison des pluies, d'avril à octobre.

Carte de Clipperton.

Clipperton vue de l'espace.

Histoire de l'île Clipperton.
L'île aurait été découverte en 1515 par le navigateur Álvaro de Saavedra lors de son expédition à travers le Pacifique. Elle fut alors nommée île de la Passion en raison de sa découverte un Vendredi saint. Le corsaire John Clipperton aurait utilisé l'atoll comme base vers 1705. Bien que cela soit incertain, son nom fut ensuite associé à l'île, qui sera appelée île Clipperton. 

La France prend officiellement possession de l'île. en 1855 Toutefois, aucune colonie n'y est établie, et l'île reste inhabitée pendant une longue période. En 1897, le Mexique commence à manifester un intérêt pour Clipperton, notamment en raison des dépôts de guano, très recherchés à cette époque pour la production de fertilisants.  Les Etats-Unis la revendiquent également à la même époque.

En 1906, sous la présidence de Porfirio Díaz, le Mexique, qui revendiquait alors des droits exclusifs, envoya une petite colonie sur  Clipperton. Cette colonie était composée principalement de soldats, de leurs familles et de quelques travailleurs. Le but était d'exploiter le guano et de renforcer la revendication mexicaine sur l'île. L'officier en charge était le capitaine Ramón Arnaud, qui dirigea la colonie pendant plusieurs années. Le déclenchement de la Révolution mexicaine en 1910 bouleversa les communications avec la colonie de Clipperton. Les ravitaillements cessèrent d'arriver. Les colons, environ une centaine de personnes, se retrouvèrent coupés du monde.

Durant la Première Guerre mondiale, le Mexique, en proie à des troubles internes, fut incapable d'envoyer des secours. Les colons sombrèrent dans une situation de plus en plus désespérée, manquant de nourriture et d'eau potable. Plusieurs membres de la colonie succombèrent à la famine et au scorbut. La situation se détériora rapidement, menant à la mort de presque tous les colons. Le capitaine Ramón Arnaud mourut en tentant de chercher de l'aide en mer. Le dernier survivant masculin, Victoriano Álvarez, prit le contrôle de l'île, s'en proclama roi, transformant le phare en son palais, tua certains des survivants et, pendant deux ans, tyrannisa et viola les femmes restantes et les enfants avant d'être tué par l'une des survivantes, Tirza Rendón. En juillet 1917, un navire américain, l'USS Yorktown, arriva par hasard sur l'île et sauva les derniers survivants, Tirza Rendón et ses enfants ainsi que deux autres femmes, dont la veuve du capitaine Arnaud.

Après le sauvetage des derniers colons, l'île de Clipperton redevint l'objet de tensions entre le Mexique et la France. Le Mexique proposa en 1925 que la question soit soumise à un arbitrage international. Il fut convenu que Victor Emmanuel III, roi d'Italie, agirait comme arbitre dans ce conflit. En 1931, celui-ci rendit sa décision en faveur de la France, qui devint officiellement propriétaire de l'île de Clipperton. Le Mexique accepta le verdict, mettant fin à la dispute. La France ne fit pas grand-chose pour développer ou peupler l'île, qui resta essentiellement déserte. Pendant la Seconde Guerre mondiale, l'île fut utilisée par les États-Unis comme point de surveillance stratégique dans le cadre des opérations navales dans le Pacifique. Cependant, aucun poste permanent n'y fut établi.

Des expéditions scientifiques et militaires françaises et américaines se succèdent ensuite pour évaluer le potentiel stratégique et les ressources de l'île. En 1966, la France réaffirme son autorité sur Clipperton en y menant une expédition, faisant flotter le drapeau français pour rappeler sa souveraineté. Aujourd'hui, Clipperton reste un territoire français inhabité, administré directement  via le ministère des Outre-mer. L'île est principalement visitée par des expéditions scientifiques ou écologiques, ainsi que par des patrouilles françaises qui surveillent ses eaux. Clipperton est protégée pour sa biodiversité et ses importantes colonies d'oiseaux. 

Jean-Louis Etienne, Clipperton l'atoll du bout du monde, Le Seuil, 2005.