Ce récif corallien émerge à peine au-dessus du niveau de la mer. La hauteur maximale de l'île est le rocher Clipperton, une falaise escarpée de 29 mètres située à l'ouest de l'île. Ce rocher, vestige de la cheminée volcanique sous-jacente qui a servi de base à la croissance du récif corallien, est l'une des rares structures naturelles qui s'élèvent au-dessus de l'atoll. L'essentiel étant formé d'une plaine sablonneuse et rocheuse, recouverte de débris coralliens. 

Au centre de l'île se trouve un lagon d'eau saumâtre, peu profonde, plutôt inhospitalier à la vie marine en raison de sa forte concentration de sulfure d'hydrogène. Bien que 115 espèces des poissons aient été identifiées dans les eaux territoriales de l'île  Clipperton, la seule activité économique dans ces eaux est la pêche au thon. 

Le climat de Clipperton est de type tropical océanique, caractérisé par des températures élevées, une forte humidité et une saison des pluies marquée d'avril à octobre. L'île est située sur une trajectoire possible pour les ouragans et cyclones du Pacifique oriental, qui peuvent sévèrement impacter sa morphologie côtière et son écosystème. Il n'y a aucune source naturelle d'eau douce sur l'anneau terrestre, ce qui rend la survie humaine ou animale dépendante de la collecte d'eau de pluie.

Biogéographie.
La flore terrestre de Clipperton est remarquablement peu diversifiée. Elle est dominée par quelques espèces pionnières et tolérantes au sel, comme la patate de mer (Ipomoea pes-caprae), des graminées (Cenchrus spp., Lepturus repens), et des arbustes comme Tournefortia argentea et Scaevola taccada dans les zones moins perturbées. Historiquement, la végétation a subi de profondes modifications. L'exploitation du guano à la fin du XIX^e et au début du XX^e siècle, qui impliquait le décapage du sol végétalisé, a considérablement réduit la couverture végétale. L'introduction de cochons par a également eu un impact dévastateur, les animaux se nourrissant de la végétation et perturbant le substrat. Après l'éradication des cochons, la végétation a commencé à se reconstituer, notamment les graminées et Ipomoea pes-caprae. Des cocotiers (Cocos nucifera) ont été introduits et forment aujourd'hui les rares groupements arborescents, principalement près de l'ancien campement. Le manque d'espèces végétales endémiques souligne le caractère relativement récent de l'île et son isolement extrême, qui limite les chances de spéciation.

La faune terrestre est elle aussi peu diversifiée mais présente des populations remarquables. Les invertébrés terrestres sont principalement représentés par des crabes. Le crabe terrestre rouge et noir (Gecarcinus planatus) est l'espèce dominante et forme une population immense, estimée à plusieurs millions d'individus. Ces crabes jouent un rôle écologique majeur : ils sont à la fois herbivores, charognards et prédateurs, se nourrissant de carcasses d'oiseaux, d'oeufs, de poussins tombés des nids, et de végétation. Leur activité influence la distribution des plantes et peut impacter le succès reproducteur des colonies d'oiseaux. D'autres invertébrés comme des insectes (quelques coléoptères, diptères, lépidoptères, fourmis introduites) et des araignées sont présents mais avec une diversité limitée. Les vertébrés terrestres résidentiels sont très rares. Des geckos ont été introduits et sont établis. Il n'y a pas de mammifères terrestres indigènes; les cochons introduits ont été éradiqués, bien que la présence de rats soit parfois suspectée ou avérée temporairement.

L'élément le plus spectaculaire de la biogéographie de Clipperton est sa faune aviaire marine. L'île est un site de nidification crucial pour plusieurs espèces d'oiseaux de mer du Pacifique oriental. Des colonies massives de fous bruns (Sula leucogaster), de fous masqués (Sula dactylatra) et de fous à pieds rouges (Sula sula) utilisent l'île pour se reproduire. De grandes colonies de frégates superbes (Fregata magnificens) et de frégates du Pacifique (Fregata minor) sont également présentes. D'autres espèces comme les noddis bruns (Anous stolidus), les sternes fuligineuses (Onychoprion fuscatus), les phaétons à bec rouge (Phaethon aethereus) et diverses espèces d'oiseaux de rivage et migrateurs utilisent l'île comme lieu de repos ou d'hivernage. L'abondance des oiseaux marins enrichit le sol par leurs déjections (guano), et favorise la croissance des plantes malgré la pauvreté intrinsèque du substrat corallien. Cependant, les interactions avec les populations de crabes peuvent limiter l'expansion des colonies dans certaines zones. Des oiseaux terrestres indigènes sont absents, à l'exception possible d'une espèce de râle qui aurait pu exister historiquement mais n'est plus observée.

Historiquement isolé et potentiellement d'eau douce, le lagon de Clipperton est aujourd'hui saumâtre en raison de la rupture de l'anneau corallien par les vagues et les tempêtes, qui ont permis l'entrée d'eau de mer. Le niveau de salinité peut varier considérablement. Le lagon abrite une faune adaptée à ces conditions fluctuantes, notamment des espèces de poissons et d'invertébrés tolérantes à la salinité variable. Une population de poissons anges noirs géants (Holacanthus passer ou une forme distincte parfois désignée comme Holacanthus limbaughi), connue sous le nom de "Roi de Clipperton", est particulièrement notable et semble confinée au lagon. Elle représente potentiellement une forme adaptée voire un endémisme lié à cet environnement particulier.

L'environnement marin qui entoure Clipperton fait partie du Pacifique oriental tropical et abrite une diversité de poissons récifaux, de requins, de raies et d'autres organismes marins typiques de la région. Le récif corallien lui-même, bien que parfois perturbé par les tempêtes, soutient un écosystème marin actif. La zone est également importante pour la pêche au thon dans les eaux adjacentes.

Carte de Clipperton.

Clipperton vue de l'espace.

Histoire de l'île Clipperton.
L'île aurait été découverte en 1515 par le navigateur Álvaro de Saavedra lors de son expédition à travers le Pacifique. Elle fut alors nommée île de la Passion en raison de sa découverte un Vendredi saint. Le corsaire John Clipperton aurait utilisé l'atoll comme base vers 1705. Bien que cela soit incertain, son nom fut ensuite associé à l'île, qui sera appelée île Clipperton. 

La France prend officiellement possession de l'île. en 1855 Toutefois, aucune colonie n'y est établie, et l'île reste inhabitée pendant une longue période. En 1897, le Mexique commence à manifester un intérêt pour Clipperton, notamment en raison des dépôts de guano, très recherchés à cette époque pour la production de fertilisants.  Les Etats-Unis la revendiquent également à la même époque.

En 1906, sous la présidence de Porfirio Díaz, le Mexique, qui revendiquait alors des droits exclusifs, envoya une petite colonie sur  Clipperton. Cette colonie était composée principalement de soldats, de leurs familles et de quelques travailleurs. Le but était d'exploiter le guano et de renforcer la revendication mexicaine sur l'île. L'officier en charge était le capitaine Ramón Arnaud, qui dirigea la colonie pendant plusieurs années. Le déclenchement de la Révolution mexicaine en 1910 bouleversa les communications avec la colonie de Clipperton. Les ravitaillements cessèrent d'arriver. Les colons, environ une centaine de personnes, se retrouvèrent coupés du monde.

Durant la Première Guerre mondiale, le Mexique, en proie à des troubles internes, fut incapable d'envoyer des secours. Les colons sombrèrent dans une situation de plus en plus désespérée, manquant de nourriture et d'eau potable. Plusieurs membres de la colonie succombèrent à la famine et au scorbut. La situation se détériora rapidement, menant à la mort de presque tous les colons. Le capitaine Ramón Arnaud mourut en tentant de chercher de l'aide en mer. Le dernier survivant masculin, Victoriano Álvarez, prit le contrôle de l'île, s'en proclama roi, transformant le phare en son palais, tua certains des survivants et, pendant deux ans, tyrannisa et viola les femmes restantes et les enfants avant d'être tué par l'une des survivantes, Tirza Rendón. En juillet 1917, un navire américain, l'USS Yorktown, arriva par hasard sur l'île et sauva les derniers survivants, Tirza Rendón et ses enfants ainsi que deux autres femmes, dont la veuve du capitaine Arnaud.

Après le sauvetage des derniers colons, l'île de Clipperton redevint l'objet de tensions entre le Mexique et la France. Le Mexique proposa en 1925 que la question soit soumise à un arbitrage international. Il fut convenu que Victor Emmanuel III, roi d'Italie, agirait comme arbitre dans ce conflit. En 1931, celui-ci rendit sa décision en faveur de la France, qui devint officiellement propriétaire de l'île de Clipperton. Le Mexique accepta le verdict, mettant fin à la dispute. La France ne fit pas grand-chose pour développer ou peupler l'île, qui resta essentiellement déserte. Pendant la Seconde Guerre mondiale, l'île fut utilisée par les États-Unis comme point de surveillance stratégique dans le cadre des opérations navales dans le Pacifique. Cependant, aucun poste permanent n'y fut établi.

Des expéditions scientifiques et militaires françaises et américaines se succèdent ensuite pour évaluer le potentiel stratégique et les ressources de l'île. En 1966, la France réaffirme son autorité sur Clipperton en y menant une expédition, faisant flotter le drapeau français pour rappeler sa souveraineté. Aujourd'hui, Clipperton reste un territoire français inhabité, administré directement  via le ministère des Outre-mer. L'île est principalement visitée par des expéditions scientifiques ou écologiques, ainsi que par des patrouilles françaises qui surveillent ses eaux. Clipperton est protégée pour sa biodiversité et ses importantes colonies d'oiseaux. 

Jean-Louis Etienne, Clipperton l'atoll du bout du monde, Le Seuil, 2005.