Haeckel, dans de nombreux voyages, a visité les côtes maritimes de presque toute l'Europe, recueillant de nombreux documents pour ses remarquables travaux. Le premier en Allemagne il a accepté sans arrière-pensée la théorie de Darwin, qu'il a développée en lui imprimant un cachet plus ou moins spéculatif. 

Une des notions les plus curieuses introduites dans la science par Haeckel, c'est de considérer le développement embryonnaire de l'individu comme donnant en raccourci ou résumant toute l'évolution, la phylogénie du groupe. (Dr L. Hn.).

Ouvrages principaux : Die Radiolarien (Berlin, 1862, in-fol.). - Generelle Morphologie der Organismen (Berlin, 1866, 2 vol. in-8). - Natürliche Schoepfungsgeschichte (Berlin, 1868, in-8, et nombr. édit.; trad. en français sous le titre d'Histoire de la création, Paris, 1874, in-8). - Anthropogenie, etc. (Leipzig, 1874, in-8; trad. fr., 1877, in-8). - un nombre considérable de monographies sur les Méduses, les Siphonophores, les Spongiaires, les Monères. etc., sur des questions génerales et théoriques telles que les preuves du transformisme, les plastides, etc.