La source sort, à 937 m d'altitude, au pied du Noirmont, d'une grotte à stalactites, auprès d'un abîme de grande profondeur nommé la Baume de la Grand-Combe. Le Doubs coule d'abord dans la direction du Sud-Ouest au passe à Mouthe où il se grossit du Sebrios, à Rochejean, à Labergement, reçoit le Rouge-Bief, la Taverne qui lui apporte les eaux du lac de Remoray, traverse le lac de Saint-Point où se jette la Fontaine-Bleue, se grossit de la Morte, grossie elle-même de la Fontaine-Ronde, arrose Oye où il recueille le bief du Saut, passe au pied du fort de Joux, et atteint Pontarlier où il reçoit le bief de Lavaux; il passe ensuite à Doubs, reçoit le Drugeon, passe à Arçon, puis se perd en partie dans les fissures de son lit et s'y tarit même parfois presque complètement en été, passe à Hauterive, Monthenoit, Remonot; c'est à ce point seulement qu'il reparaît lorsque les chaleurs l'ont fait tarir il arrosa ensuite Morteau et à partir de là, sert quelque temps de frontière entre la France et la Suisse.
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Le Doubs en aval de Besançon. L'île Malpas et Casamène.

Il traverse le lac de Chaillexon et passe ensuite dans un étroit défilé dans lequel il forme la chute célèbre, de 17 m de hauteur, connue sous la nom de Saut du Doubs; il se grossit de nombreuses et abondantes sources jaillissant des escarpements calcaires qui bornent son cours, entre en Suisse, où il arrose Sainte-Ursanne, s'infléchit brusquement à l'Ouest et rentre bientôt en France, au-dessus de Brémoncourt, passe à Glère, Vaufrey, Saint-Hippolyte où il reçoit la Dessoubre; son cours se redresse ensuite vers le Nord; il se grossit de la Barbèche à Dampjoux; du Roide et de la Ranceuse à Pont-de-Roide, traverse la chaîne du Lomont dans un défilé après lequel sa vallée s'élargit, passe à Valentigney, reçoit le Gland, passe à Audincourt, tourne brusquement à l'Ouest jusqu'à Vougeaucourt et, à partir de ce point, coule jusqu'à son embouchure dans une direction générale opposée à celle de la première partie de son cours, du Nord-Est. au Sud-Ouest; il se grossit des eaux de la Savoureuse et de la rivière Saint-Nicolas et prête son lit pendant 86 km, jusqu'à Dole, au canal du Rhône au Rhin.

Il arrose l'Isle-sur-le-Doubs, Pompierre, Clerval, Baume-les-Dames, où il se grossit du Cuisancin, contourne Besançon, passe au pied de Boussières, entre dans le département du Jura, passe entre les forêts d'Arne et de Chaux, se grossit du ruisseau des Neuf -Fontaines, de l'Arne et de la Vèze, arrose Rochefort et Dole; en aval de Dole et jusqu'à l'embouchure de la Loue à Pontaubert, le Doubs n'est plus guère navigable qu'en hiver; après avoir reçu l'Orain, il entre dans le département de Saône-et-Loire, reçoit encore la Guyotte, passe à Navilly et, à partir de ce point jusqu'à son embouchure, il est navigable pour les bateaux de 120 tonnes; il se jette dans la Saône à Verdun-sur-le-Doubs après un cours de 450 km. (GE).