Comme nous l'avons dit, Daubenton collabora à l'Histoire naturelle de Buffon, pour laquelle il rédigeait les descriptions anatomiques. Malheureusement, cette entente ne dura pas et la collaboration de Daubenton ne s'étendit pas au delà des mammifères; Buffon était trop artiste, Daubenton trop naturaliste, pour que ces deux hommes pussent s'entendre longtemps; le premier, aussi avide de reconnaissance que le second était modeste, visait surtout à l'effet par des expressions métaphoriques et un style recherché, tandis que Daubenton s'attachait principalement à l'exactitude dans le détail et à la netteté scientifique dans les descriptions. A partir de ce jour, la partie anatomique de l'Histoire naturelle se trouva de plus en plus faible et négligée. Par la suite, Buffon reconnut ses torts et se réconcilia avec son ami; c'était trop tard. 

Daubenton a le mérite d'avoir l'un des premiers pressenti l'importance de l'étude de l'anatomie comparée pour la détermination des corps fossiles; on signale de lui plusieurs tentatives heureuses dans ce sens. C'est en reprenant cette tradition que Cuvier éleva plus tard ce monument à la paléontologie qui l'a fait désigner à juste titre comme le créateur de cette science. N'oublions pas que Daubenton a bien d'autres titres à la reconnaissance de la postérité par ses travaux sur la physiologie végétale, sur l'agriculture, sur l'économie rurale, qu'il enseigna à l'école d'Alfort depuis 1783, sur la minéralogie qu'il professa au Muséum et à l'étude de laquelle il poussa le célèbre Haüy, par les progrès qu'il fit accomplir à l'élevage des bêtes à laine et en particulier des mérinos qu'il introduisit en France. 

On trouvera dans les Mémoires de l'Académie des sciences, les Mémoires de la Société de médecine et de l'Académie de médecine, le Journal des Savants, les deux Encyclopédies, un grand nombre de monographies de Daubenton consacrées à ces sujets si variés. Citons encore de lui : Instruction pour les bergers, etc. (Paris, 1782, in-8 ; 5e édit. par Huzard, 1821, in-8); Tableau méthodique des minéraux suivant leurs différentes natures, etc. (Paris, 1784 et 1801, in-8); Mémoire sur les indigestions, etc. (Paris 1785 et 1798, in-8). (Dr L. Hn).