Le darwinisme est le système philosophique, destiné à expliquer la formation des espèces par les théories évolutionnistes que Darwin a mises en faveur. Les théories évolutionnistes sont antérieures à Darwin; Lamarck, Geoffroy Saint-Hilaire et bien d'autres avaient déjà entrepris d'expliquer la formation des espèces. Mais leurs explications étaient incomplètes, et les adversaires de l'évolutionnisme avaient beau jeu contre elles. Avec son livre L'Origine des espèces, Darwin inaugure une époque nouvelle pour la biologie. Sa contribution à l'étude de l'évolution est si importante que darwinisme est, aujourd'hui, presque synonyme de évolutionnisme.

Darwin ne s'est pas préoccupé de l'origine même des variations, question qui avait passionné Lamarck. Il s'est contenté de constater que ces variations se produisent normalement dans la nature, et, par son principe de la sélection naturelle, d'offrir aux évolutionnistes le moyen d'expliquer comment, de la production même de ces variations, résulte fatalement une adaptation progressive des espèces. Le principe de Darwin a été mal compris d'abord par beaucoup de gens (Flourens l'accusait de téléologisme). par la suite, il a conquis sous diverses formes la faveur de tous les biologistes, qui en admettent en tout cas le principe de base qui est la descendance avec modifications. Voici la théorie darwinienne :

En vertu de la reproduction, caractère essentiel de la vie, le nombre des individus vivants tend à s'accroître sans cesse; or le milieu terrestre est limité, la quantité
d'aliments est limitée; il est donc impossible que le nombre des êtres  vivants croisse sans limite; il faut que beaucoup meurent, restituant ainsi au milieu les matières alimentaires employées à leur construction; d'où la nécessité de la lutte pour l'existence (struggle for life). Les êtres vivants luttent sans cesse, soit contre les êtres vivants, soit contre les conditions destructives du milieu ambiant. Beaucoup succombent dans la lutte; quelques-uns subsistent; il est évident que ces derniers étaient les mieux armés pour le combat, les plus parfaitement adaptés aux conditions de milieu. 

Donc, étant donnée la variabilité normale des êtres vivants, il est certain que les individus d'une génération qui persisteront seront naturellement ceux qui étaient le plus aptes à persister dans les conditions considérées, C'est la loi évidente de la persistance du plus apte. Tout se passe donc comme si, entre les produits variés d'une génération, la nature intelligente effectuait un choix, ou, comme on dit en anglais, une sélection. D'où l'expression de sélection naturelle qui a prévalu, quoique sa forme téléologique ait prêté le flanc à des interprétations illégitimes comme celle de Flourens.

L'observation quotidienne nous montre, dans la nature, une tendance à la variation; c'est, vrai, et c'est ce qui permet à la sélection naturelle de s'exercer, mais cette variabilité des produits d'une génération n'exclut pas l'hérédité, qui fait que les enfants ressemblent plus à leurs parents qu'à des étrangers. Sans l'hérédité, qui fixe les variations conservées par la sélection, le principe de Darwin serait insignifiant.

Voici un caractère A, utile dans les conditions considérées, qui apparaît fortuitement dans quelques-uns des produits d'une génération de l'espèce B. Les individus pourvus de ce caractère seront favorisés d'autant dans la lutte pour l'existence; ils persisteront au détriment de ceux de leurs frères qui n'ont pas le caractère A, et, quand ils se reproduiront, il y aura bien des chances pour que, malgré leur variabilité incontestée, la plupart de leurs enfants soient pourvus du caractère A. La sélection naturelle, intervenant dans cette nouvelle génération, tendra encore, si les conditions de milieu sont les mêmes, à faire disparaître les individus dépourvus du caractère A, et ainsi de suite, de sorte qu'au bout de quelques générations, le caractère A sera fixé dans l'espèce B, acquis par l'espèce B. Autrement dit, la sélection naturelle guide la variation dans la voie sinon du progrès, du moins de l'adaptation progressive.

Le même raisonnement explique la disparition des formes intermédiaires, dont l'absence, rendant discontinue la série des êtres vivants, a été l'un des arguments invoqués contre la théorie évolutionniste.

Darwin attribuait au hasard l'apparition de la plupart des caractères utiles, mais il ne niait pas la possibilité de la fixation, dans une espèce, de caractères acquis par les individus sous l'influence directe des conditions de milieu (Lamarckisme.) Les néo-darwiniens, plus intransigeants, ont nié l'hérédité possible des caractères autres que les caractères congénitaux, et en sela se sont opposés aux néo-lamarckiens.

Darwin a aussi introduit le principe secondaire de la sélection sexuelle, bien moins important et bien plus discutable que celui de la sélection naturelle. Enfin, sa théorie des gemmules en fait un des plus considérables partisans de l'explication de l'hérédité par les particules représentatives. Quelle que soit l'étendue que l'on doive attribuer au domaine des variations (en dedans ou en dehors de l'espèce), le principe de la sélection naturelle, dans sa large simplicité, reste l'une des plus vastes conceptions de la biologie. (NLI).

Ernst Mayr, Après Darwin (la biologie, une science pas comme les autres), Dunod, 2006. - Le biologiste Ernst Mayr nous livre ses réflexions sur quelques questions importantes : Pourquoi les organismes vivants ne peuvent-ils être assimilés à des machines complexes? Comment les humains ont-ils évolué?· Qu'avons-nous appris de plus depuis Darwin? Sommes-nous de simples enveloppes de « gènes égoïstes »? Pourquoi n'avons-nous pas encore pu communiquer avec des extraterrestres?… Rédigé avec rigueur et passion, ce livre synthétique s'adresse à tous ceux que les mystères de la vie interpellent.  Sommaire : Sciences et Science. L'autonomie de la biologie. Téléologie. Analyse ou réductionisme? L'influence de Darwin sur la pensée moderne. Les cinq théories de l'évolution de Darwin. Maturation du Darwinisme. Sélection. Les révolutions scientifiques de Thomas Kuhn existent-elles en biologie? Un autre regard sur la question de la spéciation. L'origine des hommes. Sommes-nous seuls dans l'Univers?  Stephen Jay Gould,  La structure de la théorie de l'évolution (t. 1), Gallimard, 2006. - Le "Grand oeuvre" de Stephen Jay Gould, mûri pendant trente ans. En 1972, le paléontologiste américain défrayait la chronique en lançant la théorie des équilibres ponctués, qui contestait le darwinisme classique et sa version dominante à notre époque (dite "théorie néo-darwinienne"). Selon Gould, le changement, au cours des temps géologiques, ne s'était pas fait de manière graduelle, comme l'avait soutenu Darwin, puis ses partisans à notre époque, mais par une évolution saccadée, constituée de phases de stabilité ou "stases" et de phases de changements rapides ou "ponctuations", inaugurant l'apparition de multiples espèces. Cette thèse, largement confirmée aujourd'hui, a conduit S. J. Gould à réexaminer la théorie darwinienne (et néo-darwinienne) de l'évolution, et à la repenser profondément. Cet ouvrage, fruit de ce travail, est le livre fondateur d'une nouvelle théorie de l'évolution, à partir d'un élargissement du darwinisme. Le paléontologiste Stephen Jay Gould (1941-2002) a publié de nombreux ouvrages de vulgarisation, parmi lesquels : Le Pouce du panda; La Mal-mesure de l'homme; La Vie est belle : les surprises de l'évolution... (couv.).