De 1796 à 1814, l'Amérique se trouva isolée de l'Espagne. Les colonies constatèrent qu'elles pouvaient vivre par elles-mêmes. Quelques idées révolutionnaires venues de France y pénétrèrent. Aussi dès les premières années du XIX^e siècle voit-on paraître au Pérou les premiers promoteurs de l'indépendance : D. Torribio Rodriguez de Mendoza, le Dr Chaves de la Rosa, Manuel Ubalde, José Gabriel Aguilar, Pardo, Mateo Silva, José de la Riva Aguero, le comte de Vista Florida. Le vice-roi Abascal chercha à enrayer le mouvement. Ubalde et Aguilar furent condamnés à mort. D'autres furent emprisonnés, relégués au loin. En 1812, il y eut des émeutes à Tacna et à Huanaco. Le 3 septembre 1813, quand on apprit à Lima la suppression de l'Inquisition, le peuple saccagea les bâtiments du Saint-Office. Le Chili avait essayé de se rendre indépendant en 1810. Buenos Aires y réussit en 1813, et le général argentin Belgrano envoya des troupes dans le haut Pérou pour y susciter un soulèvement. Le 3 août 1814, l'indépendance fut proclamée à Cuzco. Un vieux cacique, Mateo Garcia Pumacagua, se mit à la tête du mouvement. Les insurgés occupèrent Puno, Arequipa. Le général Ramirez les battit à Chillihua en décembre, à Umachiri en mars 1815. Pumacagua trahi fut pendu par les Espagnols. La révolte fut étouffée. Un complot tramé à Lima en 1815 par Quiros, Pardo de Zéla, Manuel et Tomas Menendez, d'autres encore, fut dénoncé et les conjurés jetés en prison. Abascal remit le Pérou en apparence dompté à son avant-dernier vice-roi, don Joachim de la Pezuela (7 juillet 1816). Mais en 1817 un patriote argentin, né sur le territoire des Misiones, le général José de San Martin, apparaissait au Chili avec une armée remarquablement organisée. Le 3 avril 1818, sa victoire de Maypu affranchissait le Chili. Il se prépara alors à marcher sur Lima. Une flotte fut improvisée et confiée à lord Cochrane pour appuyer les opérations par mer et couper la route aux secours envoyés de la métropole. Pendant ce temps, des complots se formaient à Lima en 1818, en 1820, inquiétant le vice-roi pour la sécurité intérieure. 

San Martin avait achevé ses préparatifs. Le 12 septembre 1820, la flottille de lord Cochrane le débarquait près de Pisco, avec 4500 hommes. Pezuela avait une armée de 23000 hommes, dispersée, il est vrai, pour combattre l'insurrection imminente et ses auxiliaires. A la fin d'octobre, San Martin fit passer ses troupes par mer au Nord de Lima. En janvier 1821 une bataille semblait imminente lorsque les officiers espagnols déposèrent Pezuela et lui substituèrent comme vice-roi don José de la Serna. Peu après arrivait d'Espagne un officier, don Manuel Abren, chargé de s'informer des réclamations des patriotes. Il y eut un armistice. San Martin demanda l'indépendance du Pérou avec un roi de la maison de Bourbon. La Serna eût accepté. Ses officiers l'en empêchèrent (mai 1821). Le 9 juillet suivant, San Martin entrait à Lima, le 28 l'indépendance était proclamée, le 3 août San Martin était nommé protecteur du Pérou, le 28 la mitta était abolie, le 21 septembre la forteresse du Callao capitulait. Grâce à Cochrane et à Guise, les insurgés restaient maîtres de la mer et l'armée espagnole se trouvait rejetée dans l'intérieur. L'année suivante (1822), la victoire de Pichincha libérait la province de Quito. Les Colombiens envoyés par Simon Bolivar avaient concouru à cette victoire de concert avec les troupes de San Martin et les révoltés.

Le 20 septembre 1822, le congrès constitutionnel convoqué à Lima fut réuni. San Martin résigna aussitôt ses pouvoirs et, sans ambition personnelle, il rentra dans la vie privée et ne tarda pas à quitter le Pérou. Le congrès commença par confier la pouvoir exécutif à une junte composée du comte de Vista Florida, du général Lamar et du général Alvarado. Mais après un échec de ce dernier à Torata (19 janvier 1823), on jugea nécessaire plus d'unité dans la direction : D. José de la Riva Aguero fut élu président de la République (28 février). Avec l'aide de Santa Cruz, général en chef, il mit rapidement sur pied une armée, qui marcha sur les Espagnols concentrés à Cuzco. Le 25 août, les patriotes furent vainqueurs dans une première rencontre à Zepita, mais La Serna s'avança avec des forces supérieures et les contraignit à une retraite désastreuse. Pendant ce temps, Canterac et les Espagnols occupaient momentanément Lima, malgré l'arrivée du général Sucre, avec un secours de 3000 Colombiens. Une partie du congrès, réfugiée au Callao, déposa Riva Aguero et nomma président le marquis de Torre Tagle. Aguero ressaisit un moment le pouvoir, puis fut trahi, arrêté et exilé. Le 1^er septembre 1823, Simon Bolivar arriva au Callao. On était las de dissensions à l'origine desquelles son lieutenant Sucre n'était sans doute pas étranger. Le 10 février suivant, le congrès confia à Bolivar des pouvoirs dictatoriaux. 

Bolivar débutait au Pérou sous de mauvais auspices. Trois jours avant, la forteresse du Callao était retombée aux mains des Espagnols. Bolivar quitta Lima. En juillet il entra en campagne, le 6 août il remportait une victoire à Junin. Le vice-roi La Serna avait son quartier général à Cuzco. Il prit l'initiative d'un mouvement offensif contre le général Sucre. La rencontre eut lieu à Ayacucho le 9 décembre 1824. L'action fut décisive en faveur des Péruviens. Les Espagnols y firent des pertes irréparables. La Serna et ses généraux se rendirent. Cuzco fut occupé par les patriotes. La guerre de l'Indépendance était virtuellement achevée. Bolivar, le 10 février 1825, réunit un congrès qui lui renouvela ses pouvoirs dictatoriaux, et le 1^er mai une nouvelle assemblée le nomma président à vie. Le 10 août de la même année, le Libérateur créait une nouvelle nation indépendante, en séparant à la fois des gouvernements de Buenos Aires et de Lima, l'ancien gouvernement de Charcas ou Haut-Pérou, qui devint la Bolivie. 

La longue absence de Bolivar avait été préjudiciable à son autorité en Colombie. Il voulut y retourner, quitta Lima le 3 septembre 1826 et rappela les troupes colombiennes le 26 janvier 1827. Aussitôt il se déclara au Pérou une forte opposition contre lui. Le congrès se réunit à Lima le 4 juin, et le 25 août nomma président à sa place le général D. José de Lamar y Cortazar. Lamar se hâta d'intervenir en Bolivie pour la soustraire à l'influence de Bolivar, qui y avait installé Sucre comme président à vie. Sucre fut en effet obligé de se démettre en 1828. Au même moment, Bolivar déclarait la guerre au Pérou qui méconnaissait sa loi.

La campagne de 1829, sur les frontières actuelles de la République, fut malheureuse pour les Péruviens. Lamar battu dut signer une paix peu glorieuse, fut déposé par le général Agustin Gamarra et exilé. Après ce coup d'Etat, Gamarra se fit nommer président et gouverna de la façon la plus arbitraire jusqu'en 1833. Le 30 décembre de cette année, le congrès lui nomma un successeur, don Luiz José Orbegoso. Au lieu de se soumettre, Gamarra fit, au mois de janvier, un pronunciamiento à Lima en faveur du général Bermudez. La lutte fut courte : après un premier succès à Huaylacucho, Bermudez fut soudain abandonné de ses troupes et dut s'enfuir. Une réconciliation solennelle entre les deux armées eut lieu à Maquinhuayo, le 23 avirl 1834, mais la tranquillité publique n'en fut pas assurée pour longtemps. En février 1835, le général don Felipe Santiago de Salaverry et le général La Fuente faisaient un coup d'Etat au Callao; le 25, Salaverry se décernait le pouvoir suprême. Orbegoso était dans le sud, à Arequipa. Le président de la Bolivie, Santa Cruz, entra au Pérou pour le soutenir et battit à Yanacocha, le 13 août, les partisans de Salaverry. Celui-ci, pour faire diversion, alla occuper Arequipa, mais, pendant ce temps, Orbegoso revint occuper Lima et le Callao; son allié Santa Cruz marcha sur Arequipa, finit par s'emparer de Salaverry, le fit condamner à mort par une cour martiale et exécuter le 18 février 1836. En intervenant au Pérou, Santa Cruz avait le projet de former une confédération entre cet Etat et la Bolivie. Sa victoire lui permit de mettre ce plan à exécution. Le Pérou fut séparé en deux Etats, le Nord sous la présidence d'Orbegoso, le Sud sous celle du général Herrera. 

La confédération des trois Etats fut proclamée à Lima le 22 octobre 1836, et Santa Cruz en fut nommé le protecteur. L'établissement de cette confédération inquiéta le Chili. II mit en avant de vains prétextes, s'empara par surprise de la flotte péruvienne le 21 août 1836 et déclara la guerre le 11 novembre. La première campagne des Chiliens, avec Arequipa, comme objectif, fut malheureuse. Leur armée dut capituler. Mais en 1837, soutenus par les anciens partisans de Salaverry exilés, les Chiliens occupèrent Lima, et, provisoirement, Gamarra prit le titre de président du Pérou. Au Nord, Orbegoso, sans s'allier aux agresseurs dit dehors, se déclarait contre Santa Cruz. Ce dernier réussit à reprendre Lima, mais, en janvier 1839, il fut complètement battu au « Pan de Azucar ». II se réfugia à Guayaquil, puis en Europe. La confédération fut dissoute le 20 février. Les Chiliens satisfaits se retirèrent, et le Pérou réuni en un seul Etat se donna une constitution au Congrès de Huancayo (10 novembre 1839). La république devait être gouvernée par un président élu pour six ans, par un sénat et une chambre des députés. Gamarra resta au pouvoir avec le titre de « Restaurateur du Pérou ». En janvier 1841, un « régénérateur », le colonel Vivanco, se prononça contre lui, mais fut facilement vaincu. L'intervention et les procédés cruels de Santa Cruz et des Boliviens avaient laissé un souvenir odieux au Pérou, surtout parmi les amis de Salaverry. Gamarra, pour en tirer vengeance, déclara la guerre à la Bolivie, où pourtant le parti de Santa Cruz n'était plus au pouvoir. Cette agression fut suivie d'un échec terrible pour les Péruviens, à Yngavi, le 20 novembre 1841. Gamarra fut tué, le Pérou menacé d'invasion, et les Boliviens ne s'arrêtèrent que devant la prise d'armes générale des Péruviens (Paix d'Acora, 7 juin 1842). II s'ensuivit une anarchie complète. Don Manuel Menendez, chargé des fonctions de président, ne fut pas reconnu par les chefs militaires qui firent choix successivement du général Francisco Vidal, puis du général Vivanco.

Ce fut un autre général, don Ramon Castilla, qui rétablit la situation. Il prit parti pour le président légal Menendez, déjoua par son audace une attaque imminente du général Guarda (octobre 1843) et finit par battre complètement Vivanco à Carmen Alto, le 17 juilet 1844. Menendez fut rétabli dans ses fonctions et convoqua un congrès qui, conformément à la Constitution, élut Castilla président pour six ans le 20 avril 1845. Castilla donna pendant ses six années la tranquillité et avec elle la prospérité au Pérou. Il se retira lorsqu'eut été nommé son successeur José Rufino Echenique, le 20 avril 1851. En 1853, l'Espagne reconnut l'indépendance du Pérou.  (H. Léonardon).