Les explorateurs portugais ont été parmi les premiers Européens à arriver dans les îles Comores au XV^e siècle. Mayotte fut découverte en 1527 par le Portugais Diego Ribero (La découverte de l'Afrique) et visitée en 1599 par le Hollandais Davis, en 1607 par l'Anglais Paris, en 1720 par Hamilton. Le roi sakalave du Bouéni, Adrian Souli, chassé de Madagascar, s'était réfugié à Mayotte en 1831; il ne tarda pas à entrer en lutte avec les chefs indigènes; avec l'aide du sultan d'Anjouan, il conquit l'île.

Cependant, c'est à la fin du XVIII^e siècle que les Français commencent à s'intéresser sérieusement à l'archipel. En 1840, le lieutenant de vaisseau Jehenne la visita et fut frappé des avantages que présentait la situation de Mayotte; il les signala à l'amiral de Hall, gouverneur de Bourbon ( = l'île de la Réunion); le 25 avril 1841, le capitaine Passot, envoyé par l'amiral, décida Adrian Souli à signer un traité par lequel il cédait Mayotte à la France moyennant 5000 F. de rente viagère; la prise de possession eut lieu le 13 juin 1843. En septembre. 1843, le sultan d'Anjouan, Selim, renonça en faveur de la France aux prétentions qu'il avait sur Mayotte. L'île devient alors une colonie française, mais avec un statut particulier qui lui permet de conserver certaines de ses institutions traditionnelles.

En 1886, la France obtient le contrôle des autres îles de l'archipel des Comores (Anjouan, Mohéli et Grande Comore), mais Mayotte reste la seule île de l'archipel à ne pas avoir été annexée à l'époque. Elle continue de bénéficier d'un statut de protection sous l'autorité française.

Pendant la Seconde Guerre mondiale, Mayotte, comme le reste des îles Comores, est affectée par les bouleversements politiques de la période. Les Comores deviennent officiellement un territoire d'outre-mer français en 1946. En 1974, un référendum est organisé dans les Comores pour décider de leur avenir politique. Les habitants des autres îles (Anjouan, Mohéli, et Grande Comore) votent en faveur de l'indépendance, tandis que les Mahorais, qui vivent à Mayotte, choisissent de rester sous administration française.

Suite au référendum de 1974, Mayotte devient un territoire d'outre-mer français avec un statut spécial. Les autres îles de l'archipel des Comores obtiennent leur indépendance en 1975, mais Mayotte reste une collectivité française. En 1976, la France adopte la loi relative au statut de Mayotte, qui devient un Territoire d'Outre-Mer (TOM). Ce statut lui confère un certain degré d'autonomie tout en restant sous la souveraineté française. Cependant, la question du statut de Mayotte reste un sujet de débat et de tensions avec les autres îles comoriennes.

Les années 1980 et 1990 voient un développement significatif des infrastructures à Mayotte, ainsi qu'une amélioration progressive des services publics. Néanmoins, l'île fait face à des défis importants, notamment en matière de développement économique, de santé et d'éducation, ainsi qu'à une pression démographique croissante en raison de l'immigration clandestine des Comores et des pays voisins.

Le 31 mars 2001, la loi n° 2001-616 établit Mayotte comme un département d'outre-mer (DOM). Cette décision marque une étape importante vers une intégration plus complète de Mayotte dans la République française. Le nouveau statut confère à l'île des pouvoirs accrus en matière de gestion locale et d'administration.Depuis la départementalisation, Mayotte connaît une croissance importante de ses infrastructures, notamment dans les domaines du transport, de la santé et de l'éducation. Le gouvernement français investit massivement pour améliorer les conditions de vie sur l'île, bien que des défis demeurent en matière de sécurité sociale et de développement économique.

En 2011, Mayotte est officiellement reconnue comme région ultrapériphérique (RUP) de l'Union européenne. Ce statut lui permet de bénéficier de fonds structurels et de programmes de soutien destinés à promouvoir son développement économique et social. Mayotte continue de faire face à des défis importants, notamment en raison de la pression migratoire, des inégalités économiques et des problèmes liés à la sécurité. L'immigration clandestine, notamment en provenance des Comores, crée des tensions et des défis pour les services publics locaux.

Depuis 2011, plusieurs réformes ont été mises en place pour améliorer les services publics, renforcer la sécurité et promouvoir le développement durable, avec des projets visant à améliorer les infrastructures, protéger l'environnement et renforcer les capacités économiques locales.. Des initiatives sont également prises pour encourager l'éducation et l'emploi local, et pour réduire les disparités entre Mayotte et les autres départements français. 

Les relations entre Mayotte et les Comores continuent d'être un sujet de discussion. Mayotte est un territoire français, tandis que les Comores considèrent toujours l'île comme faisant partie de leur territoire national. Des efforts diplomatiques sont nécessaires pour gérer ces relations complexes.