L'exploration européenne commence à la fin du XVᵉ siècle, lorsque les navigateurs portugais arrivent dans la région. En 1474, l'explorateur portugais Fernando Póo (Fernão do Pó) découvre l'île qui portera son nom. Les Portugais revendiquent alors la région, mais leur présence reste limitée. En 1778, le Portugal cède les îles de Bioko et d'Annobón ainsi qu'une partie du territoire continental (le Rio Muni) à l'Espagne par le traité de San Ildefonso, en échange de territoires en Amérique du Sud. Cependant, l'Espagne ne commence à réellement coloniser la région qu'au milieu du XIXᵉ siècle.

L'Espagne consolide progressivement son contrôle sur Bioko et le continent à partir de 1844. L'île de Bioko devient un centre de plantation, notamment de cacao, où des travailleurs forcés ou contractuels venus d'Afrique de l'Ouest, principalement du Liberia, du Nigeria et de la Sierra Leone, sont employés. Cette exploitation intensive de ressources naturelles et de main-d'œuvre marque durablement l'économie de la région.

Sur le continent, dans la région du Rio Muni, l'Espagne établit son autorité au début du XXᵉ siècle après des résistances locales de la part des populations Fang. À partir des années 1950, avec la décolonisation croissante en Afrique, un mouvement nationaliste émerge en Guinée équatoriale. En 1959, l'Espagne réorganise ses territoires africains et fait de la Guinée équatoriale une province espagnole, donnant ainsi aux habitants un statut similaire à celui des Espagnols métropolitains. Cependant, cette mesure ne répond pas aux aspirations croissantes à l'indépendance.

En 1963, sous la pression des mouvements nationalistes et des instances internationales comme l'ONU, l'Espagne accorde une autonomie interne limitée à la Guinée équatoriale. Une Assemblée générale et un Conseil de gouvernement sont mis en place, avec des représentants locaux. Ce processus aboutit finalement à l'indépendance du pays le 12 octobre 1968, sous la présidence de Francisco Macías Nguema, qui devient le premier président de la Guinée équatoriale. Dès les premières années de son règne, Macías établit un régime de plus en plus autoritaire et dictatorial. En 1971, il se fait proclamer président à vie et concentre tous les pouvoirs entre ses mains.

Le régime de Macías est marqué par une répression brutale de toute opposition, une politique de terreur, et une dégradation économique et sociale du pays. Il met en place un culte de la personnalité et s'isole progressivement sur le plan international. La période est également marquée par des violations massives des droits humains, avec des exécutions, des emprisonnements arbitraires, et un exode massif de la population, surtout des intellectuels et des membres de la classe moyenne.

En août 1979, Teodoro Obiang Nguema Mbasogo, alors commandant en chef de l'armée et neveu de Macías, mène un coup d'État contre son oncle. Macías est capturé, jugé pour génocide et autres crimes, puis exécuté. Obiang prend le pouvoir et instaure un régime qui, malgré des promesses initiales de libéralisation, reste autoritaire.

Sous le régime d'Obiang, la Guinée équatoriale connaît une relative stabilité politique, mais la répression de l'opposition demeure forte. Le pays reste isolé sur le plan international jusqu'à la découverte et l'exploitation de vastes réserves de pétrole dans les années 1990, ce qui transforme radicalement son économie.

Dans les années 1990, la découverte de gisements pétroliers offshore fait de la Guinée équatoriale l'un des pays les plus riches d'Afrique en termes de PIB par habitant. Cependant, cette richesse profite principalement à une élite restreinte, dominée par la famille Obiang, tandis qu'une grande partie de la population reste dans la pauvreté. Le régime d'Obiang est régulièrement accusé de corruption, de détournement de fonds publics et de violations des droits humains.

Malgré les critiques internationales, Obiang reste au pouvoir, reconduit à plusieurs reprises lors de scrutins largement dénoncés comme frauduleux. Son régime maintient un contrôle strict sur les médias et réprime sévèrement les opposants politiques.

Depuis les années 2000, Teodoro Obiang prépare progressivement son fils, Teodorín Nguema Obiang, à lui succéder. Teodorín occupe plusieurs postes clés, notamment celui de vice-président, et est également connu pour son style de vie extravagant et les multiples accusations de corruption portées contre lui à l'étranger.

Teodoro Obiang est, à ce jour (août 2024), le chef d'État en exercice le plus ancien du monde. Sous son règne, la Guinée équatoriale reste un régime autoritaire avec une économie basée presque exclusivement sur le pétrole. Les inégalités sont profondes, et la situation des droits humains reste très préoccupante.