L'histoire du Guatemala se rattache d'abord à celle du Mexique. C'est du Mexique où ils s'étaient établis vers le milieu du VI^e siècle, que vinrent au Guatemala, au XIII^e siècle, les envahisseurs toltèques, les Mayas Quichés, les Cachiquels, les Zutugils. En 1524, le conquistador don Pedro de Alvarado, venant du Mexique, entre dans le Soconusco, aujourd'hui province mexicaine et alors occupée par les Quichés du Guatemala, avec ses alliés les Indiens Tlascalans. Tecuc Umam, roi des Quiçhés, leur livra bataille sur les bords de la rivière Samala et fut vaincu. S'il fallait en croire les récits des Espagnols, l'armée indienne aurait été de 232 000 hommes, et les eaux de la rivière se seraient changées en sang à cause du massacre. Alvarado entra dans Xeleluh, située près de la ville moderne de Quezaltenango, tua Tecuc Umam dans un nouveau combat, dispersa les restes de son armée sous les murs de la capitale Utatlan, aujourd'hui Santa Cruz del Quiché. Le roi des Cachiquels appela lui-même les étrangers; Alvarado s'établit sur son territoire. Le conquistador bâtit la capitale du nouveau royaume à la base du volcan de Agua. Il soumit dans la même année les Zutugils des bords du lac d'Atitlan, les Cachiquels de Mexico et les Pipiles de la côte. Les exactions des Espagnols amenèrent bientôt des révoltes  les rois des Quichés et des Cachiquels soulevés furent vaincus et faits prisonniers. Les Indiens furent baptisés de force, marqués au fer rouge et réduits en esclavage. La population, qui devait être très dense, diminua rapidement.

Le Guatemala sous la domination espagnole comprenait, outre la république actuelle de Guatemala, les Etats de Chiapas et de Soconusco dans le Mexique et toute l'Amérique centrale, jusqu'à la baie de Thiriqui. Il fut gouverné par une audience royale, dont le président était à la fois chef civil et capitaine général et relevait directement de la métropole. Cette organisation spéciale explique le nom de royaume donné au Guatemala, bien qu'il fut compris officiellement dans la vice-royauté de la Nouvelle-Espagne. En 1821, le Guatemala, suivant l'exemple du Mexique, se proclama libre. Lorsque Iturbide eut dissous par son coup d'Etat du 18 mai 1822 la junte qu'il avait instituée à Mexico et se fut proclamé roi, le Guatemala suivit sa fortune. A la fin de sa dictature, le Guatemala redevenu maître de lui-même, le 21 janvier 1823, se constitua (25 janvier - 22 novembre 1824) en république fédérative avec les autres Etats de l'Amérique centrale.

Après 1824, le Guatemala, réduit à ses frontières actuelles, n'a cessé d'être secoué à l'intérieur par la lutte entre les libéraux ou lucios et les cléricaux ou serviles, tandis que diverses tentatives de fédération forcée des diverses républiques centro-américaines le mettaient en guerre avec ses voisins. Les libéraux, maîtres du pays après la chute d'Iturbide, abolirent l'esclavage, donnèrent aux Indiens le titre de citoyens, établirent le mariage civil et le jury. Le clergé et les familles nobles qui détenaient la puissance territoriale cherchèrent à s'allier aux Indiens pour reconquérir le pouvoir, et suscitèrent plusieurs insurrections. En 1838, les conservateurs ou serviles du Guatemala réussirent à soulever les Indiens contre la fédération; mais ils furent bientôt effrayés de leur oeuvre, quand ils virent leurs alliés en qui s'était réveillée la haine des Européens et qui se disaient envoyés par la vierge Marie, pour soumettre les hérétiques, s'emparer de la république et entrer triomphateurs dans la capitale même du Guatemala. Le jeune péon Rafaelo Carrera, fils d'un Indien Cachiquel et d'une Noire, qui, paré du titre de général, avait mené les Indiens à la victoire, était un homme d'un grand sens politique. Il sut éviter le massacre, ramener les Indiens dans l'obéissance et, malgré ses origines, devint le chef du parti des Blancs. Carrera fit sortir le Guatemala de la confédération centro-américaine, battit en 1840, dans la ville même de Guatemala, le général Morazan, président constitutionnel de l'Amérique centrale. Devenu dictateur, il réforma l'administration, augmenta le commerce, accrut les revenus de l'Etat, mais il eut à lutter contre la révolution.

Des troubles éclatèrent au mois de janvier 1845 et furent bientôt réprimés; mais une nouvelle révolution plus importante se déclara au mois de janvier 1847; en 1848, mille insurgés battirent les troupes du gouvernement; en 1850, la capitale fut ensanglantée par une nouvelle révolution. Les insurgés s'appuyant sur les Etats voisins, Carrera, qui en 1842 avait rattaché le Guatemala à la confédération centro-américaine, l'en sépara par un décret du 21 mars 1847 et dut en 1850 faire la guerre au Salvador et au Honduras coalisés. Il battit ses adversaires à San José. Maître enfin du pays en 1851, il donna une constitution au Guatemala; il réunit une Chambre de cinquante-neuf membres dans laquelle l'aristocratie, le clergé régulier et les divers établissements ecclésiastiques étaient surtout représentés. 

Cette Chambre qui devait faire toutes ses volontés, le nomma président de la république et en 1854 président à vie. Après quelques années de paix, les métis écartés des affaires recommencèrent à s'agiter. En 1862, les récoltes furent mauvaises, la cochenille, la principale richesse du pays manqua. Des bruits de révolution se répandirent; deux officiers furent arrêtés, accusés d'avoir organisé une conspiration pour assassiner Carrera à la cathédrale. Le 1^er mai, le major général de la place fut assailli sur sa porte même par trois hommes qui déchargèrent sur lui leurs revolvers sans l'atteindre, tandis que le feu éclatait au palais dans les magasins attenant au dépôt des poudres. Cette conjuration fut sévèrement réprimée.

En 1863, la guerre éclata entre le Guatemala et le Salvador dont le président Barrios voulait reconstituer l'unité centro-américaine; Carrera exigeait qu'en cas d'union chaque Etat gardât son autonomie. A la suite d'un article offensant pour lui, paru dans la Gazette officielle du Salvador, il franchit la frontière le 18 février 1863 avec 2700 hommes. Barrios lui livra bataille le 24 à Coalepeque et le mit en pleine déroute. Carrera s'allia au Nicaragua et, après avoir réprimé une insurrection dans sa capitale, il s'avança avec ses alliés contre les forces réunies du Salvador et du Honduras. Vainqueur le 16 juin à Santa Rosa, il força Barrios à prendre la fuite et le Salvador à changer de président. Après la mort de Carrera (14 avril 1865), la Chambre élut à la présidence le général Vicente Cerna qui continua la politique conservatrice. En 1867, une révolte dirigée par le général Serupio Cruz échoua, mais en 1871 un mouvement insurrectionnel renversa Vicente Cerna. Les libéraux, parvenus au pouvoir, chassèrent les jésuites et proclamèrent la liberté religieuse. Ils consolidèrent leur situation en s'alliant au libéral Honduras. Leurs conquêtes furent sanctionnées par la constitution de 1879.

En 1873, le général Rufino Barrios fut porté à la présidence; le gouvernement, décidé à vaincre le clergé, prononça la dissolution des couvents et l'interdiction de l'enseignement des missionnaires. Des tentatives de révoltes fomentées parle clergé motivèrent des mesures plus sévères, le bannissement de l'archevêque de Guatemala, la dissolution des congrégations, la confiscation à titre provisoire d'abord, puis définitif, des importantes propriétés des églises. Le pouvoir des cléricaux fut brisé. Barrios eut ses pouvoirs proroges pour quatre ans, puis, en 1880, pour six ans. En 1884, à la suite de la convention passée entre les Etats-Unis et le Nicaragua pour la construction d'un canal, il crut l'indépendance du Guatemala et de toute l'Amérique centrale menacée; il résolut de grouper fortement les Etats de l'Amérique centrale et proclama en février 1885 la confédération centro-américaine. Le Salvador refusant d'y adhérer, Barrios en mars envahit son territoire, mais il fut tué au combat de Chachuya et son armée battue et débandée rentra au Guatemala. Par l'intermédiaire des consuls, la paix fut conclue le 14 avril avec le président du Salvador Zaldivar, par le général Barillas qui prit en main le gouvernement du Guatemala. En mars 1892, le général Reyna Barrios, libéral avancé, fut élu président de la république après ballottage, par 35 000 voix contre 30 000 données au Dr Francisco Lanifiesta, libéral.

Au mois de mai 1906, un commencement de révolution avait éclaté au Guatemala, dirigé contre l'administration du président en exercice, Manuel Estrada Cabrera. La frontière mexicaine était le centre de cette agitation, qui fut rapidement réprimée par les troupes du gouvernement.

Au commencement de juillet, un nouveau soulèvement eut lieu, organisé cette fois par des réfugiés guatémaltèques que la république de Salvador avait accueillis et probablement encouragés. Il avait pour principal chef l'ancien président Barrillas, adversaire malheureux d'Estrada Cabrera. Le Guatemala, ayant réprimé le mouvement insurrectionnel, demanda comme réparation au  Salvador que le général Regalado, ancien président de la République et ministre de la guerre, fût écarté de cette fonction. Sur le refus du Salvador, les hostilités éclatèrent, et à la bataille d'El Jicaro (12 juillet), les troupes du Guatemala étaient battues; mais le général salvadorien Regalado était tué. D'autre part, le Honduras s'était uni au Salvador.

Devant la gravité du conflit, les Etats-Unis se hâtaient d'intervenir, de concert avec le Mexique; le 19 juillet, le navire de guerre américain Marble-head, transportant le ministre Merry, négociait une pacification générale de l'Amérique centrale, que la disparition du général Regalado, adversaire personnel d'Estrada Cabrera, rendait facile. Jusqu'en 1920, Manuel Estrada Cabrera gouvernera le Guatemala avec une poigne de fer, ne cessant de consolider son pouvoir grâce à une forte répression des opposants et en favorisant les intérêts des entreprises étrangères, notamment la United Fruit Company.(Chofardet).

La période suivant la chute de Cabrera est marquée par l'instabilité politique, avec une série de gouvernements de courte durée. Élu président en 1931, Jorge Ubico instaure une dictature fortement répressive, avec des politiques favorables aux grandes entreprises agricoles et aux intérêts étrangers. Son régime est connu pour sa brutalité et son contrôle strict sur la population. 

Ubicio est finalement renversé par la révolution d'octobre 1944, qui est née d'un soulèvement populaire, mené par des étudiants, des enseignants et des officiers de l'armée. Juan José Arévalo est élu président en 1945, marquant le début d'une décennie de réformes sociales importantes ( modernisation de l'éducation et création de programmes de sécurité sociale). En 1951,  Jacobo Árbenz lui succède continue les réformes avec un programme de redistribution des terres visant à réduire le pouvoir des grandes plantations et améliorer les conditions des paysans.

Les réformes agraires d'Árbenz, en particulier la redistribution des terres de la United Fruit Company, inquiètent cependant les États-Unis, qui craignent une expansion du communisme. En juin 1954, la CIA orchestre un coup d'État qui renverse Árbenz, instaurant une série de gouvernements militaires pro-américains, qui répriment violemment toute opposition. Les droits civiques sont limités et les partis politiques de gauche sont interdits. La période est marquée par des assassinats, des disparitions et la répression systématique des dissidents politiques.

En 1960, un groupe de jeunes officiers de l'armée lance une rébellion contre le gouvernement militaire, marquant le début d'une guerre civile qui durera 36 ans. Les années 1970 et 1980 voient une intensification du conflit entre les guérillas de gauche et les forces militaires gouvernementales. Les populations indigènes sont particulièrement ciblées dans des campagnes de terreur et de génocide. Le gouvernement militaire est responsable de nombreuses violations des droits humains (massacres de masse, tortures, déplacements forcés).

Une nouvelle constitution est adoptée en 1985, ouvrant la voie à des élections démocratiques. Vinicio Cerezo, du Parti démocrate-chrétien, est élu président. Cela marque la fin des régimes militaires directs. Les années 1990 voient des efforts renouvelés pour mettre fin à la guerre civile. Les négociations de paix, facilitée par les Nations Unies, aboutissent à un accord, signé le 29 décembre 1996, et qui met officiellement fin à la guerre civile. Il prévoit des réformes politiques, économiques et sociales visant à promouvoir la justice et la réconciliation nationale.

Le pays va désormais devoir faire face à de nombreux défis post-conflit, notamment la reconstruction, la justice pour les victimes de la guerre et la lutte contre la pauvreté et les inégalités. Élu en 1999, Alfonso Portillo, du Front républicain guatémaltèque (FRG), tente de mettre en oeuvre des réformes économiques, mais son gouvernement est entravé par des scandales de corruption et une instabilité politique. Son administration a été marquée par des allégations de détournement de fonds publics et des liens avec le crime organisé. Le président lui-même est confronté à des accusations de corruption et de mauvaise gestion. 

Le années suivantes, le Guatemala va continuer à lutter contre des taux élevés de pauvreté et d'inégalités. Les populations indigènes et rurales sont particulièrement touchées par le manque d'accès aux services de base et aux opportunités économiques. La violence des gangs et le narcotrafic persistent, exacerbant les problèmes de sécurité et de stabilité sociale.

Álvaro Colom, président de 2008 à 2012, du parti Union nationale de l'espérance (UNE), a mis en place plusieurs programmes sociaux visant à réduire la pauvreté, améliorer l'éducation et renforcer la santé publique. Son administration a également tenté de promouvoir la transparence et la lutte contre la corruption. Mais les efforts de Colom, n'ont pas suffi face aux défis économiques et sécuritaires dumoment. Son successeur, Otto Pérez Molina (2012-2015), du Parti patriote (PP), un ancien général, a adopté une approche plus militarisée pour lutter contre la criminalité et les gangs. Cependant, sa présidence a été marquée par une augmentation des allégations de corruption, notamment en 2015, avec un énorme scandale de corruption connu sous le nom de La Línea, impliquant des hauts fonctionnaires dans un réseau de fraude douanière. Les révélations ont conduit à des manifestations massives et à la démission de Pérez Molina, qui a été arrêté et inculpé de corruption.

Créée en 2007 avec le soutien des Nations Unies, la Commission internationale contre l'impunité au Guatemala (CICIG) a joué un rôle crucial dans l'enquête et la poursuite des affaires de corruption. Elle a collaboré avec les autorités guatémaltèques pour renforcer l'État de droit et promouvoir la justice. Jimmy Morales, ancien comédien et candidat anti-establishment, a été élu président en 2015. Son mandat a été marqué par des tensions croissantes avec la CICIG, particulièrement après que la commission a commencé à enquêter sur des allégations de financement illicite de sa campagne. En 2019, Morales a refusé de renouveler le mandat de la CICIG, ce qui a suscité des critiques internationales et des préoccupations quant à l'engagement du Guatemala en matière de lutte contre la corruption.

Alejandro Giammattei, du parti Vamos, a pris ses fonctions en janvier 2020, peu de temps avant que la pandémie de covid-19 ne frappe le Guatemala. : La pandémie a accentué les problèmes économiques, entraînant une contraction économique et des difficultés pour les populations les plus vulnérables. Après la crise sanitaire, le Guatemala  a connu une crise migratoire, avec de nombreux citoyens cherchant à émigrer vers les États-Unis en raison de la violence, de la pauvreté et du manque de perspectives économiques. Les efforts pour lutter contre la corruption et promouvoir la justice continuent d'être des enjeux majeurs pour le gouvernement et la société civile. La transparence et la réforme institutionnelle restent des défis importants pour le pays.