Le christianisme pénétra en Égypte dès l^er siècle. Il y fut porté, à ce que rapporte la tradition par Saint Marc (L'Égypte romaine). Il y devint bientôt relativement florissant à partir du IV^e siècle, quand il devient religion officielle à Rome : Alexandrie, siège d'un des grands patriarcats de l'Orient, produisit les plus illustres docteurs, Origène, Clément, Athanase, etc.; la Thébaïde se couvrit de monastères et se peupla d'anachorètes, célèbres par leur austérité. Les hérésies, surtout celles des Ariens, des Gnostiques, des Jacobites, s'y répandirent également : les Coptes, reste des anciennes populations chrétiennes, appartiennent encore aujourd'hui ce dernier courant.

Après la scission de l'Empire romain, en 330, l'Égypte fut attribuée à l'empire d'Orient, et fut rattaché à Constantinople à partir de 395 (L'Empire byzantin), et plongea pendant plus de deux siècles dans le chaos et les tragédies, le plus souvent causées par les fanatismes religieux. En  616, les Perses s'en emparèrent et l'occupèrent un instant. Puis en 638 les Arabes l'envahirent sous la conduite d'Amrou, lieutenant du calife Omar. Un changement de souveraineté vécu avec soulagement par une population égyptienne fort malmenée jusque là.

Dates-clés  :

I^er siècle ap. J.-C. - Introduction du christianisme.

IV^e siècle, le christianisme est religion officielle dans l'Empire.

395 - Début de la période byzantine

616 640 - Conquête musulmane; chute d'Alexandrie

Avec Constantin s'ouvre une ère nouvelle. Le christianisme est devenu en Égypte, comme dans le reste de l'Empire, la religion de l'État; l'autorité des gouverneurs ou praesides s'efface devant celle des patriarches. Les controverses théologiques passent au premier plan et la question religieuse absorbe les forces vives du pays. Celle de l'arianisme, qui divisa la chrétienté pendant plus de deux siècles, remplit tout la règne de Constantin. On sait que cet empereur, d'abord défavorable à la doctrine d'Arius, lors du patriarcat d'Alexandre qui fit condamner l'hérésiarque par le concile de Nicée (325), s'y rallia complètement au temps d'Athanase que de graves accusations perdirent dans son esprit. On le représentait comme s'étant opposé au transport des blés d'Égypte dans la nouvelle capitale de l'Empire. A l'exemple de son père, l'empereur Constance qui avait eu l'Orient en partage, embrassa l'arianisme. De là source de conflits avec l'Église orthodoxe. Le patriarche Athanase, délivré par Constantin le Jeune de l'interdit qui pesait sur lui, était rentré à Alexandrie aux acclamations de ses partisans. Mais de nouvelles accusations au sujet des distributions de blé (privilège qui était passé de la préfecture au patriarcat) provoquèrent sa condamnation par le concile de 341 et sa destitution par l'empereur. 

Son successeur, Grégoire de Cappadoce, dut céder devant les démonstrations de ses partisans qui en étaient venus aux mains avec les légions et surtout devant les injonctions de Constant qui régnait à Rome. Constance ne voulut pas braver les menaces de son père et consentit à la réinstallation d'Athanase. Réexpulsé après la mort de Constant et remplacé par George, puis rentré dans Alexandrie sous Julien, après le meurtre de George, Athanase s'aliéna par son fanatisme et ses violences l'empereur païen, et dut reprendre la fuite pour reparaître triomphalement sous Julien. Enfin l'empereur Valens, sous le règne duquel il mourut (373), prit son parti de le tolérer, autant à cause de son grand âge que de sa popularité. Le patriarche Pierre, son successeur, fut dépouillé par Valens au profit de l'arien Lucien; mais Théodore expulsa Lucien et le rétablit. Le règne de Valens fut marqué par des persécutions dirigées contre les moines, le monachisme étant alors la plaie de l'Égypte; celui de Théodose par des persécutions dirigées contre les ariens qui furent dépossédés du patriarcat et des églises, et contre les païens dont les temples furent fermés par l'édit de 389. Le patriarche Théophile, chargé de l'exécution du décret, s'acquitta de cette tache avec un zèle implacable. Un grand nombre de temples furent détruits; ceux qui resteront debout furent convertis en églises. Ces mesures portèrent un rude coup au paganisme (Religion égyptienne), qui n'eut d'autre refuge que les sociétés secrètes ou la Nubie, au delà du committium, c. -à-d. au Sud d'Ibrim. Le temple d'Isis, à Philae, fut aussi conservé en vertu d'une tolérance spéciale.

Le rattachement de l'Égypte à Byzance

A la mort de Théodose (393), la scission complète entre les deux empires d'Orient et d'Occident eut pour résultat de rattacher l'Égypte à Byzance. La condition de l'Égypte n'en fut pas meilleure. Aux maux que lui avait fait éprouver l'irruption des barbares à  l'Ouest et à l'Est du delta (les Maziques, les Austuriens, les Arabes) vinrent se joindre les désordres intérieurs causés par le mauvais état des finances et les exactions du fisc. En même temps, le fanatisme de Théophile, après s'être exercé contre les ariens et les païens, se donna carrière contre ses propres partisans; il déclara la guerre aux moines et aux évêques, mais, comme ceux-ci lui résistèrent, il en vint tout de suite aux grands moyens et expédia contre eux des bandes armées qui prirent d'assaut les cellules et massacrèrent les anachorètes. 

Son neveu et successeur Cyrille rivalisa avec lui d'intrigues et de violence. Les trente ans que dura son patriarcat furent remplis de ses attaques contre les Juifs (La Diaspora juive), contre les novatiens, contre le préfet Oreste, contre Hypatie qu'il fit ignominieusement massacrer par ses moines, enfin contre Nestorius, patriarche de Byzance. Son successeur, Dioscore, prit une grande part à l'un des événements religieux les plus considérables, à la propagande de l'hérésie monophysite qui ne devait pas tarder à détrôner complètement le catholicisme en Égypte. Il avait pris la défense d'Eutychès devant le concile d'Ephèse et employé tous les moyens pour obtenir son absolution. Condamné par le concile de Chalcédoine que provoqua l'empereur Marcien en 451, il ne se crut tenu à aucune espèce de ménagement et commença dès lors, en faveur de l'hérésie monophysite, une campagne acharnée qui se traduisit par la conversion de l'Égypte entière. Puis, pour répondre au décret de Marcien qui interdisait en Égypte tout concile eu toute discussion concernant le dogme, il fit arrêter les blés à destination de Constantinople (L'Empire Byzantin) et jeta sur la Palestine et la Syrie de véritables bandes de missionnaires. Sans l'énergique résistance de Marcien, qui envoya une garnison en Égypte, expulsa Dioscore et affama Alexandrie en détournant les convois de blé par la branche pélusiaque, le schisme des deux Églises était un fait accompli. 

A la même époque se placent deux incursions des Blemmyes, repoussées, l'une par le chambellan de l'empereur, Maximilien, l'autre par le préfet Florus. Sous le règne de Léon (457-474), les eutychéens d'Alexandrie se soulèvent, égorgent le patriarche melkite Proterius et portent au patriarcat le moine Thimothée Aïlouros, chef de la sédition. L'empereur répandit à cette manoeuvre révolutionnaire en envoyant comme patriarche un certain Thimothée surnommé Salofakiolos, avec une bonne garnison pour l'appuyer. Tant que régna Zénon, les eutychéens, domptés, en furent réduits à attendre les événements, mais sa mort fut le signal des désordres. Les querelles que provoqua sa succession et qui durèrent trois ans, favorisèrent tour à tour les melkites et les eutychéens, selon que Zénon l'emporta sur Bazilisque ou Bazilisque sur Zénon. En 477, Zénon ayant été vainqueur de son rival, Aïlouros, qui avait pu reprendre sous le gouvernement de Bazilisque possession de son patriarcat, fut chassé et réduit à s'empoisonner. Le peuple lui donna comme remplaçant un des meurtriers de Proterius, Pierre Mongos (= le Bègue), mais le préfet rétablit Salofakiolos et Mongos dut attendre sa mort pour rentrer en possession du patriarcat, cette fois avec l'investiture de Zénon et contre le gré du peuple, qui avait abandonné Mongos pour un certain Talaïa. Si Mongos fut dans cette circonstance le candidat de Zénon, c'est qu'il avait abjuré l'eutychéisme. Il ne lui en coûta pas davantage de redevenir eutychéen sous l'empereur Anastase, dont le règne vit la doctrine monophysite s'implanter d'une manière définitive en Égypte. Ce résultat ne se produisit pas sans de vives résistances du parti melkite, qui était pourtant, il faut bien le dire, sorti très affaibli de la crise religieuse suscitée par l'édit de Zénon. Mais ces résistances ne purent empêcher l'eutychéen Nikeoclès de succéder à Mongos, ni Dioscore Il de succéder à Nikeoclès. 

Si à ces causes de troubles on ajoute l'effroyable rigorisme du fisc qui exigeait du numéraire où l'on pouvait s'acquitter en nature, les honteuses concussions des préfets et de leurs acolytes, la famine et la peste, on aura une idée de l'Égypte au temps de l'empereur Anastase (491-518). Sous le règne de son successeur, Justin I^er (518-527), Alexandrie fut en proie aux désordres provoqués par les polémiques des deux eutychéens Julien et Sévère. Sous celui de Justinien, le sanctuaire de Philae, dernier reste de l'ancienne religion égyptienne, fut fermé et pillé par Narsès que l'empereur avait envoyé contre les Blemmyes. L'Égypte ne sortit pas du régime de fiscalité effrénée ni des troubles religieux. Il suffisait que l'empereur intronisât un nouveau patriarche pour que le peuple lui opposât un rival; d'où querelles sanglantes dans les rues d'Alexandrie entre les partisans de l'un et les partisans de l'autre. La garnison avait fini par n'avoir plus d'autre raison d'être que d'assurer la perception de l'impôt et d'appuyer le patriarche qui avait la confiance de l'empereur en le débarrassant de son concurrent. C'est ainsi que les soldats de Narsès expulsèrent Gainas que le peuple avait opposé à Théodore, créature de l'impératrice Théodora. Mais Théodore ne put se maintenir, et Justinien lui donna comme remplaçant le moine orthodoxe Paul de Tanis avec des droits presque illimités. Il est vrai qu'il le rappela plus tard et l'envoya en exil pour avoir conspiré quelques années plus tard (551).

Justinien poussa le mépris de l'Égypte jusqu'à lui envoyer comme patriarche un capitaine de sa garde, Apollinaire, qui fit militairement son entrée à Alexandrie avec un corps de troupe, et n'apparut vécu des ornements pontificaux qu'à l'église où le peuple l'avait suivi, et par un véritable coup de théâtre. Cette sorte de mascarade se termina dans le sang. 

De l'avènement de Justin II jusqu'à la mort de Phocas (565-610) nous n'avons à enregistrer que des luttes sanglantes entre les melkites et les jacobites, les cruautés sans nombre des empereurs soucieux, semblerait-il, de creuser de plus en plus le fossé qui séparait l'Égypte de Byzance, Phocas poussant même l''imprévoyance jusqu'à édicter l'exclusion des Égyptiens de toutes les places de l'État et de la province. Les Juifs n'échappent pas à ces persécutions (La Diaspora juive); mais ce sont surtout les jacobites que poursuit la haine implacable de Phocas. C'est tout au plus si dans cette terrible période l'Égypte peut jouir de quatre ans de repos sous le règne trop court de Tibère II. A la faveur de ce calme, les différentes sectes de l'eutychéisme se fondirent en une seule secte en acceptant le corps de doctrine qu'avait coordonné, le moine Jacobus Baradeos. Dès lors, il n'y eut plus en Égypte que des jacobites et des melkites.

Sous le règne d'Héraclius, ce gouverneur d'Afrique qui avait détrôné et mis à mort l'usurpateur Phocas, l'Égypte subit deux invasions : la première (615) du roi de Perse, déjà maître d'une grande partie de l'Orient, et que les Juifs et les jacobites, fatigués de l'oppression byzantine, reçurent comme un libérateur, la seconde (639) d'Amrou, lieutenant du calife Omar. Avec la complicité de Mokoukos (ou Makaukas), préfet de la Moyenne-Égypte et chef du parti jacobite, il entra dans Memphis, s'empara de la forteresse de Babylone et marcha sur Alexandrie, où l'élément melkite (c-à-d. les Grecs) opposa la plus opiniâtre résistance. Enfin après quatorze mois de siège, lasse de n'avoir reçu aucun secours de Byzance, où s'agitaient les compétiteurs à la succession d'Héraclius, Alexandrie se rendit (22 décembre 640), et l'Égypte, heureuse des garanties que lui offrait le vainqueur, échangea avec empressement le joug cruel et lourd des empereurs de Byzance contre celui des sectateurs triomphants de Mahomet. La domination romaine (y compris celle du Bas-Empire) avait été de 426 ans; celle des successions d'Arcadius de 244 ans. (Georges Bénédite).