Les Hutu sont des agriculteurs sédentaires, ils constituent la majorité de la population. Les Hutu se sont progressivement installés dans les collines fertiles du Burundi, développant une société clanique fondée sur des alliances tribales et des chefferies locales. Arrivés plus tard, probablement entre le XIV^e et le XVI^e siècle, les Tutsi étaient des éleveurs de bétail nomades. Leur arrivée a profondément influencé la structure sociale du Burundi. Grâce à leur possession de bétail, considéré comme un signe de richesse et de prestige, les Tutsi ont progressivement pris une position dominante dans les structures de pouvoir locales.

Les chefferies locales commencent à s'organiser en entités politiques plus larges. Les récits oraux burundais évoquent l'émergence d'un premier royaume sous l'autorité d'un souverain appelé le mwami (roi). Ce titre deviendra central dans l'histoire du Burundi. 
Le mwami, détenteur du pouvoir central, est à la fois un chef politique, militaire et religieux. LIl  gouverne avec l'aide de chefs locaux (bahutu et batutsi) et d'un conseil d'anciens, les bashingantahe, un groupe d'anciens respectés qui jouent un rôle d'arbitres et de conseillers dans les affaires locales.

Selon la tradition, le Royaume du Burundi se serait constitué sous la dynastie des Ntare, qui prétend descendre d'un fondateur légendaire, Ntare Rushatsi Cambarantama. Ce roi, qui aurait régné au XVI^e ou au XVII^e siècle, est souvent présenté comme l'unificateur des premières chefferies hutu et tutsi sous une autorité centralisée. Ce processus d'unification se poursuit progressivement avec l'intégration de divers clans sous la direction du mwami. Les Tutsi (éleveurs) constituent l'aristocratie et détiennent la majorité du pouvoir politique. Les Hutu (agriculteurs), majoritaires, occupent des positions subordonnées. Les Twa (chasseurs-cueilleurs et potiers), marginalisés, forment une petite minorité. Cette hiérarchie n'est cependant pas rigide. Bien que les Tutsi dominent les structures politiques, les relations sociales sont également marquées par des alliances, des mariages entre les différents groupes sociaux (qui en ce sens ne peuvent pas être définis comme des ethnies distinctes) et des mécanismes d'intégration qui favorisent une certaine fluidité sociale.

Les dynasties royales : Le pouvoir est exercé par une série de rois, dont les plus notables sont Ntare Rugamba (vers 1796-1850) et Mwezi Gisabo (vers 1850-1908). Sous Ntare Rugamba, le royaume atteint son apogée en termes de pouvoir militaire et d'expansion territoriale. Ce roi étend le territoire du Burundi en soumettant les chefferies voisines et en consolidant l'autorité du mwami.

La période coloniale.
À la fin du XIX^e siècle, l'Afrique de l'Est devient une cible pour les puissances coloniales européennes. Le Burundi est d'abord exploré par des Européens à la recherche des sources du Nil. Lors de la Conférence de Berlin (1884-1885), l'Afrique est divisée entre les puissances européennes, et le Burundi, ainsi que le Rwanda, est attribué à l'Allemagne. Les Allemands établissent leur domination dans la région des Grands Lacs en s'appuyant sur les structures politiques existantes. Contrairement à d'autres régions d'Afrique, ils gouvernent indirectement en laissant le mwami en place, tout en exerçant un contrôle sur les affaires économiques et administratives. Le roi Mwezi Gisabo résiste d'abord à la domination allemande, mais il est finalement contraint de signer un traité en 1903, reconnaissant l'autorité coloniale tout en maintenant une certaine autonomie.

Pendant la Première Guerre mondiale, les troupes belges venant du Congo voisin envahissent le Burundi, alors sous contrôle allemand. Après la défaite de l'Allemagne, le Burundi devient un mandat de la Société des Nations confié à la Belgique en 1923, aux côtés du Rwanda. Ce mandat est plus tard transformé en tutelle des Nations Unies après la Seconde Guerre mondiale. Les Belges conservent la structure politique existante, mais renforcent la division de la société sur la base de théories racistes qui instituent artificiellement la distinction entre deux ethnies qui perdurera ensuite. Les Tutsi sont alors favorisés. Sous prétexte de simplifier l'administration, les autorités coloniales belges, réduisent le nombre de chefferies et écartent la plupart des chefs hutus des postes de pouvoir. Cette politique aggrave les tensions entre les groupes sociaux et renforce le pouvoir des Tutsi. Les Belges introduisent également un système d'économie monétaire, imposent de nouvelles cultures agricoles, et développent les infrastructures, mais l'éducation et les services de base restent très limités pour la population.

Après la Seconde Guerre mondiale, des mouvements nationalistes émergent au Burundi comme dans tout le continent africain. Les tensions exacerbées par la colonisation belge poussent les Hutu à revendiquer plus de droits politiques. Cependant, au Burundi, contrairement au Rwanda voisin, la lutte pour l'indépendance reste dominée par les élites tutsi. Dans les années 1950, les pressions internationales pour la décolonisation augmentent, et la Belgique prépare progressivement ses colonies à l'indépendance. Au Burundi, les discussions sur l'indépendance sont largement influencées par les dynamiques politiques internes, où les Tutsis cherchent à conserver leur pouvoir.

En 1961, des élections sont organisées sous la supervision des Nations Unies. Le Parti de l'Unité et du Progrès National (UPRONA), dirigé par le fils aîné du roi, Louis Rwagasore, remporte largement les élections. Rwagasore, figure charismatique et unificateur, prône une indépendance pacifique et le dépassement des divisions internes. Cependant, il est assassiné en octobre 1961, ce qui laisse le pays dans une situation politique incertaine à la veille de l'indépendance.

Le Burundi indépendant.
Le 1^er juillet 1962, le Burundi accède à l'indépendance. Le pays devient une monarchie constitutionnelle avec Mwami Mwambutsa IV à sa tête. Celui-ci tente de maintenir un équilibre, mais en 1965, a liueu un coup d'État mené par des officiers hutu. Il échoue, , mais cela entraîne une répression violente contre les Hutu. L'année suivante, Mwambutsa IV est renversé par son fils, le prince Charles Ndizeye, qui devient le roi Ntare V. Son règne va être de courte durée. En novembre 1966, un coup d'État militaire mené par le capitaine Michel Micombero renverse Ntare V. La monarchie est abolie et la république proclamée. Micombero instaure un régime autoritaire dominé par une élite tutsi de la région du sud du pays (le groupe des Tutsi-Hima).

En avril 1972, une insurrection hutu éclate dans le sud du pays, menée par des militants qui appellent à la création d'un État hutu. La rébellion est violemment réprimée par le régime de Micombero, entraînant ce qui est considéré comme un génocide des Hutu : entre 100 000 et 300 000 Hutu sont massacrés; l'élite intellectuelle est décimée. Cet événement marque profondément l'histoire du Burundi et renforce la domination tutsi sur le pouvoir.

En 1976, Micombero est renversé par Jean-Baptiste Bagaza, également un Tutsi-Hima. Sous Bagaza, le pays connaît une certaine modernisation économique, mais le régime reste autoritaire. Il continue de marginaliser les Hutu tout en renforçant le contrôle de l'État sur les institutions religieuses et la société civile. En 1987, Pierre Buyoya, un autre officier tutsi, renverse Bagaza lors d'un coup d'État et devient président. Il promet des réformes, mais son régime reste dominé par les Tutsi. En 1988, des massacres de Hutu dans la région de Ntega et Marangara provoquent une nouvelle vague de violences, tuant des milliers de personnes. Cet événement pousse Buyoya à initier des réformes politiques, notamment l'introduction d'un système multipartite et la nomination de Hutu à des postes clés.

En 1993, les premières élections démocratiques se tiennent. Melchior Ndadaye, un Hutu et leader du Front pour la Démocratie au Burundi (FRODEBU), remporte la présidence, mettant fin à des décennies de domination tutsi. Après seulement 100 jours au pouvoir, Ndadaye est assassiné lors d'un coup d'État mené par des militaires tutsi. Cet assassinat déclenche des massacres à grande échelle entre Hutu et Tutsi et plonge le pays dans une guerre civile qui durera plus d'une décennie.

Le conflit oppose principalement les forces gouvernementales dominées par les Tutsi et plusieurs groupes rebelles hutu, dont le Conseil national pour la défense de la démocratie-Forces pour la défense de la démocratie (CNDD-FDD) et les Forces nationales de libération (FNL). La guerre fait plus de 300 000 morts et provoque des déplacements massifs de populations. Face à la pression internationale, des pourparlers de paix sont organisés. En 2000, l'Accord d'Arusha est signé sous la médiation de Nelson Mandela et Julius Nyerere. Cet accord prévoit un partage du pouvoir entre Hutu et Tutsi et la création d'un gouvernement de transition.

En 2003, Pierre Buyoya cède la présidence à Domitien Ndayizeye, un Hutu, conformément aux accords d'Arusha. En 2005, une nouvelle constitution est adoptée, instaurant un système de quotas ethniques pour les institutions publiques afin de garantir un équilibre entre Hutu et Tutsi. La même année, Pierre Nkurunziza, leader du CNDD-FDD, est élu président, marquant la fin officielle de la guerre civile. Pierre Nkurunziza, ancien chef rebelle hutu, gouverne le Burundi de 2005 à 2020. Son régime est initialement salué pour la stabilité qu'il apporte après la guerre, mais il devient de plus en plus autoritaire. En 2015, après qu'une décision de justice controversée lui ait permis de contourner une limitation du nombre de mandats, Nkurunziza annonce sa candidature pour un troisième mandat. Sa réélection provoque des manifestations massives et une tentative de coup d'État. La répression qui s'ensuit fait des centaines de morts et pousse des milliers de Burundais à fuir le pays. Le Burundi sombre dans une crise politique et économique, aggravée par des sanctions internationales.

En 2020, Nkurunziza annonce qu'il ne se représentera pas. Évariste Ndayishimiye, un allié de Nkurunziza et membre du CNDD-FDD, remporte l'élection présidentielle. Nkurunziza meurt peu après avoir quitté le pouvoir. Ndayishimiye hérite d'un pays en crise, mais il promet des réformes et tente de redresser l'économie. Cependant, son régime reste critiqué pour les violations des droits humains, la répression de l'opposition et le manque de libertés politiques.