Après les conquêtes d'Alexandre le Grand, Bahreïn est intégrée dans la sphère d'influence hellénistique  (IV^e siècle av. J-C - III^e siècle ap. J.-C.):, bien que l'impact direct soit limité. Bahreïn passe sous l'influence des Parthes  (247 av. JC - 224 ap. JC), qui contrôlent les routes commerciales dans la région, puis devient une province de l'Empire sassanide (224 - 651), continuant à jouer un rôle clé dans le commerce maritime. La région est également connue sous le nom de Mishmahig durant cette période. Le zoroastrisme, le christianisme nestorien, et le judaïsme sont pratiqués à Bahreïn, reflétant la diversité religieuse sous les Sassanides.

Bahreïn est l'une des premières régions à adopter l'Islam au VII^e siècle. Mahomet envoie une lettre à Al-Mundhir ibn Sawa Al-Tamimi, le gouverneur de Bahreïn, qui accepte l'Islam en 628. Bahreïn est intégré au califat de Médine puis Omeyyade, jouant un rôle dans les structures administratives et commerciales de l'empire musulman. Une secte ismaélienne radicale, les Qarmates, prend le contrôle de Bahreïn et de l'est de la péninsule Arabique  (899 - 1077). Ils établissent un état basé à Al-Hasa et font de Bahreïn un centre de leur pouvoir. Les Qarmates se signalent par des raids audacieux, notamment le pillage de La Mecque en 930, où ils emportent la Pierre noire.

 Après la chute des Qarmates, Bahreïn est réintégré dans la sphère d'influence abbasside, bien que le contrôle direct soit souvent contesté par des dynasties locales et régionales. Les Uyunides (1077 - 1235), une dynastie arabe locale, prennent le contrôle de Bahreïn et établissent une période de stabilité relative. Les Usfurides (1253 - 1320) succèdent aux Uyunides, continuant à dominer Bahreïn et à exploiter ses ressources économiques. Les Jarwanides (XIV^e siècle) remplacent les Usfurides et dominent Bahreïn avant l'arrivée des Ormuziens. Le royaume d'Ormuz, basé sur l'île d'Ormuz, dans le détroit du même nom, contrôle Bahreïn à partir du XIV^e siècle siècle. Ils exploitent les ressources perlières et maintiennent des relations commerciales étendues.

Les Portugais s'emparent des îles Bahreïn en 1507, et les quittent seulement en 1622, lorsqu'ils perdent l'île d'Ormuz. Les Arabes les gardent avec des interruptions jusqu'en 1735, où les Persans, sous Nadir-Châh, s'en emparent. A partir de 1784, époque où les Persans en sont chassés, les îles ne sont que nominalement sous la domination du sultan. Elles sont en principe rattachées au district voisin du même nom de la terre ferme d'Arabie, à des cheiks d'abord tributaires des Wahhabites, mais en réalité absolument indépendantes. Cependant, pour garantir ses possessions, la famille sunnite Al-Khalifa régnant sur Bahreïn signe une série de de traités avec le Royaume-Uni au cours du XIX^e siècle qui, au final place le pays sous protectorat britannique, jusqu'à son indépendance en 1971.

Une baisse constante de la production et des réserves de pétrole depuis 1970 a incité Bahreïn à prendre des mesures pour diversifier son économie, développant ainsi les secteurs de la transformation et du raffinage du pétrole, de la production d'aluminium, de l'hôtellerie et de la vente au détail. Le pays s'est également efforcée de devenir une place bancaire régionale de premier plan, notamment en ce qui concerne la finance islamique. 

La famille royale sunnite a longtemps lutté pour gérer les relations avec sa grande population à majorité chiite. Au début de 2011, au milieu de soulèvements arabes ailleurs dans la région ("printemps arabes"), le Bahrein a connu des manifestations pro-démocratiques et réformatrices similaires. Le gouvernement y a fait face avec des actions policières et militaires, notamment en déployant les forces de sécurité du Conseil de coopération du Golfe à Bahreïn. L'échec des pourparlers politiques a incité les sociétés politiques de l'opposition à boycotter les élections législatives et municipales de 2014.

En 2018, une loi interdisant aux membres des sociétés politiques dissoutes par les tribunaux de participer aux élections a eu pour effet d'écarter des élections nationales la majorité des représentants de l'opposition. En conséquence, la plupart des parlementaires sont indépendants. Le mécontentement persistant à l'égard du statu quo politique continue d'être un facteur dans les affrontements sporadiques entre les manifestants et les forces de sécurité. 

La période 2020-2025 a été marquée par des efforts soutenus de réforme économique et de consolidation des relations régionales. Le royaume a poursuivi la mise en Å“uvre de son Plan gouvernemental 2023-2026, axé sur l'amélioration du niveau de vie, la souveraineté législative, le développement des infrastructures et la relance économique. Sur le plan fiscal, Bahreïn a adopté en décembre 2025 un ensemble de réformes ambitieuses incluant l'introduction d'un impôt sur les sociétés, la hausse des prix des carburants et des tarifs de l'électricité et de l'eau, ainsi qu'une réduction de 20 % des dépenses administratives publiques, dans le but de réduire une dette publique atteignant 134 % du PIB en 2024. Ces mesures, soutenues par le FMI, visent à assurer la soutenabilité des finances publiques tout en préservant la stabilité sociale. 

Le pays a lancé en 2021 un plan de relance économique de 30 milliards de dollars pour faire face aux pressions économiques de la pandémie et poursuivre les objectifs de sa "Vision économique 2030" visant à diversifier son économie au-delà du pétrole, avec une croissance soutenue des secteurs des services financiers, du tourisme, de la logistique et de l'économie numérique, ces derniers devant représenter près de 90 % de l'économie à l'horizon 2030. 

Pendant cette même période, Bahreïn a maintenu un cadre institutionnel stable. Le royaume a également consolidé sa position diplomatique régionale, notamment par la normalisation de ses relations avec Israël dans le cadre des Accords d'Abraham dès 2020, une décision qui a renforcé ses liens stratégiques avec les États-Unis et d'autres partenaires occidentaux.

Sur le plan social, Bahreïn a poursuivi des réformes législatives en faveur des droits des femmes, notamment l'amélioration des dispositions relatives au congé maternité et à la protection contre la discrimination professionnelle ainsi que l'abolition du système de kafala en janvier 2026, accordant aux travailleurs étrangers une plus grande liberté de changer d'emploi sans le consentement de leur employeur. 

Le tournant majeur pour le pays comme pour l'ensemble de la région est survenu en fin février 2026 avec le déclenchement d'une guerre impliquant directement l'Iran, Israël et les États-Unis. Pour la première fois de leur histoire récente, Bahrein, comme le Qatar, les Émirats arabes unis, Le Koweit ou l'Irak ont été les cibles directes de tirs de missiles et de drones iraniens. Bahreïn, en raison de sa proximité et de sa vulnérabilité, a été particulièrement touché. Le pays, qui abrite le siège de la cinquième flotte américaine, a été visé par des centaines de tirs, causant des dégâts à sa principale raffinerie et à divers autres sites. Sa position est d'autant plus délicate que sa population majoritairement chiite entretient des liens religieux avec l'Iran, créant un risque de tensions internes. De petites manifestations ont d'ailleurs tenté de se former près de l'ambassade américaine, bien que la majorité de la population fasse front avec le gouvernement. En réponse à cette instabilité, le commandement unifié des forces du Golfe a pris la décision inédite d'envoyer des renforts à Bahreïn.