Après les conquêtes d'Alexandre le Grand, Bahreïn est intégrée dans la sphère d'influence hellénistique  (IV^e siècle av. J-C - III^e siècle ap. J.-C.):, bien que l'impact direct soit limité. Bahreïn passe sous l'influence des Parthes  (247 av. JC - 224 ap. JC), qui contrôlent les routes commerciales dans la région, puis devient une province de l'Empire sassanide (224 - 651), continuant à jouer un rôle clé dans le commerce maritime. La région est également connue sous le nom de Mishmahig durant cette période. Le zoroastrisme, le christianisme nestorien, et le judaïsme sont pratiqués à Bahreïn, reflétant la diversité religieuse sous les Sassanides.

Bahreïn est l'une des premières régions à adopter l'Islam au VII^e siècle. Mahomet envoie une lettre à Al-Mundhir ibn Sawa Al-Tamimi, le gouverneur de Bahreïn, qui accepte l'Islam en 628. Bahreïn est intégré au califat de Médine puis Omeyyade, jouant un rôle dans les structures administratives et commerciales de l'empire musulman. Une secte ismaélienne radicale, les Qarmates, prend le contrôle de Bahreïn et de l'est de la péninsule Arabique  (899 - 1077). Ils établissent un état basé à Al-Hasa et font de Bahreïn un centre de leur pouvoir. Les Qarmates se signalent par des raids audacieux, notamment le pillage de La Mecque en 930, où ils emportent la Pierre noire.

 Après la chute des Qarmates, Bahreïn est réintégré dans la sphère d'influence abbasside, bien que le contrôle direct soit souvent contesté par des dynasties locales et régionales. Les Uyunides (1077 - 1235), une dynastie arabe locale, prennent le contrôle de Bahreïn et établissent une période de stabilité relative. Les Usfurides (1253 - 1320) succèdent aux Uyunides, continuant à dominer Bahreïn et à exploiter ses ressources économiques. Les Jarwanides (XIV^e siècle) remplacent les Usfurides et dominent Bahreïn avant l'arrivée des Ormuziens. Le royaume d'Ormuz, basé sur l'île d'Ormuz, dans le détroit du même nom, contrôle Bahreïn à partir du XIV^e siècle siècle. Ils exploitent les ressources perlières et maintiennent des relations commerciales étendues.

Les Portugais s'emparent des îles Bahreïn en 1507, et les quittent seulement en 1622, lorsqu'ils perdent l'île d'Ormuz. Les Arabes les gardent avec des interruptions jusqu'en 1735, où les Persans, sous Nadir-Châh, s'en emparent. A partir de 1784, époque où les Persans en sont chassés, les îles ne sont que nominalement sous la domination du sultan. Elles sont en principe rattachées au district voisin du même nom de la terre ferme d'Arabie, à des cheiks d'abord tributaires des Wahhabites, mais en réalité absolument indépendantes. Cependant, pour garantir ses possessions, la famille sunnite Al-Khalifa régnant sur Bahreïn signe une série de de traités avec le Royaume-Uni au cours du XIX^e siècle qui, au final place le pays sous protectorat britannique, jusqu'à son indépendance en 1971.

Une baisse constante de la production et des réserves de pétrole depuis 1970 a incité Bahreïn à prendre des mesures pour diversifier son économie, développant ainsi les secteurs de la transformation et du raffinage du pétrole, de la production d'aluminium, de l'hôtellerie et de la vente au détail. Le pays s'est également efforcée de devenir une place bancaire régionale de premier plan, notamment en ce qui concerne la finance islamique. 

La famille royale sunnite a longtemps lutté pour gérer les relations avec sa grande population à majorité chiite. Au début de 2011, au milieu de soulèvements arabes ailleurs dans la région ("printemps arabes"), le Bahrein a connu des manifestations pro-démocratiques et réformatrices similaires. Le gouvernement y a fait face avec des actions policières et militaires, notamment en déployant les forces de sécurité du Conseil de coopération du Golfe à Bahreïn. L'échec des pourparlers politiques a incité les sociétés politiques de l'opposition à boycotter les élections législatives et municipales de 2014.

En 2018, une loi interdisant aux membres des sociétés politiques dissoutes par les tribunaux de participer aux élections a eu pour effet d'écarter des élections nationales la majorité des représentants de l'opposition. En conséquence, la plupart des parlementaires sont indépendants. Le mécontentement persistant à l'égard du statu quo politique continue d'être un facteur dans les affrontements sporadiques entre les manifestants et les forces de sécurité. 

Le 15 septembre 2020, Bahreïn et les Émirats arabes unis ont signé à Washington des accords de paix (les accords d'Abraham) avec Israël (négociés par les États-Unis). Bahreïn et les Émirats arabes unis sont ainsi devenus les troisième et quatrième pays du Moyen-Orient, avec l'Égypte et la Jordanie, à reconnaître Israël. 

La petite taille de Bahreïn, sa situation centrale parmi les pays du Golfe, sa dépendance économique vis-à-vis de l'Arabie Saoudite et sa proximité avec l'Iran l'obligent à jouer un délicat équilibre dans les affaires étrangères entre ses grands voisins. Ses activités de politique étrangère s'alignent généralement sur l'Arabie Saoudite et les Émirats arabes unis.