Le berceau des populations ainsi dénommées semble se trouver en Syrie, dans la région montagneuse qui s'étend à l'est d'Ugarit, autour du djebel Bishri. Si l'on possède quelques références aux Amorrites dans les sources mésopotamiennes du XXIII^e siècle avant notre ère, on ne sait toujours pas pourquoi des groupes se mettent en route vers l'orient dans le courant du XXI^e siècle. Après 2200 av. JC, un ensemble de changements démographiques affecte le Moyen-Orient, qui semblent liés à une période d'aridification touchant en particulier les zones steppiques syriennes où sont situés les premiers Amorrites. Il faut sans doute ajouter aux facteurs déstabilisateurs les campagnes des rois d'Akkad dans la région, qui se soldent par la destruction des principales puissances syriennes (Mari, Nawar, peut-être Ebla). 

Le cheminement des Amorrites venus de l'ouest ne peut être retracé avec précision, mais la toponymie semble avoir gardé des traces de leurs déplacements. On constate en effet qu'un nombre important de sites au nom identique existe en différentes parties du Proche-Orient dans la première moitié du second millénaire. Cette "toponymie en miroir", comme on l'a appelée, s'explique très vraisemblablement par les migrations amorrites : les nouveaux venus auraient rebaptisé les lieux où ils s'installent d'après les toponymes de leur région d'origine (c'est ainsi qu'Apum désigne à la fois l'oasis de Damas et la région autour de Tell Leilan en Syrie du Nord-Est). 

La troisième dynastie d'Ur, qui domine la Basse Mésopotamie au XXI^e siècle, voit apparaître dans ses nombreux documents de gestion des personnes désignées comme des Martu, donc des Amorrites. On trouve la mention d'environ 600 individus amorrites employés dans les cités de Basse Mésopotamie. Seuls 40 % d'entre eux portent des noms en ouest-sémitique, 20 % ont un nom akkadien et 15 % un nom sumérien, ce qui indique une forme d'assimilation à la société locale. Ils sont employés dans divers métiers, avec une prédilection apparente pour la guerre. Certains Amorrites tels que Naplanum, chef tribal et général, occupent même des postes importants dans l'empire d'Ur III. Une partie des Amorrites qui migrent en Mésopotamie restent néanmoins aux marges de l'empire, sans doute en demeurant nomades. Ces groupes, notamment ceux appelés Tidnum, constituent une menace potentielle aux yeux des Mésopotamiens, ce qui explique les clichés négatifs sur les Amorrites dans la littérature sumérienne. 

On observe d'abord, dans les écrits des scribes d'alors, le grand mépris dans lequel ils tiennent ces nomades. C'est du moins ce qui ressort de quelques textes littéraires qui les décrivent comme des "barbares" : sans doute s'agit-il du plus vieil exemple d'ethnocentrisme dans l'histoire des civilisations. Leur style de vie est décrié : ils "habitent sous la tente, ne possèdent pas de maison de leur vivant, et le jour de leur mort ne seront pas enterrés". Au lieu de mettre l'accent sur l'élevage ovin auquel se livrent les Amorrites, on se moque de ces gens "qui ne connaissent pas le grain". Leurs usages alimentaires suscitent également l'incompréhension : ils "mangent de la viande crue". 

La seconde réaction des Sumériens est de nature militaire. Les rois d'Ur tentent d'enrayer la progression des Amorrites sur leur sol en édifiant un mur entre le Tigre et l'Euphrate, à peu près à la hauteur de l'actuelle Bagdad, appelé Muriq-Tidnim, "qui repousse les nomades". Cette mesure ne peut que reculer l'inéluctable, comme plus tard le limes romain ou la Grande Muraille de Chine. Dans un premier temps, les Amorrites ne recherchent pas de confrontation directe avec les armées du dernier roi d'Ur, Ibbi-Sîn, mais ils coupent les communications entre les villes et de ce fait désorganisent son royaume. Par la suite, ils s'emparent des villes les unes après les autres. 

Les incursions amorrites conduisent à l'affaiblissement d'Ur et de Sumer dans leur ensemble, ce qui encourage la région d'Élam à monter une invasion. Le sac d'Ur par les Élamites en 1750 av. JC met fin à la civilisation sumérienne, mais ceci a été rendu possible par les incursions préalables et les migrations des Amorrites dans toute la région, minant la stabilité et le commerce des villes. 

L'État centralisé d'Ur ayant cessé d'exister en 2004 avant notre ère, un ancien fonctionnaire nommé Ishbi-Erra, qui s'est autoproclamé roi à Isin, tente de reprendre à son compte les structures et l'idéologie du régime antérieur. Il réussit à fonder une dynastie, mais les limites territoriales de son royaume sont bien plus restreintes que celles de son prédécesseur. Parmi les villes qui s'émancipent alors, Eshnunna mérite un commentaire particulier : des lettres datant des décennies immédiatement postérieures à la chute d'Ur y montrent comment la dynastie locale coexiste avec un groupe d'Amorrites installé aux environs, tantôt en recourant à la force, tantôt pacifiquement. Un mariage est même conclu entre le fils du roi d'Eshnunna et la fille du chef amorrite. 

Les dynasties amorrites se mettent en place sur les ruines de l'empire d'Ur, notamment dans les cités de Larsa et d'Uruk. La Babylonie du nord voit l'implantation de dynasties amorrites à partir des environs de 1900, notamment à Babylone vers 1880. Peu à peu, toutes les grandes villes passent aux mains de chefs amorrites qui fondent des dynasties locales. Tel est le cas à Larsa : le cinquième roi de la dynastie amorrite, Gungunum, réussit à s'emparer d'Ur en 1926 aux dépens du roi d'Isin. 

L'organisation tribale des Amorrites est encore mal connue. Les deux groupes les mieux documentés sont appelés "Nordistes" et "Sudistes", littéralement Ben-Sim'al, "Fils de la Droite", et Ben-Yamin, "Fils de la Gauche", dans une culture où l'on s'oriente en ayant l'Est et non le Nord devant soi. Cette division semble remonter à la période des migrations de la fin du III^e millénaire; les Ben-Sim'al se rencontrent surtout en Syrie du Nord, tandis que les Ben-Yamin sont allés jusque dans le sud de l'Irak actuel. 

Les rois amorrites ont une conscience de leur appartenance à un même ensemble, et certaines familles royales, originaires d'une même tribu, conservent des liens particuliers. Ils partagent une même conception de la royauté et des relations internationales, qui sont alors très intenses du fait de la fragmentation de l'espace proche-oriental autour de royaumes de puissance équivalente. Cela se retrouve en particulier dans les rituels commémorant les serments d'alliance tels que le "toucher de gorge" et le sacrifice d'ânon, où le sang de l'animal joue un rôle symbolique essentiel en faisant des contractants des frères de sang. 

Vers 1810, on apprend pour la première fois ce qui se passe en Syrie depuis le début des migrations amorrites. Deux grandes villes dont les rois sont d'origine amorrite se disputent l'hégémonie : Alep et Qatna, cette dernière située à proximité de l'actuelle Homs. Alep jouit d'un prestige religieux considérable en raison de l'autorité de sa divinité principale, le dieu de l'Orage Addu, plus tard appelé Baʿal. Plus à l'est, la ville de Mari sur l'Euphrate devient le siège du pouvoir de Yahdun-Lîm, roi appartenant à la branche des Ben-Sim'al. 

Après l'assassinat de Yahdun-Lîm, Mari est incorporée au vaste royaume que Samsî-Addu, appartenant au groupe des Ben-Yamin, a constitué en Haute Mésopotamie à partir d'Ekallâtum sur le Tigre, incluant déjà Assur et Shubat-Enlil. Yasmah-Addu, fils de Samsî-Addu, est placé sur le trône de Mari par son père. Après la mort de Samsî-Addu, il ne peut y rester, et le pouvoir revient à l'héritier de Yahdun-Lîm, nommé Zimrî-Lîm. 

Les archives retrouvées dans le palais de Mari sont d'une extrême richesse; elles renseignent notamment sur le genre de vie semi-nomade qui continue à être celui d'une partie de la population amorrite, dont l'autre fraction s'est peu à peu sédentarisée. Au sein d'un même clan, on distingue ceux qui vivent dans des villes et villages (wāšibūt ālim) et ceux qui se déplacent dans la steppe (ḫiprum ša nawim). Les nomades sont plus généralement désignés par le terme hana/hanû, "ceux qui vivent sous la tente".

Du point de vue religieux, les Amorrites vouent un culte aux principales divinités des régions de Mésopotamie et de Syrie où ils vivent, notamment Addu d'Alep, Dagan de Terqa, Sîn de Harran et Ishtar de Der. Ils possèdent  aussi leur propre panthéon, avec un dieu-patron nommé Amurru (appelé aussi Belu Sadi, le Seigneur des Montagnes) dont l'épouse Belit-Seri est la Dame du Désert. Une des particularités du culte syrien amorrite est le fait que les dieux y sont représentés non seulement sous la forme de statues, mais aussi sous celle de pierres, des bétyles, qui pourraient renvoyer à des traditions bédouines. Un autre élément caractéristique est le rôle majeur du prophétisme : certains dieux transmettent leur message par le biais d'un prophète (apilum) ou d'un extatique (muhhum).

Le plus célèbre des rois amorrites est incontestablement Hammurabi de Babylone (1792-1750), en raison notamment du code de lois qu'il laisse et dont un exemplaire, gravé sur une stèle de pierre découverte à Suse en Iran, se trouve aujourd'hui au musée du Louvre. Hammurabi réussit progressivement à annexer la plupart des royaumes amorrites : Larsa en 1763, puis Mari, Eshnunna. De façon significative, il prend, après ses grandes victoires, le titre de "roi de tout le pays amorrite". La situation politique est au départ plutôt équilibrée, comme le dit cette lettre mise au jour à Mari : "Il n'y a pas un roi, qui, à lui tout seul, soit réellement puissant! 10 ou 15 rois suivent Hammurabi, le roi de Babylone, autant Rim-Sin, le roi de Larsa, autant Ibal-pi-El, le roi d'Eshnunna, autant Amud-pi-El, le roi de Qatna ; 20 rois suivent Yarim-Lim, le roi de Yamhad. " 

Le fils d'Hammurabi, Samsu-Iluna (1749-1712 av. JC), ne peut poursuivre les politiques de son père ni défendre l'empire contre les forces d'invasion des Hittites et des Assyriens. La conquête d'Eshnunna par Hammurabi dans le nord-est avait supprimé une zone tampon et placé la frontière en contact direct avec des tribus telles que les Kassites. Le coup décisif vient en 1595 av. JC lorsque Mursilli I^er des Hittites saccage Babylone, emporte les trésors des temples de la ville et disperse la population. 

Un édit du roi Ammi-saduqa de Babylone (1647-1625) oppose encore parmi ses sujets les Akkadiens et les Amorrites, ce qui indique que la distinction est jugée pertinente. Peu après, l'ordre politique amorrite s'effondre avec la chute d'Alep et du royaume de Yamhad vers 1600, puis celle de Babylone vers 1595, les deux à la suite d'attaques hittites venues d'Anatolie. 

Au XIV^e siècle av. JC se forme un royaume appelé Amurru, dans le Djebel Ansariyé, à proximité du foyer supposé d'émergence des Amorrites un millénaire plus tôt. Plusieurs de ses rois portent des noms ouest-sémitiques reliés à l'amorrite. Ce royaume existe au moins jusqu'au XI^e siècle av. JC. 

Après le déclin de l'empire néo-assyrien vers 600 av. JC, les Amorrites n'apparaissent plus sous ce nom dans les archives historiques. Avec le temps, les Amorrites culturels finissent par être désignés sous le nom d'Araméens, et la terre d'où ils viennent prend le nom d'Aram. Il est possible qu'il y ait une connexion entre les deux populations, qui partagent un fonds commun culturel, linguistique et religieux lié aux populations nord-ouest sémitiques du Levant. Ce substrat explique aussi les divers points communs identifiés entre les coutumes amorrites et celles de l'Israël antique.