Les deux dernières rivières ont leurs sources à peu près dans le même endroit, sur les hauteurs du Pamir. L'Aksou prend naissance dans un petit lac, Oïl-Koul ou Gar-Koul (= lac des Oies), et coule d'abord vers l'Est, pour tourner ensuite vers le Nord-Ouest et enfin vers l'Ouest. Sous le nom persan du Mourghâb il traverse le Pamir dans toute sa largeur et près de l'ancien fort Kala-Wa Mar il rejoint le Piandj, dont la source principale est le lac Sary-koul (4800 m au-dessus de la mer) et qui arrose la Wakhan (Le corridor du Wakhan). 

Les deux rivières réunies traversent d'abord un pays très montueux (le Schougnan, le Darwaz, une partie de la Boukharie), et ce n'est que dans le Badakchan qu'elles gagnent la plaine. Là, le puissant torrent de l'Oxus grandit incessamment, grâce à l'affluence des eaux de la Koulâb-Daria, de la Koktcha, du Sourkhab, de l'Ak-Séraï et enfin du Kafirningan et du Sourkhan. Un peu en aval de Kilif, il a 700 m de largeur, 6 m de profondeur, et sa vitesse moyenne est de 5 à 9 km par heure. 

A son entrée dans les basses plaines du Delta, il roule encore, dans la saison normale, au moins 3570 mètres cubes d'eau par seconde, malgré l'énorme évaporation qu'il subit pendant le parcours de 700 km à travers le désert aride et sablonneux. Aux grandes crues qui ont lieu en été, le volume d'eau devient cinq ou même dix fois plus considérable, et, quoique l'irrigation de l'oasis de Khiva absorbe des milliards de mètres cubes d'eau, et bien qu'une partie de ses eaux soient aussi détournées par le calnal du Turkménistan (qui mène jusqu'à la mer Caspienne), il en reste toujours assez pour que, de plusieurs embouchures de l'Oxus dans la mer d'Aral, trois au moins ne cessent d'être navigables. Ces trois embouchures sont : le Yany-sou, l'Oulkhoun-Daria et le Taldyk.

Pendant l'Antiquité, peut-être même dans les temps historiques, l'Amou-Daria avait certainement ses embouchures plus à l'ouest qu'elles ne le sont de nos jours. Au lieu de se jeter dans la mer d'Aral, il coulait vers la mer de Khowaresme, dont les lacs de Sarykamych actuels nous présentent les restes. Cette mer disparue, ou plutôt ce vaste lac, avait pour issue un autre fleuve, dont le lit s'est conservé jusqu'à nos jours sous le nom de l'Ouzboï. A mesure que le bassin de Khowaresme se desséchait ou s'éloignait vers le Nord, l'Ouzboï diminuait, et enfin il cessa d'exister comme fleuve permanent. On ne trouve plus dans son lit que quelques petits lacs avec de l'eau saumâtre ou salée. 
Il est certain que le bassin de l'Amou-Daria était autrefois beaucoup plus vaste que de nos jours. Les rivières de Kochka-daria, de Zérafchan et même de Syr-Daria n'étaient que ses affluents, de même que le Khouloum, le Balkh-Daria, le Sangalak, le Mourghab (mervien) et le Tedjent, dont les sources se trouvent dans les montagnes de l'Hindou-Kouch et dont les eaux se perdent dans les steppes à de grandes distances de l'Oxus.

Les bords de l'Amou-Daria et de ses branches principales sont peu peuplés. Dans la partie montagneuse du bassin, c'est l'étroitesse des vallées qui en est la cause; dans les steppes, ce sont l'aridité du sol et les inondations que la rivière elle-même produit chaque année. La population la plus dense se trouve dans le delta, mais elle se tient assez loin du fleuve même, sur les bords de nombreux canaux, dont plusieurs sont assez grands pour être navigables. (M. Venukov).