Le projet d'établir une communication directe entre l'Atlantique et le Pacifique à travers l'isthme américain date de la première moitié du XVI^e siècle. Fernand Cortez y avait songé et avait même fait explorer dans ce but l'isthme de Téhuantépec. De nombreux autres projets suivront. Mais c'est seulement en 1875, que se tient un congrès géographique international, à Paris, qui décida qu'une commission serait convoquée dans la même ville pour examiner les divers projets de canal interocéanique. Cette commission se réunit en mai 1879. Elle avait à choisir entre une vingtaine de tracés différents, répartis entre les isthmes de Téhuantépec, de Nicaragua, de Panama, de San-Blas, du Darien et de l'Atrato. Elle se prononça pour le projet de Bonaparte-Wyse, Reclus et Ferdinand de Lesseps, qui proposaient un canal maritime, sans écluses et sans tunnel, entre les baies de Limon et de Panama. 

Lesseps consentit à se mettre à la tête de l'entreprise, à faire, comme il disait, pour le canal de Panama ce qu'il avait fait pour le canal de Suez. Malgré les obstacles de toute nature qu'il a rencontrés, Lesseps a réussi en 1881 à constituer la compagnie universelle du canal de Panama, dont le capital, fixé d'abord à 600 millions de francs, fut ensuite  porté à près de 1 milliard 200 millions. Le canal aurait son point de départ à Colon, longera le rio Chagres et son affluent le rio Obispo, franchira en tranchée ouverte la crête de la Culebra, haute d'environ 100 m, à 20 kil, du Pacifique, et suivra le rio Grande pour déboucher dans la baie de Panama, un peu au Sud de cette ville. La longueur du canal serait d'environ 73 km.

Le volume des terres qui devaient être enlevées était évalué à 73 millions de mètrescubes. La largeur du canal, à la surface de l'eau, serait de 56 m en plaine et de 23 m dans la traversée des montagnes; la profondeur devait être de 8,50 m . Un barrage établi entre Cruces et Gamboa retiendrait les eaux du rio Chagres, qui s'élèvent de 14 m pendant les grandes crues, et des canaux auxiliaires devaient leur permettre de s'écouler lentement vers la mer, sans endommager le canal maritime.

D'après les communications officielles du conseil d'administration à l'assemblée des actionnaires, les travaux devaient être achevés et le canal inauguré en 1888 ou en 1889. Mais cela n'eut pas lieu ainsi. Les retards et les difficultés s'accumulèrent; les sommes réunies furent gaspillées, et malgré le soutien réclamé et obtenu de la Chambre des députés qui autorisa en 1886 l'émission d'obligations à lots, la Compagnie martime de Panama fut contrainte à la faillite en 1888. Ce furent les Etats-Unis qui allaient achever la construction du Canal de Panama, tandis qu'en France un énorme scandale éclata autour de cette faillite.

Panama, la Justice et le Parlement

« La Chambre, désirant qu'une répression énergique et rapide ait lieu contre tous ceux qui ont encouru des responsabilités dans l'affaire du Panama, invite le gouvernement à activer les poursuites commencées. » 

« Une commission d'enquête sera nommée par la Chambre des députés avec les pouvoirs les plus étendus, à l'effet de faire la lumière sur les allégations portées à la tribune à l'occasion des affaires du canal de Panama ». 

« La Chambre, s'associant au désir de la commission d'enquête pour faire la lumière sur les affaires du Panama, passe à l'ordre du jour ». 

Le 12, le Figaro accuse le ministre des finances (Rouvier) d'avoir eu des entrevues compromettantes avec le baron de Reinach. Rouvier démissionne, et cette démission provoque une nouvelle interpellation (13 décembre) très violente, à la suite de laquelle le cabinet accepte la démission de Rouvier. Le 15, le garde des sceaux donne ordre au procureur général d'informer pour corruption de fonctionnaires publics; le 16, Franqueville, chargé de l'instruction, décerne des mandats d'arrêts contre Ch. de Lesseps, Marius Fontane, Henri Cottu, administrateurs du Panama, et Sans-Leroy, ancien député. Des saisies sont opérées au siège de la compagnie, à la banque Thévenet et chez Cornélius Herz. Les découvertes qui sont faites amènent le gouvernement à déposer le 20 décembre deux demandes en autorisation de poursuites, l'une à la Chambre contre Rouvier, Jules Roche, Antonin Proust, Emmanuel Arène, Dugué de la Fauconnerie; l'autre au Sénat contre Albert Grévy, Léon Renault, Paul Devès, Béral et Thévenet. Ces poursuites sont autorisées à la Chambre le 20 décembre, au Sénat le 23. Le 20 décembre, Paul Deroulède interpelle « sur les mesures à prendre par le grand chancelier de la Légion d'honneur contre M. Cornélius Herz, grand officier de l'ordre ». 

Clémenceau, violemment pris a partie par l'interpellateur, a le 22 décembre un duel avec lui, dans lequel six balles sont échangées sans résultat. D'autre part, l'instruction du procès avait mis en lumière ce fait que la Compagnie de Panama avait versé des sommes considérables à un certain nombre de journaux, et que Rouvier et Floquet avaient surveillé la répartition de ces fonds de manière à s'en servir comme d'une arme de combat contre le boulangisme aux élections de 1888 et 1889. Interpellation sur ces faits à la Chambre (23 décembre), qui continue à voter en faveur du gouvernement. 

Des perquisitions opérées au Crédit lyonnais font découvrir des faits importants qui nécessitent l'arrestation du fondé de pouvoir Blondin et celle de Baïhaut (9 janvier 1893), qui, en qualité de ministre des travaux publics, avait déposé le projet de lui relatif à l'émission des obligations à lots de 1886, et avait exigé pour cette complaisance 375.000 F. Loubet et Freycinet, las des attaques de presse dirigées contre eux sans motifs, voulurent se retirer du ministère qui démissionna collectivement le 10 janvier et fut remplacé le 11 par le second ministère Ribot. Le 20 janvier, Cornélius Herz, qui avait joué le rôle le plus néfaste dans toute, l'affaire du Panama, était arrêté à l'hôtel Tankerville à Bournemouth (Angleterre), sous l'inculpation de complicité d'escroquerie et d'abus de confiance. Le 27, il était rayé des cadres de la Légion d'honneur pour faits portant atteinte à l'honneur, pour manoeuvres et pression violente et faits de chantage, dans le but d'arracher à Reinach le paiement de plus de 2 millions appartenant à la Compagnie de Panama. Le 9 février, la cour d'appel de Paris rendait enfin son arrêt. Ferdinand et Charles de Lesseps étaient condamnés à cinq ans de prison et 3000 F d'amende pour manoeuvres frauduleuses, escroquerie, abus de confiance; Marius Fontane et Cottu à deux ans de prison et 3000 F d'amende pour manoeuvres frauduleuses, escroquerie et abus de confiance; Eiflel à deux ans de prison et 20.000 F d'amende pour abus de confiance et détournements s'élevant à plusieurs millions.

Le 13 juin 1893, cet arrêt était cassé par la cour de cassation pour vice de forme, un délai de plus de trois ans s'étant écoulé depuis le 16 décembre 1888, jour où les administrateurs du Panama furent remplacés dans leurs fonctions par des administrateurs provisoires, jusqu'au 21 novembre 1892, date de leur citation en justice. Les prévenus furent mis en liberté. D'autre part, le 28 janvier 1893, Franqueville avait renvoyé devant la Chambre des mises en accusation : Ch. de Lesseps, Cottu, Fontane, Rouvier, Antonin Proust, Dugué de la Fauconnerie, Baïhaut, Paul Devès, Léon Renault, Albert Grévy, Béral, Blondin, sous le chef de corruption et de complicité de corruption. Thévenet, Jules Roche, Emmanuel Arène avaient bénéficié d'un non-lieu. Le 7 février, la chambre des mises en accusation mit hors de cause Cotta, Albert Grévy, Léon Renault, Paul Devès et Rouvier et, renvoya devant la cour d'assises de la Seine Ch. de Lesseps, Fontaire, Blondin, Baïhaut, Sans-Leroy, Cobron, Béral, Proust, Dugué de la Fauconnerie et Arton. Ce dernier, l'agent le plus actif de la corruption parlementaire, était en fuite depuis le début des poursuites. Malgré des recherches persistantes, la police n'avait put le découvrir, et on répétait couramment qu'elle avait reçu l'ordre de ne pas le saisir. 

Le 8 février, interpellation à la Chambre

« sur la question de savoir si, après épuisement des juridictions ordinaires, aucun jugement n'ayant été rendu, il ne reste pas une sanction politique à donner aux mesures dont M. le garde des sceaux avait pris l'initiative à l'égard de dix membres du Parlement-». 

Cavaignac dépose comme sanction l'ordre du jour suivant : 

« La Chambre, décidée à soutenir le gouvernement dans la répression de tous les faits de corruption, et résolue à empêcher le retour des pratiques gouvernementales qu'elle réprouve, passe à l'ordre du jour », 

Cependant, Lesseps, Fontane, Baïhaut et Sans-Leroy s'étaient pourvus contre l'arrêt de la chambre des mises en accusation. Ce pourvoi fut rejeté le 23 février 1803. Le procès pour faits de corruption commença devant la cour d'assises de la Seine le 8 mars. De nombreux hommes politiques et des plus importants (Floquet, Clémenceau, Freycinet, Constans) furent entendus comme témoins. Un incident, qui eut des conséquences parlementaires, se produisit le 16 mars. Mme Cottu affirma qu'un agent de la sûreté lui avait proposé, au nom du ministre de la justice, la mise en liberté de son mari, contre une révélation compromettant la droite. Bourgeois démissionna aussitôt (12 mars) et, cité à la requête du procureur général, comparut à l'audience du 13 mars. Il confondit facilement ses calomniateurs. Le même jour, trois demandes d'interpellation étaient déposées à la Chambre, relativement à cet incident. Bourgeois, au retour du palais, prononça quelques paroles indignées, et l'ordre du jour suivant, accepté par le gouvernement, fut voté par 255 voix contre 214 :

« La Chambre, résolue à laisser la justice suivre son cours pour faire toute la lumière et approuvant les déclarations du gouvernement, passe à l'ordre du jour. »

On put croire un instant que l'agitation causée par l'affaire de Panama allait cesser, mais, exploitée par les partis, elle allait encombrer encore, pendant plusieurs années, les délibérations du Parlement. Le 22 juin 1893, interpellation à la Chambre sur le point de savoir où se trouve actuellement Cornélius Herz, sur l'état de sa santé, qui avait été opposé à une demande d'extradition, sur l'attitude du gouvernement anglais et également sur la situation d'Arton, toujours introuvable. Le débat fut un des plus violents qui se soient produits.

Lucien Millevoye déposa des documents qui parurent compromettants pour l'honorabilité de Burdeau. Paul Déroulède donna sa démission de député, se déclarant écoeuré les excès du parlementarisme. Finalement, sur la demande du garde des sceaux, la Chambre décida de communiquer à Atthalin, juge d'instruction, les documents déposés par Millevove, se référant à l'affaire suivie contre Norton. Le 4 juillet, la grande commission d'enquête déposait son rapport rédigé par Vallé. La Chambre ne statua pas sur ce travail important qui ne comprend pas moins de 3 gros vol. in-4 et qui contient tous les documents sensationnels relatifs au Panama. Le 10 mai 1894, nouvelle interpellation à la Chambre sur l'état de la demande formée pour l'extradition de Cornélius Herz, close par l'adoption de l'ordre du jour suivant accepté par le gouvernement : 

« La Chambre, résolue à exiger contre Cornélius Herz la stricte application de la loi... »

« La Chambre, regrettant que le conseil de l'ordre de la Légion d'honneur, dans des décisions récentes, ait tenu si peu de compte des arrêts de la justice, invite le gouvernement à déposer un projet de loi réorganisant le conseil de l'ordre ». 

1° le 18 novembre, une interpellation close par l'approbation donnée par la Chambre aux actes et aux déclarations du gouvernement; 

2° le 7 décembre, une seconde interpellation sur la manière dont le garde des sceaux avait agi pour saisir ses papiers; elle fut close par la même approbation;

3° le 12 décembre, une question sur de prétendues compromissions entre le gouvernement et Arton, révélées par un agent de la police nommé Dupas, à laquelle Bourgeois refusa de répondre, l'instance pour obtenir l'extradition d'Arton étant alors engagée à Londres.

On reprit sur nouveaux frais l'instruction jadis confiée à Francqueville. Arton s'expliqua sur la fameuse liste des 104, c.-à-d. la liste contenant mention de 104 parlementaires auxquels le baron de Reinach aurait remis des fonds pour acheter leur vote en faveur de la loi relative aux obligations à lots. Les 104, suivant lui, devaient se réduire à 26, et ces 26 parlementaires n'avaient pas été achetés par lui, car ils étaient notoirement favorables à la loi, mais avaient reçu des sommes variant de 10.000 à 100.000 F pour faire de la propagande autour d'eux. A l'appui de ses affirmations, il apportait un carnet plein de griffonnages de sa main. Au reste, nombre de députés visés par le document publié dans le journal la France avaient entamé des poursuites, et les tribunaux condamnaient à l'envi les diffamateurs. (Le premier procès se terminant par la condamnation de Lalou, Aubé et consorts, est du 17 février 1896.) Les mêmes incidents amenaient une question à la Chambre (6 février 1896); à laquelle Bourgeois répondit en flétrissant, lui aussi, les diffamateurs; et l'affaire du Panama suscitait encore le même jour une autre question portant sur la nomination dans la Légion d'honneur d'un ancien entrepreneur de la compagnie, Baratoux!

L'instruction Arton suivait son cours. Ses révélations furent l'objet d'une question posée au ministre de la justice à la Chambre, le 22 mars 1897. Peu après (27 mars), une demande en autorisation de poursuites fut adressée à la Chambre contre Henry Maret, Naquet et Antide Boyer, au Sénat contre Levrey. Ces poursuites furent autorisées à la Chambre le 29 mars, au Sénat le 1^er avril. Mais elles réveillèrent toutes les passions qu'avait suscitées la question du Panama en ses plus beaux jours et qu'on croyait assoupies. On fit remarquer que le rapport Vallé n'avait été, sous la précédente législature, l'objet d'aucune discussion, que les exemplaires tirés en 1893 étaient épuisés, que les nouveaux députés n'avaient pu en prendre connaissance, car de tous les documents parlementaires ce rapport était le seul qui n'eût pas été inséré au Journal officiel. La Chambre décida donc qu'une commission de 33 membres serait nommée pour reprendre et compléter l'enquête de 1892 (29 mars). Le même jour, le
bruit ayant couru que d'autres parlementaires étaient visés par les carnets d'Arton, mais qu'on n'avait poursuivi que ceux à qui, prétendait-il, il avait remis directement les fonds : Emile Julien, Clovis Hugues, Salis, Goirand, Rouvier, dont on avait prononcé les noms, firent entendre de véhémentes protestations. 

Les membres de la nouvelle commission d'enquête furent nommés au scrutin de liste le 29 juin. Les candidats furent désignés par les différents groupes et par les indépendants, de manière que la commission offrit toutes les garanties d'impartialité. Elle se réunit aussitôt et dirigea principalement ses recherches sur l'arrestation d'Arton, la condamnation de Cornélius Herz, la reconstitution de la Société de Panama, grâce aux transactions passées avec les entrepreneurs, enfin les condamnations civiles prononcées contre les syndicataires. Le 19 juillet, elle était mystifiée par Cornélius Herz, qui avait offert de déposer, si elle consentait à se rendre en corps auprès de lui à Bournemouth; et qui, après son acceptation, se déroba en exigeant que la commission fit d'abord la preuve « qu'elle avait véritablement pour but de faire la lumière entière ». 

Pour en finir avec ce personnage, qui a joué dans toute l'affaire de Panama un rôle légendaire et dans lequel la crédulité populaire a voulu voir une sorte de démon tentateur, dépositaire de mystérieux secrets dont il abusait pour diriger à sa guise les hommes politiques les plus qualifiés et les banquiers les moins naïfs, il est utile de rappeler ici ses origines et les différents épisodes de son odyssée judiciaire. Herz, né à Besançon le 3 septembre 1845, d'un père bavarois, fut emmené par ses parents en Amérique en 1848 et fut naturalisé américain. Il exerça toutes sortes de professions, fut élève pharmacien à Paris, médecin sans diplôme à San Francisco, représentant de la maison Edison, etc. Puis il fonda à Paris le journal technique la Lumière électrique, créa une société d'éclairage électrique, une société d'exploitation des téléphones, organisa l'exposition d'électricité de 1881 et se donna toute l'apparence d'un savant de premier ordre, ce qui lui valut la promotion de commandeur dans l'ordre de la Légion d'honneur, il n'avait fait pourtant qu'acheter et tenter l'exploitation des brevets d'inventeurs comme Carpentier, Cabanellas, Hospitalier et Marcel Deprez. Très intrigant, il s'était glissé dans le monde de la presse et de la politique, avait subventionné le journal La Justice et, au courant des malversations de l'affaire du Panama, trafiquant au plus haut prix de ses relations et de son influence, avait exercé sur Lesseps et le baron Reinach une pression violente. 

En 1893, il avait été l'objet d'une première instruction pour chantage, d'une seconde pour complicité d'abus de confiance et d'escroquerie par recel, et d'une instance en extradition introduite par le gouvernement français, car il avait prudemment passé en Angleterre. De plus, la grande chancellerie de la Légion d'honneur fut saisie d'une demande de radiation à son encontre, et Imbert, administrateur de la succession de Reinach, l'avait assigné devant le tribunal civil pour obtenir la restitution des sommes qu'il s'était fait verser à l'aide d'un véritable chantage. Le 29 janvier 1893, Herz, grand officier de l'ordre à titre étranger, était rayé pour faits portant atteinte à l'honneur. Le gouvernement anglais opposa d'abord une fin de non-recevoir à la demande d'extradition, parce que Herz était dans un état de santé qui ne permettait pas de le transporter devant le juge de Bow-Street, qui seul avait qualité pour accepter ou non la demande. Le gouvernement français envoya auprès de Herz les médecins Brouardel et Charcot, puis Brouardel et Dieulafoy, qui conclurent à une maladie grave, même désespérée. Herz demeura donc à Tankerville, sous la garde de la police.

Le 15 février 1894, le tribunal de la Seine donnait gain de cause à Imbert; mais le 11 juin suivant, l'instruction pour complicité d'abus de confiance aboutissait à une ordonnance de non-lieu, car la prescription qui couvrait les administrateurs du Panama, auteurs principaux du délit, devait aussi couvrir le complice par recel. Par contre, le 4 août 1894, Herz était condamné par la huitième chambre correctionnelle pour chantage, à cinq ans de prison et 3000 F d'amende. Cette décision fut confirmée par la cour d'appel le 22 mai 1895. Quant à l'extradition, elle fut définitivement refusée par le juge de Bow-Street, qui fut spécialement autorisé à se déplacer. Cornélius Herz mourut le 6 juillet 1898 et sa mort passa presque inaperçue. 

L'affaire de Panama a été close au point de vue judiciaire par le second procès qui s'est déroulé devant la cour d'assises de la Seine du 18 au 30 décembre 1897. Arton était accusé d'avoir corrompu, et les inculpés suivants de s'être laissé corrompre : Naquet, pour 100.000 F; Henry Maret, pour 90 000 F; Antide Boyer, pour 10.000 F; Saint Martin, pour 50.000 F; Planteau, pour 30.000 F; Gaillard, pour 12.000 F; Rigaut, pour 12.000 F; Laisant, pour 30.000 F., etc. 

Les présomptions étaient à peu près uniquement fondées sur les allégations d'Arton et les mentions portées par lui sur ses fameux carnets. L'avocat général dut renoncer aux poursuites contre Laisant, Antide Boyer, Gaillard, Rigaut. Quant aux autres inculpés, les accusations réunies contre eux étaient si mal échafaudées qu'elles s'écroulèrent lors des audiences publiques et que le jury acquitta tout le monde. Naquet, qui s'était réfugié à Londres pour échapper à la prison préventive et aux tracas de l'instruction, se présenta devant le jury de la Seine les 2 et 3 mars 1898 et fut, lui aussi, acquitté. 

Au point de vue parlementaire, l'affaire de Panama fut terminée par le dépôt du rapport de la commission d'enquête (27 janvier 1898), volumineux document rédigé par Vallé, Guillemet, Bienvenu-Martin,  Ramel, Viviani, Samary, La Noue, Luce de Casabianca, Clapot, Alexandre Bérard, Théodore Denis, Rouanet, qui n'a rien à envier au point de vue de la clarté et de l'abondance des renseignements recueillis, au grand rapport de 1892. Ses conclusions ont été discutées et adoptées par la Chambre des députés le 30 mars 1898, à l'unanimité de 515 votants :

 « La Chambre regrette que dès le début de l'affaire du Panama les défaillances de certains magistrats (M. Quesnay de Beaurepaire) aient assuré l'impunité aux coupables;

« Regrette également le silence gardé à cette époque sur la découverte de faits délictueux et criminels qui furent l'objet de poursuites ultérieures en 1895 (Affaire des chemins de fer du Sud) ;

« Blâme les manoeuvres de police concertées au ministère de l'Intérieur (fin 1892 et, commencement 1893), qui ont eu pour conséquence de faire engager à Venise des pourparlers entre un émissaire de la sûreté, envoyé à cet effet, et un inculpé de droit commun (Arton) sous le coup d'un mandat d'arrêt;

« Blâme aussi les immixtions et participations des hommes politiques dans les négociations ou opérations financières ayant un lien avec les pouvoirs publics;

« Et répudie tout concours d'argent prêté sous une forme quelconque par des particuliers ou des sociétés au gouvernement. »

« M. Quesnay de Beaurepaire, en laissant arriver la prescription dans l'affaire de Panama, a souligné devant le pays cette attitude de la magistrature qui a toujours double visage : un visage aimable et souriant tourné du côté des puissants et des heureux; un visage glacé et impitoyable pour les faibles et les misérables. »