Pendant l'été son cours est alimenté par un réservoir naturel, que l'on peut régler à volonté, grâce à des travaux qui remontent au XIX^e s. ; c'est le lac Bleu (52 hectares, 100 m de profondeur), situé au Nord-Est du pic du Midi dans la haute vallée de Lesponne. 

Au-delà de Bagnères l'Adour entre dans la plaine de Tarbes, fertilisée par une foule de canaux d'irrigation, dont le plus important, qui porte le nom d'Alaric, arrose les terres de la rive droite jusqu'à Rabastens (40 km).

La pente est assez rapide de Bagnères (altitude 550m) à Tarbes (altitude 309 m) et à Vic (altitude 215m). A Maubourguet, il reçoit l'Echez (rive gauche) qui vient de Lourdes (27 km); puis il entre dans le département du Gers, dont il arrose l'angle Sud-Ouest.

A Riscle, après le confluent de l'Arros, grossi du Bouès (86 km) il se heurte aux collines de l'Armagnac et commence à décrire un vaste arc de cercle autour des massifs avancés du Béarn, Tous les affluents de gauche, le Léès, le Gabas (107 km); le Luy (141 km), formé du Luy de Béarn et du Luy de France, coulent uniformément du Sud-Est au Nord-Ouest suivant des vallées parallèles. Après avoir arrosé Aire, Grenade, Saint-Sever, l'Adour reçoit sur sa rive droite la Midouze (43 km navigables), formée de la Douze et du Midou, réunis à Mont-de-Marsan. 

Au lieu de se diriger vers la mer à travers les Landes, suivant sa direction normale, il incline au Sud-Ouest au milieu de collines, qui rendent son cours tortueux, passe à Dax, et, à partir de Saubusse, son cours est orienté souvent du Nord-Ouest au Sud-Est. Au confluent du Gave de Pau (rive gauche), grossi du Gave d'Oloron qui apporte un débit d'eau plus considérable à l'étiage que l'Adour lui-même, le fleuve se dirige de l'Est à l'Ouest servant de limite aux départements des Pyrénées-Atlantiques et des Landes, jusque en amont de Bayonne : il reçoit sur la rive gauche la Bidouze (80 km) et la Nive (75 km, dont 28 navigables). 

Le cours total de l'Adour est de 335 km, il est navigable depuis Saint-Sever (Landes) à 133 km de son embouchure; il se jette dans la mer à 5 km en aval de Bayonne par un estuaire dangereux à cause des sables qui y forment une barre. 

L'Adour a souvent changé de cours; avant le XIV^e siècle ce fleuve se jetait dans la mer à 20 km au Nord de l'embouchure actuelle, à l'endroit où se jette le Boudigau, en aval de Cap-Breton, en face de la fosse marine ou Gouf de ce nom. A la fin du XIV^e siècle, une violente tempête fit refluer les eaux dans la direction du Nord parallèlement à la ligne des dunes et jusqu'au XVI^e siècle l'embouchure de l'Adour fut à Vieux-Boucau, village à 36 km  au Nord de Bayonne, qui s'appelait anciennement le Plech et plus tard Port-Labrit ou d'Albret. En 1579, grâce aux travaux de l'ingénieur Louis de Foix et à la suite d'une nouvelle tempête, le chenal ou Boucau neuf s'ouvrit en face de Bayonne, à l'endroit où il est actuellement. L'ancien lit se reconnaît encore jusqu'au Vieux-Boucau à une suite d'étangs et de lagunes. 

L'embouchure actuelle est protégée par des digues qui n'ont pu encore avoir raison de la barre de l'Adour, mais qui empêchent de nouvelles déviations. On a adopté pour la barre le système de jetées à claire-voie; on a ainsi obtenu sur la barre d'entrée une profondeur moyenne de 3,25 m à 4,90 m d'eau, à marée haute, mais parfois de 1 m, seulement à marée basse.

Le débit moyen de l'Adour à son embouchure est de 222 mètres cubes d'eau par seconde. (Léon Cadier).