C'est presque exclusivement dans ses rapports avec la médecine ou de l'agriculture que les auteurs du monde arabe ont abordé les plantes. Les écrits d'auteurs musulmans tels que Mésué, Rhazès, d'Ibn Beïtar (Ibn al-Baytar), Avicenne, Averroès, etc. en témoignent. Et l'on peut dire à peu près la même chose des auteurs juifs (Maïmonide et d'autres), avec, ici, simplement une originalité que l'on trouve en particulier exprimée dans les Talmud de Babylone et de Jérusalem, où la description des plantes vénéneuses et comestibles et médicinales s'inscrit dans une logique dont on comprend mieux les enjeux rituels lorsqu'il est question de zoologie et où l'on évoque les animaux purs et impurs (consommer une plante empoisonnée ou un animal impur, cela revient symboliquement au même).

On conserve dans les principales bibliothèques d'Europe, particulièrement celles de Leyde, de Paris, de l'Escurial et de Vienne, un certain nombre de manuscrits arabes qui intéressent plus ou moins directement l'histoire de la botanique; il semble, à en juger  par les analyses qu'on en a publié, que ces textes témoignent  en général de connaissances qui se démarquent peu de celles de l'Antiquité. Il existe quelques exceptions au demeurant. Ainsi al-Birouni se démarque-t-il de la plupart de ses contemporains et témoigne d'un souci d'observation, quand par exemple , il s'intéresse au nombre de pièces dans les fleurs :

« Tous les nombres, écrit-il, peuvent se retrouver dans les marques laissées par la vie et la nature, surtout dans les fleurs. Car les pétales de chaque fleur, leurs pétioles, leurs veinules, sont caractérisés par un nombre, dans chaque genre pris isolément [...] Parmi les particularités des fleurs, il y a un fait étonnant, c'est que le nombre de leurs pétales, qui ont leur base en cercle quand on les détache, suit en général les règles de la géométrie, et correspond, dans la plupart des cas, aux cordes du cercle qui existent en vertu de la géométrie élémentaire, sans faire appel aux sections coniques. Et c'est à peine si l'on trouvera une fleur entre toutes, dont le nombre des pétales soit sept ou neuf, à cause de l'impossibilité de les placer sur un cercle, à l'aide des principes géométriques simples, de façon à former des côtés égaux. Mais on a des dispositifs de trois, quatre, cinq, six, huit et dix pétales. Il est possible qu'il se rencontre, dans la suite des temps, un genre à sept où à neuf pétales, ou qu'un tel nombre se trouve dans des formations tératologiques de certaines espèces. Et s'il est vrai que la nature conserve les genres et les espèces, alors, au cas où l'on compterait les grains d'une grenade, on trouverait qu'une autre grenade du même arbre, a le même nombre de grains. » (Chronologie, éd. E. Sachau, 1878, p. 298.).

1° le bamia (probablement l'hibiscus esculentus),

«  à cause de son mucilage légèrement sucré, dit l'auteur, les habitants de l'Égypte le coupent par petits morceaux et le font cuire avec de la viande-»;

2° le lebkah, un arbre d'identification problématique, dont Abd-Allatif décrit le fruit avec beaucoup de détails, avant d'ajouter, d'après Dioscoride et Nicolas de Damas, que

« le lebkah était dans la Perse un poison mortel : mais qu'ayant été transplanté en Égypte, il est devenu un aliment »; 

3° le djoummeiz, dont Abd-Allatif dit  : 

« Cet arbre semble être un figuier sauvage; ses fruits naissent sur les bois et non à l'aisselle des feuilles. On fait sept récoltes par an, et on en mange pendant quatre mois de l'année »; 

4° le baumier (Amyris gileadensis de Linné), qui est selon Abd-Allatif, 

«  un arbuste d'environ une coudée de hauteur. Il a deux écorces : l'une extérieure, verte et épaisse; quand on mâche celle-ci, elle laisse dans la bouche une saveur onctueuse et un goût aromatique; ses feuilles ressemblent à celles de la rue [...]. Les feuilles sont ordonnées à la manière du lentisque, à savoir de côté et d'autre, comme nous voyons au feuilles des rosiers »; 

5° Le kholkas, également mentionné par Ibn Beïtar, est apparemment l'arum colocasia, L. (à moins que ce ne soit comme l'ont pensé l'Écluse (Clusius) et d'autres la fève d'Égypte des Anciens, une nymphéacée). Abd Allatif dit :

« La saveur de [sa] racine est un peu astringente et extrêmement âcre. Quand on fait bouillir, elle perd toute âpreté, et peut servir de nourriture. »

Les Byzantins, comme d'ailleurs les Grecs du bas Empire, s'occupèrent bien moins de l'étude de la nature que de discussions théologiques et de rédactions de chroniques et d'autres recueils, Photius, Théophane, Nonnus, Psellos, Suidas, etc, n'ont traité de quelques plantes que très incidemment. Au X^e siècle les Géoponiques (Geoponica), recueil de textes publiés depuis l'Antiquité (grecque et latine), rassemblent nombre de fragments et d'extraits tirés d'auteurs qui eux aussi, quoiqu'étrangers pour l'essentiel à la botanique, fournissent de nombreux renseignements pour l'histoire de cette science. Outre ceux déjà cités à la page sur la Botanique dans l'Antiquité, mentionnons : Athénée, Pollux, Serenus Samonicus, Florentinus, Sextus-Julius l'Africain, Jules Solin, Ammien Marcellin, Théodore Priscien, Marcellus Empiricus, Sérapion, Cosmas Indicopleustes, etc. Les Géoponiques - qui comme leurs titre l'indique constituent un traité d'agriculture - apparaissent ainsi plus largement comme un concentré des connaissances byzantines en matière de sciences naturelles. Mais plus intéressants sont de ce point de vue les écrits de Siméon Sethus (Symeon Seth) et de Nicolas Myrepsus (N. Myrepsos).

Siméon Sethus.
Siméon Sethus écrivit un ouvrage Sur les aliments rangés par ordre alphabétique, et le dédia à l'empereur Michel Doucas, qui régna de 1071 à 1080. On y trouve pour la première fois mentionné le camphre.

« C'est, dit l'auteur, la résine d'un arbre indien, d'une grandeur telle qu'il peut ombrager une centaine d'hommes. »

Sethus parle encore de l'asperge, dont il n'ignore pas l'action diurétique, d'ailleurs  connue depuis longtemps, puisque Caton en parlait déjà; il mentionne également l'éliodaphné, qui paraît avoir été une espèce de ruscus, de la même famille que l'asperge, ainsi que de la girofle, dont les plus anciennes mentions ne remontent qu'au VII^e siècle (Paul d'Égine), la maroullia (laitue), etc. Sethus serait le premier, en revanche, à mentionner la noix de muscade, même si l'on pense qu'Aetius pourrait en avoir déjà parlé au VI^e siècle sous le nom de noix indienne.

Nicolas Myrepsus.
Quant à Nicolas Myrepsus, il écrit au XIII^e siècle, un traité en grec sur La composition des médicaments, qui fut traduit en latin par Léonard Fuchs en 1549. On y trouve mentionnée pour la première fois l'herbe au musc, le chardon béni, la nielle, et le fraisier. Myrepsus et son contemporain, le médecin Actuarius, ont été aussi les premiers à parler de l'action purgative des feuilles et des fruits du séné.

Les plantes dans l'Europe latine

Des auteurs romains tels qu'Apicius, qui ne voyait dans les végétaux qu'une matière utile à l'art culinaire ou Palladius, auteur au IV^e siècle, d'un De re rustica, en quatorze livres qui sera très populaire et inspirera encore Vincent de Beauvais, sont parmi les jalons les plus connus entre Pline et Isidore de Séville (570-636), avec lequel nous avons choisi de commencer le Moyen âge latin. L'évêque wisigoth de Séville parle d'un certain nombre de plantes dans le dix-septième livre de son ouvrage encyclopédique intitulé les Origines (ou les Étymologies). L'un des premiers, il mentionne la rhubarbe sous le nom de rheum barbarum, par opposition au rheum ponticum et au rheum indicum, indiqués par des écrivains plus anciens. Presque deux siècles plus tard, les Capitulaires de Charlemagne renferment quelques noms de plantes qui ne sont pas sans intérêt. La nielle, commune dans les champs de blé, s'y appelle gith, et ce nom se retrouve dans celui d'agrostemma githago donné à la même plante par Linné. La menthe aquatique s'y nomme menthastrum, nom déjà employé par Samonicus; la carotte, carruca; la garance, warentia; la joubarbe, jovis barba, la guimauve, ibsicha mismalva; le cabaret (Asarum europeaum), vulginia; le pois cultivé, pisus mauriscus, etc.

Nous placerons ensuite un auteur qui, sous le nom de Macer Floridus (Aemilius Macer), a écrit un médiocre poème en héxamètres sur les vertus des plantes, De viribus herbarum. Bien des conjectures ont été émises sur l'époque à laquelle vivait cet auteur; une chose est certaine, il n'est pas postérieur du XIII^e siècle, puisqu'il est souvent cité par Vincent de Beauvais. On l'a parfois identifié à Othon de Morimont ou, avec plus de vraisemblance, à Othon de Meung, qui vivaient l'un et l'autre au XII^e siècle; parfois on en fait aussi un auteur de l'école de Salerne. De fait, l'école de Salerne, école de médecine d'abord, et centre de traduction des ouvrages arabes, exerça une grande influence sur la culture des sciences naturelles au Moyen âge. Sa création, vers 1050, était due aux moines du mont Cassin, près de Naples, parmi lesquels on cite Constantin l'Africain, auteur d'un traité De simplicibus medicaminibus, etc. qui contient quelques allusions aux plantes. On connaît aussi, de l'école de Salerne, le Regimen salutatis Salernitanum, sorte de codex en vers léonins (souvent édité, et traduit en français par Michel Lelong en 1633 sous le titre : Le régime de santé de l'eschole de Salerne), qui fait le plus grand cas de la sauge comme médicament.

Un éveil à la botanique et aux sciences naturelles se manifeste également en Europe du Nord, et cela dès l'époque carolingienne, avec Walafrid. Disciple de Raban Maur, célèbre abbé de Fulda, Walafrid, mort en 849, chanta en 444 hexamètres, les plantes qu'il cultivait dans son jardin. son poème, intitulé Hortulus, jardinet, a été souvent édité. Parmi les plantes du jardinet de Walafrid, on remarque : la sauge, la rue, l'auronne (abrotanum), le concombre, le melon, l'ansinthe, le fenouil, la livèche, le cerfeuil, le pavot, la menthe, l'ache, l'aigremoine, la cataire ou herbe aux chats, le radis, la rose, etc.

L'abbesse Hildegarde, compte aussi au nombre des personnes qui s'intéressaient à l'étude des plantes. Elle a laissé un ouvrage d'histoire naturelle médicale intitulé De physica en quatre livres, dont le deuxième traite de la nature et des propriétés des légumes, des fruits et des herbes; le troisième de la nature et des propriétés des arbres, des arbrisseaux, des arbustes et de leurs fruits. Plus qu'une simple compilation d'emprunts à des auteurs de l'Antiquité ou arabes selon l'usage de l'époque, cet ouvrage contient  beaucoup d'observations originales et permet aussi de retrouver les équivalents (en Allemand) des noms des plantes jusque là seulement connus en grec ou en latin.

L'étude de la botanique s'étendit de plus en plus du midi vers le nord. Dès le XIII^e siècle, elle avait atteint les îles du sud de la Scandinavie, témoin Harpenstreng (mort en 1244 au Danemark), qui traduisit  le Macer Floridus en y ajoutant des commentaires. Parmi les auteurs qui ont abordé la botanique, on doit encore mentionner Barthélémy l'Anglais et Roger Bacon, à la vérité assez peu diserts sur la question, ainsi que Thomas de Cantimpré; Simon de Janua, Conrad de Meyenberg ou encore les noms plus connus d'Albert le Grand, Vincent de Beauvais ou de Pierre Crescence, qui ont tous consacré quelques écrits à la botanique, bien que ce soit dans une perpective principalement médicale. 

Albert le Grand.
Albert le Grand a composé au XIII^e siècle un ouvrage intitulé De vegetabilibus et plantis libri VII. On y trouve peu de doctrines et d'observations nouvelles; l'autorité d'Aristote l'y emporte encore sur celle des faits. Dans le chapitre consacré aux arbres, on trouve cependant une description assez exacte et très bien faite de l'aune, un arbre qui abonde au bord des rivières d'Allemagne et qu'Albert le Grand avait pu étudier à loisir :

« C'est, dit-il, un arbre qui aime les lieux humides; son bois rougeâtre, recouvert d'une écorce brune et assez lisse, donne des cendres d'une parfaite blancheur. Il se développe par couches ou anneaux (tunicis ligneis) : à l'état sec il se fend plus facilement que le bois de sapin, et il peut se conserver sous l'eau pendant des siècles. Les feuilles de l'aune sont arrondies comme celles du poirier, mais pas si dures et d'un vert plus foncé; dans leur jeunesse, elles sont enduites d'une humeur visqueuse, à laquelle manque l'arôme des feuilles de peuplier. En hiver, l'aune s'orne, comme le noisetier, des pendeloques chatons. En été, il leur succède des fruits noirs, de la grosseur de l'olive, semblables aux cônes de pin, et renfermant les semences. »

Pierre Crescence.
Pierre Crescence (Pietro Crescenzi), sénateur de Bologne, écrivit vers 1306, sur l'ordre de Charles II, roi de Sicile et de Jérusalem, un livre sur l'agriculture et les plantes en général (De agricultura, omnibusque plantarum et animalium, libri XII, etc.). Ce livre a été souvent imprimé à la fin du XV^esiècle et au commencement du siècle suivant . Son auteur y apparaît plus agronome que botaniste. Il y est l'un des premiers à parler du Ranunculus flammula et dont il souligne la parenté avec la clématite :

 « Celle-ci, dit-il, a les fleurs blanches, tandis que la flammula les a jaunes. »