Le continent africain actuel a résulté du fractionnement, commencé il y a environ 160 millions d'années (Jurassique) de l'ancien supercontinent, le Gondwana, lui-même détaché de la Pangée, il y a 600 millions d'années. Il y a 125 millions d'années (Crétacé)  la plaque qui supporte l'Inde était complètement détachée, tandis que Madagascar acquiert son identité en tant que microcontinent entre l'Afrique et l'Inde; celle qui supporte l'Amérique du Sud commence à se séparer. Le bloc qui supporte l'Australie et l'Antarctique commence à se détacher au début du Cénozoïque, il y a environ 60 millions d'années, tandis que Madagascar est peut-être relié de nouveau temporairement au continent.
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Plaque tectonique africaine, failles.	Zones sismique de l'Afrique.

L'ouverture de la mer Rouge à l'Oligocène il y a environ 25 à 30 millions d'années, qui détache l'Arabie de l'Afrique, et la formation du Grand Rift Est africain, une cassure qui démarre à l'embouchure du Zambèze et se poursuit jusqu'à la mer Rouge en passant par les Grands Lacs, et qui préfigure la future séparation de la plaque somalienne, sont des phénomènes géologiquement récents. De même que la surrection de l'Atlas, seule chaîne plissée du continent, et qui résulte de l'effet de compression à la rencontre entre la plaque africaine et la plaque eurasiatique.

La région de l'Atlas.
Les roches primitives affleurent souvent dans la région de l'Atlas, mais, en général, en dehors de la chaîne principale. Au cap Matifou, on trouve le gneiss, des micaschistes mélangés de granit. D'Annaba à Collo, le rivage est granitique; il l'est encore sur les côtes méditerranéennes du Maroc. La série paléozoïque est représentée par quelques terrains siluriens et dévoniens; la grande masse de l'Atlas est formée de terrains jurassiques et crétacés. 
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Le mont Toubkal, point culminant de l'Atlas, et un village Berbère (Maroc).
Photo :  Julia Maudlin (licence : Creative Commons).

La montagne proprement dite est constituée par des marnes schisteuses grises et des calcaires gris très compacts, mélangés de quartzite, le tout profondément bouleversé. On peut classer ces terrains dans l'Oolithique (Jurassique moyen et supérieur) et le Crétacé inférieur. Le djebel Djurjura, le Babor, les montagnes de Tenez et de Cherchell, sont jurassiques; la formation crétacée (la région de Constantine, l'Aurès, etc.), est très importante; on trouve aussi de vastes étendues de sol tertiaire, grès jaunâtre, argile plastique, marne à grains verts (le Sahel d'Alger). Dans la zone côtière, les alluvions qui recouvrent les plaines et les vallées ont valu au pays sa fertilité et son nom de Tell. Dans les plaines du Sud, les alluvions sont aussi superposées aux couches crétacées. En somme, ce qu'il y a de caractéristique, dans la géologie de l'Atlas, c'est qu'elle est très sensiblement la même que celle des régions correspondantes de l'Europe méridionale. 

La vallée du Nil et les régions voisines.
Tous les massifs, toutes les crêtes des collines qui dominent la vallée du Nil, sont formés de roches cristallines, gneiss, gneiss granitoïdes, granit, porphyres et diorites. Quelques montagnes isolées sont composées de roches éruptives, porphyres, schistes, syénite unie au granit. 

Le massif oriental (chaîne arabique) est formé du granit rose, mélangé d'amphibole, qui a reçu le nom de syénite, parce que c'est le terrain qui forme à Syène (Assouan) la dernière cataracte. Les montagnes du désert occidental, de la chaîne libyque, les montagnes du Kordofan, appartiennent aussi à la série paléozoïque et aux roches éruptives; mais de ce côté la masse principale du sol est constituée par des terrains d'origine plus récente : des grès, dans le désert de Nubie; des grès encore au Nord-Ouest de la chaîne arabique: c'est là que les anciens Egyptiens ont pris une grande partie de leurs pierres. 

Plus au Nord, à partir d'Esneh, le Nil coule entre deux falaises calcaires de la série tertiaire; elles ont été aussi très excavées. Le terrain calcaire se prolonge dans le désert d'une part, dans le delta de l'autre. Dans le désert, la roche est souvent recouverte de sable formé de quartzite désagrégée ; dans le delta, il est recouvert par des alluvions et par des dunes, sauf vers Alexandrie.

La vallée même du Nil est naturellement couverte par les alluvions que le fleuve y a déposées à chacune de ses inondations; c'est un sol argileux imprégné de matières organiques. Dans les 10,000 km² du delta du Nil, on ne trouverait pas une pierre; ce sont des terres de date très récente. 

Des alluvions couvrent aussi la plaine de Sennaar, au Soudan. 

La région du  Grand Rift.
L'Ethiopie.
La géologie de l'Ethiopie et de l'Erythrée est très intéressante. Elle est caractérisée à l'Est par le grès rouge, à l'Ouest par de vastes épanchements de basaltes; ces coulées forment de grands plateaux coupés de profondes vallées aux parois taillées à pic, que les eaux y ont creusées; dans le Choa (Shoa), la région d'Addis-Abeba,  les basaltes sont superposés au trachyte. En se rapprochant de la côte, on trouve le granit (pays des Bogos) et des terrains cristallins reliés à ceux de la chaîne arabique. On a pu  comparer la structure de ces plateaux granitiques à celle de la Norvège; ils sont entamés et dentelés par de véritables fjords remplis de terrains sédimentaires, et, là où ceux-ci commencent à dominer, ils sont parsemés d'îles granitiques : la dernière est le massif de l'Atakah, au bord du golfe de Suez.
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Vue aérienne de l'Erta Ale (région de l'Afar). (Photo : filippo_jean; licence Creative Commons).

Au bord de la mer Rouge on trouve une chaîne de cratères vocaniques, certains actifs; le Nabro, en Erythrée, que l'on a longtemps cru en sommeil, a connu un regain d'activité depuis 2011. En Ethiopie, plusieurs volcans ont eu récemment des éruptions; c'est le cas du Manda Hararo, du Gabuli, du Boyna, sans parler de l'Erta Ale, qui n'a cessé d'être actif depuis 1967. La côte d'Obok (Djibouti) est calcaire et argileuse.

Les Grands Lacs.
La région des Grands Lacs est dominée au Nord-Est par de puissants volcans, le Kénya et le Kilimandjaro. Plus à l'Ouest, le Nyiragongo et son voisin le Nyamuragira, dans le massif des Virungas, sont en activité (le Nyamuragira est même considéré comme le volcan le plus actif d'Afrique, avec une quarantaine d'éruptions entre 1985 et 2014) . Le plateau qui supporte tous ces volcans est lui-même constitué par des roches éruptives, trachytiques et basaltiques, reliées au système abyssin. 

Les rives du lac Victoria sont de formation cristalline, gneiss, mélangé de granit et de basalte; les îles sont basaltiques. Entre les deux lacs, le Nil est bordé de syénite. Nous retrouvons les terrains cristallins et éruptifs dans la direction de Zanzibar. Dans les chaînes principales, le grès et même le calcaire se superposent au granit.
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Le sommet du Kilimanjaro et ses neiges qui fondent à vue d'oeil. (Photo : Worls Factbook).
Ci-dessous : l'éruption du Nyamuragira en février 2014. (Photo : Monusco; licence Creative Commons).

L'Afrique du Nord-Ouest.
Le Sahara.
La base du sol dans le Sahara est une formation de granit et de grès; au-dessus la craie, un calcaire quaternaire avec des coquilles d'eau douce. Mélangé d'alluvions et de sable, ce calcaire constitue un limon absolument stérile, qui a valu au désert sa réputation; ce limon est fortement cimenté par l'action lente des agents atmosphériques. Il fournit un des aspects géologiques du Sahara. On y rencontre aussi-: des erg ou areg, dunes de sable dont la hauteur atteint 100 m et plus, formées par la désagrégation du granit et du calcaire; des sebkhas ou chotts, dépressions parfois inondées, dont le fond est couvert de gypse et d'efflorescences salines.

On voit à l'Ouest, dans le Djof (Djouf), des bancs de sel gemme encore plus grands. Au centre du Sahara est une sorte de plateau, que dominent les massifs du Hoggar (Sud de l'Algérie) et du Tibesti (Nord-Ouest du Tchad), et dont les rebords méridional et oriental sont formés de roches cristallines. Le granit s'y présente en masses énormes disposées en terrasses; toutefois il n'émerge tout à fait que dans les crêtes formées aussi de gneiss; en général, il sert de base à des couches de grès, découpées par des ravins très profonds, que suivent ou ont suivi les routes de caravanes. On admet volontiers que le plateau central saharien a été formé sous l'effet de phénomènes volcaniques dont le cratère du Toussidé,  dans le Tibesti, avec ses fumerolles toujours présentes, le trapp et le basalte du Haroudj rappelleraient l'intervention. 

Au Nord, le plateau de Barka, l'oasis de Siouah appartiennent à une formation calcaire

On trouve sur le sol du Sahara, raviné par les eaux, la trace de nombreux cours d'eau dans le lit desquels se voient encore des troncs d'arbres fossiles. 

La région sahélienne et soudanienne.
Le Sahel (bordure méridionale du Sahara) et le Soudan (région de transition entre le Sahel et la forêt équatoriale) offrent aux yeux l'impression d'un profond contraste avec le grand désert africain.

Dans ces régions aussi on trouve des volcans éteints et des basaltes se dressant quelquefois en masses isolées (Adamaoua, Fouta-Djalon), là aussi le granit et le vieux grès rouge forment l'assise fondamentale. Le granit domine sur les hauteurs, le gneiss forme les crêtes. A l'Ouest, le grès rouge domine dans les fonds des dunes de sable, et des marécages, d'ailleurs fertiles, s'étalent au-dessus du granit. Les montagnes qui séparent le Sahel de la côte se révèlent formées essentiellement de rochers basaltiques, de granit et de grès. La plaine qui s'étend au pied de ces montagnes est très basse, formée d'alluvions que les courants marins apportent sans cesse le long des côtes de Guinée. Les alluvions du Sénégal sont formées d'une argile schistoïde appelée terre de Gorée et mélangée de minerai de fer, et de temps en temps on y voit émerger une pierre ferrugineuse qui constitue le sol entier de Sierra-Leone et lui donne sa couleur caractéristique. Les dunes de la côte très mobiles sont aussi très basses.

Enfin le long de la côte signalons plusieurs groupes basaltiques, le cap Vert, l'îlot de Gorée, le cap Manuel. Au Sud-Est de la Guinée nous remarquerons une curieuse chaîne volcanique. Elle comprend les monts Cameroun et les îles de Bioko, Saint-Thomas, du Prince et Annobon; tous ces volcans sont très hauts et les principaux, le pic de Clarence et le mont Cameroun, sont  encore actifs. Au Sud d'Annobon on peut encore rattacher à ce groupe un volcan sous-marin.
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Le Lac Nyos, au Cameroun. C'est un lac de cratère sur le flanc d'un volcan inactif. Le magma
sous le lac dégage du dioxyde de carbone dans ses eaux. En 1986, le lac a émis un gros nuage 
de dioxyde de carbone qui a tué près de 1800 personnes et environ 3500 têtes de bétail dans
les villages voisins. Source : The World Factbook.

L'Afrique australe.
Dans la région du Cap (Afrique du Sud), le sol est essentiellement constitué au Nord-Ouest par des schistes ardoisiers et le gneiss; au Sud par le granit et le gneiss. Les terrains cristallins étant sensiblement horizontaux, les montagnes ont la forme de tables; les terrains primitifs, qui forment en quelque sorte le rebord du plateau, sont recouverts, quand on s'enfonce dans l'intérieur, par des schistes carbonifères; viennent ensuite des schistes renfermant exclusivement des fossiles terrestres et fluviatiles. Toutes ces formations plus ou moins voisines du nouveau grès rouge attestent l'existence, au Mésozoïque, de vastes lacs ou marécages aujourd'hui desséchés presque entièrement. Depuis ces temps les phénomènes volcaniques ont concouru à modifier la physionomie et ont dû contribuer à la formation du bassin fermé de l'Okavango. Les montagnes du Limpopo au Zambèze sont en grande partie granitiques. Le Sud de la Namibie et le Nord du Namaqualand contiennent plusieurs sources chaudes. Du côté opposé, sur la côte de Mozambique et depuis le Zambèze jusqu'au Limpopo, des petits tremblements de terre et des sources chaudes attestent l'activité tectonique et volcanique persistante. 

Livingstone décrivait ainsi qu'il suit la structure géologique générale du grand plateau austral : 

En venant de la mer on rencontre d'abord des calcaires marins, puis des roches ignées, trappéennes et basaltiques, une large bande de grès contenant des filons de houille, terrain veiné de trapp noir et de porphyre syénitique où l'on trouve des palmiers fossiles et des conifères silicifiés, des schistes et des micaschistes. Jusqu'ici les terrains étaient sensiblement les mêmes des deux côtés; ils se différencient un peu. A l'Est, nous trouvons des micaschistes portant une dolomite rose et traversée par des formations ignées qui dessinent des montagnes coniques. Plus loin, la micaschiste est soulevé et traversé par le granit qui forme le rebord oriental du plateau. Ce plateau lui-même est constitué essentiellement : à l'Est par de larges couches de tuf calcaire tendre, mélangées de roches ignées de toutes les époques; à l'Ouest par un schiste argileux rouge et des bancs de graviers recouverts d'un conglomérat ferrugineux. Le schiste forme le rebord occidental du plateau, au delà nous retrouvons le grès. 

Collectif, Le Rift est-africain : Une singularité plurielle, Ird, 2010. - De la Corne de l'Afrique aux Grands Lacs, de l'Ethiopie au Mozambique, le Rift est-africain s'étend en une succession de dépressions, de hauts plateaux, de lacs et de volcans, le long d'une fracture majeure du continent africain. Tel un grand livre ouvert, le Rift s'offre comme un vaste laboratoire naturel permettant de retracer l'histoire de notre planète, de comprendre l'évolution de l'écorce terrestre, la formation des océans et des volcans. Le Rift est aussi le lieu de découvertes paléontologiques spectaculaires et l'un des plus grands conservatoires de fossiles du monde. Il représente un terrain privilégié pour reconstituer les faunes, les flores et les environnements passés. C'est un des berceaux de l'évolution des premiers hominidés et, plus tard, le lieu d'apparition des caractères et comportements de l'homme moderne. Mais le Rift est-africain est également un terrain propice à l'exploration des relations entre l'homme et le milieu, à la reconstitution des temps anciens des sociétés humaines. Véritable sanctuaire de la diversité biologique africaine, le Rift est le lieu d'origine de nombreuses espèces et variétés végétales cultivées et de races animales domestiques, mais aussi une région où l'histoire a engendré une étonnante palette de sociétés humaines, anciennes ou actuelles. Dans une perspective souvent originale, largement illustrée, 35 spécialistes nous font partager leurs découvertes et interrogations sur la singularité du Rift et, au-delà de tout déterminisme simpliste, sur l'environnement est-africain et les peuples qui y vivent. (couv.).